Урицкий прекратил обсуждение оперативных вопросов с начальниками двух ведущих отделов, все руководство с его стороны свелось к наложению резких и обидных резолюций по каждому мелкому упущению и вызовам в свой кабинет с угрозами снять их с должности. Конечно, подобный стиль руководства в разведке явно не годился.
Артузов, как первый заместитель, руководил стратегической разведкой, курируя основные отделы Управления. Но все указания и распоряжения этим отделам давались через его голову, превращая его в заместителя без определенных занятий. Артузов старался взять под защиту своих людей. Но до Ворошилова он добраться не мог, нарком никогда не вызывал его, предпочитая получать всю информацию о работе Управления от Урицкого.
11 января 1937 года по предложению Ворошилова, конечно поддержанного Сталиным, Политбюро принимает решение об освобождении Артузова и Штейнбрюка от работы в Разведупре с направлением их в распоряжение НКВД. Новым замом начальника Управления тем же постановлением был назначен старший майор госбезопасности (ранг, равный армейскому комдиву) Михаил Александровский. Штейнбрюка убрали, и важнейший отдел Управления остался без руководителя. Но Урицкому удалось поставить сюда профессионального разведчика: из НКВД в первый отдел никого не прислали и врид (временно исполняющим должность) его начальника стал сотрудник Управления полковник Стефан Узданский. Полковник во главе крупнейшего отдела (пусть даже врид) вместо корпусного комиссара — явление, ставшее обычным для РККА 1937 года, когда командиры среднего звена взлетали, как метеоры, на генеральские должности и через несколько месяцев исчезали в недрах Лубянки. Узданский продержался на этом посту, очевидно, до мая 1937 года, после чего разделил судьбу Артузова, Штейнбрюка и Александровского.
Карин на должности начальника второго отдела удержался. Вряд ли в этом была заслуга Ворошилова. Если нарком «сдал» Артузова и Штейнбрюка, то вряд ли он отстаивал на заседании Политбюро и Карина. Скорее всего, причина была в том, что достойной замены Карину пока не было. Очевидно, это сознавал и Сталин. Несколько месяцев Карин продержался и продолжал руководить отделом, но и его судьба была предрешена.
После февральско-мартовского пленума ЦК наступило временное затишье: в НКВД готовились, собирая «компромат» на военных; в Разведупре ждали, понимая, что вскоре за Артузовым и Штейнбрюком последуют многие другие. Неуютно чувствовал себя и Урицкий, стараясь как-то оправдаться. На одном из партсобраний Разведупра, 19 мая, он жаловался, может быть, и справедливо: «Причины, почему я пришел в Управление, всем известны. Это были причины прорыва. И те люди, которые остались здесь, должны были мне помочь. Я привел сюда, и здесь были люди, которые мне мало помогали. Разведчики мы все вместе с вами плоховатые…» Но весной 1937-го подобная самокритика уже не помогала. Добиваясь у Ворошилова, а через него и у Сталина изгнания Артузова из Управления, Урицкий рубил сук, на котором сидел. После ухода опытного и квалифицированного зама слабая компетентность руководителя военной разведки выявилась в полной мере. Новый зам Александровский также ничем не мог помочь своему начальнику. К военной, да и к политической разведке он отношения не имел. В итоге Урицкий был освобожден от руководства Управлением и сдал дела Берзину, вернувшемуся из Испании и получившему за нее орден Ленина и четвертый ромб в петлицы, то есть звание командарма 2-го ранга (что соответствует современному званию генерал-полковника).
3 июня Берзин вернулся в свой кабинет, оставленный в апреле 1935-го, став на короткое время начальником Разведупра. А 21 мая на совещании в Разведупре выступил Сталин и заявил: «Разведуправление со своим аппаратом попало в руки немцев», потребовав роспуска агентурной сети. Такая оценка деятельности военной разведки была для руководства НКВД сигналом к уничтожению руководящих кадров Управления.
До Разведупра НКВД добрался в июле. В одном из дел рассекреченного фонда Главпура хранятся протоколы партийных собраний Разведупра. В них десятки фамилий арестованных с их краткими биографическими данными. Конечно, это неполные списки арестованных и погибших сотрудников военной разведки. Но они дают некоторое представление о том, какие потери понес Разведупр в 1937-м. Двадцать человек из руководящего состава Разведупра были взяты на Лубянку, и именно новому начальнику Управления пришлось докладывать об этом на заседании партбюро 19 июля. Что чувствовал Берзин, называя шпионами и террористами людей, с которыми проработал годы, которых отлично знал и которым полностью доверял? Догадывался ли, что многолетняя работа с «врагами народа» бросает тень и на него?
В Разведупре созвали закрытое партийное собрание 20-го июля. В президиуме Берзин со своими ближайшими помощниками Никоновым и Стиггой, сменившим арестованного Узданского на посту начальника первого отдела. В зале 200 пар глаз, устремленных на докладчика. Докладывает секретарь парткома Управления бригадный комиссар Гай Туманян. Повестка дня: «Об исключении из рядов ВКП(б) бывших работников Разведупра, арестованных органами НКВД как врагов народа». Их осудили единодушно, протокол собрания отправили в Наркомат обороны.
В числе арестованных были комкор Геккер, корпусные комиссары Штейнбрюк, Карий, Захаров-Мейер, дивизионный комиссар Борович, комбриг Беговой, полковники Узданский, Мазалов, Иодловский; состоявшие в распоряжении Разведупра и нелегально работавшие за рубежом полковые комиссары Максимов, Юревич, а также Софья Залесская; пришедший в 1936 году из Коминтерна на должность помощника начальника Разведупра Миров (Абрамов) и заменивший Артузова Александровский.
Арест такой большой группы сотрудников вызвал цепную реакцию смещений, перемещений, новых назначений. Полковник Покладек был отправлен в Хабаровск в штаб ОКДВА на должность начальника разведывательного отдела штаба армии. Должность была солидной, в отделе было около ста сотрудников, но это было временное назначение. Через несколько месяцев он был арестован вместе с большой группой сотрудников этого отдела. 1 августа положение в Разведупре в связи с разоблачением «врагов народа» обсуждалось на Политбюро. Было принято решение: «Освободить Я. К. Берзина от обязанностей начальника Разведывательного управления РККА с оставлением его в распоряжении Наркомата Обороны». После ареста соратников, с которыми Берзин работал многие годы, оставление его в распоряжении наркомата означало последующий арест. И Берзин, и его подчиненные это прекрасно поняли. Военная разведка все больше попадала под влияние НКВД. В том же постановлении Политбюро Ежову поручалось «установить общее наблюдение за работой Разведупра, изучить состояние работы, принимать по согласованию с Наркоматом Обороны неотложные оперативные меры, выявить недостатки Разведупра и через две недели доложить свои предложения об улучшении работы Разведупра и указания по свежим кадрам». Теперь Ежов становился полновластным хозяином военной разведки.