Как отмечал Я. Гросс, «части польской армии, перемещавшиеся через восточного воеводства, – их всего было несколько сот тысяч солдат – во многих случаях наталкивались на недружественное местное население. Свои последние бои польская армия на своей территории вела против украинцев, белорусов, евреев». Так как восставшее население обращалось за помощью к советским войскам, в эти стычки втягивалась и Красная армия. Этим объясняются потери Красной Армии, которую сначала все население, включая поляков, встретило так радостно. «Гражданское население (главным образом поляки), – отмечал Я. Гросс, – присоединилось к разрозненным частям польской армии и активно сражалось вместе с ними против советских войск. Было немало примеров такого рода, и в дальнейшем это способствовало отношению советских властей к гражданскому населению как к противозаконным элементам».
28 сентября 1939 года в Москве был подписан договор о дружбе и границе между СССР и Германией. Прилагавшийся к нему секретный протокол устанавливал новую линию раздела между сферами влияния СССР и Германии. Теперь часть польских земель (Люблинское воеводство и часть Варшавского воеводства) переходило в сферу влияния Германии, а Литва передавалась в сферу влияния СССР. Созданные в октябре 1939 года Народные собрания Западной Украины и Западной Белоруссии приняли решение о присоединении к Украинской ССР и Белорусской ССР. Теперь советско-германская граница проходила на 150-250 километров к западу от бывшей польско-советской границы.
В это же время были подписаны договоры СССР о взаимной помощи с Эстонией, Латвией и Литвой. До этого фашистские режимы этих прибалтийских стран стремились укрепить связи с Германией, а не с СССР. Однако отказ Германии от вмешательства в советскую «сферу влияния» в соответствии с протоколами 1939 года, не позволял им теперь рассчитывать на помощь Гитлера. Пока шли советско-эстонские переговоры о договоре, Гитлер в своем письме эстонскому президенту Пятсу просил его «потерпеть» до осени 1940 года. Видимо к этому времени Гитлер рассчитывал начать поход против СССР.
Договоры СССР с Эстонией, Латвией и Литвой позволили Советскому Союзу получить там военные, военно-морские и военно-воздушные базы. В то же время передвижения советских войск за пределами баз строго регламентировалось соответствующими соглашениями, и подписанные договоры не привели к изменению государственного строя в трех прибалтийских странах. У власти остались те же фашистские правительства, а коммунистические партии в этих странах оставались под запретом. Когда же советский посол в Эстонии Никитин сообщил Молотову о намеченных мероприятиях по пропаганде дружбы между СССР и Эстонией, Молотов резко осудил его за попытки «советизировать» Эстонию.
Характер отношений между СССР и прибалтийскими странами и внутриполитическая жизнь в этих странах не менялись до середины июня 1940 года. К этому времени германская армия в апреле за несколько дней оккупировала Данию и Норвегию, а затем за несколько недель, с 10 мая по 16 июня, разгромила англо-французские войска и заняла Голландию, Бельгию, Люксембург и Францию. Тогда возникла опасность, что вермахт повторит блицкриг (молниеносную войну) на Востоке.
Пребывание в «советской сфере влияния» не мешало фашистским режимам Прибалтики развивать связи с гитлеровской Германией. 70 % товарооборота этих стран приходилось на Германию. Прибалтийские армии закупали вооружение в Германии, а их руководство проводило постоянные консультации с представителями германских вооруженных сил. В мае 1940 года в Эстонию прибыл один из видных руководителей германской разведки Клее. Он сообщил министру внутренних дел Эстонии, что скоро Германия нападет на СССР.
К тому времени в Прибалтике активизировали свою деятельность фашистские организации. Из Прибалтики поступили сведения о том, что под видом проведения «балтийской недели» и «праздника спорта» 15 июня фашистские организации Эстонии, Латвии и Литвы при попустительстве правительств готовились захватить власть и обратиться к Германии с просьбой ввести войска в эти страны. Трудно сказать, насколько была реальной угроза путча или провокационного фарса, который бы помог правителям Прибалтики обратиться за помощью к Гитлеру, не дожидаясь осени 1940 года, но, вероятно, советские руководители расценивали эти сообщения в контексте международной обстановки.
В день, когда немецкие войска вступили в Париж, и за день до предполагавшегося фашистского путча в Прибалтике 14 июня 1940 года Советское правительство предъявило правительству Литвы ультиматум, требуя немедленного сформирования нового правительства, которое было бы способно «обеспечить честное проведение в жизнь советско-литовского Договора о взаимопомощи и решительное обуздание врагов Договора». СССР требовал немедленного обеспечения свободного пропуска «на территорию Литвы советских воинских частей для размещения в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве».
Схожие требования были предъявлены 16 июня 1940 года правительствам Латвии и Эстонии. В Таллин. Ригу и Вильнюс были направлены правительственные советские делегации во главе с А. Ждановым, А. Вышинским и В. Деканозовым, которые потребовали изменить состав правительств прибалтийских стран. Одновременно 15-17 июня началось вступление новых контингентов советских войск на территорию Эстонии, Латвии и Литвы. Благодаря тому, что правительства трех прибалтийских государств не стати чинить препятствий советским войскам, вступление Красной армии проходило без осложнений. Во многих городах Прибалтики население тепло встречало советские войска.
В то же время под видом помощи вступающим советским войскам эстонская полиция разгоняла митинги солидарности с СССР и арестовывала ораторов, выступавших с приветствиями в адрес Красной армии. В Каунасе и в Риге полиция стреляла по людям, приветствовавшим советские войска. При этом в Риге было ранено 29 человек, из них двое скончались. Однако советские войска не препятствовали действиям местной полиции, а Жданов запрашивал Москву: «Не следует ли вмешаться в это дело или оставить до нового правительства». Лишь получив сообщения о расстрелах в Риге и арестах в Таллине, Молотов телеграммой от 20 июня ответил Жданову: «Надо твердо сказать эстонцам, чтобы они не мешали населению демонстрировать свои хорошие чувства к СССР и Красной армии. При этом намекнуть, что в случае стрельбы в демонстрантов советские войска возьмут демонстрантов под свою защиту».
Тем временем Деканозов, Вышинский и Жданов были заняты ведением переговоров о сформировании просоветских правительств. Хотя местные коммунисты настаивали на сформировании таких правительств из членов своих партий и их союзников, эмиссары Сталина не поддерживали этих предложений. В новом правительстве Эстонии во главе с И. Варесом преобладали социалисты и беспартийные, но коммунистов не было. По настоянию Деканозова в правительство Литвы, которое сформировал В. Креве-Мицкевичус, вошел и министр финансов Э. Галанаускас, занимавший тот же пост при режиме Сметоны. Единственный коммунист в новом литовском кабинете занял пост министра внутренних дел. Лишь в результате своих настойчивых просьб коммунисты Латвии, во главе которых встал освобожденный из тюрьмы Я. Калнберзин, добились включения четырех членов своей партии в новое латвийское правительство, которое возглавил беспартийный А. Кирхенштейн. В то же время президенты Латвии и Эстонии Ульманис и Пятс сохраняли свои посты. Лишь президент Литвы Сметона эмигрировал в Германию.
Новые правительства пользовались широкой поддержкой населения Прибалтики. Комиссия АН Эстонской ССР в своем докладе 1989 года, цель которого состояла в том, чтобы обосновать «противозаконность» вступления Эстонии в СССР, все же признала, что «большая часть народа Эстонии по различным причинам приветствовала новое правительство по различным причинам: демократически настроенная интеллигенция связывала с этим устремления к демократизации государственного строя, наиболее бедные слои населения надеялись на улучшение своего материального и социального положения, основная часть крестьянства добивалась уменьшения долгов, ложащихся на хутора, малоземельные и безземельные крестьяне хотели получить землю, коммунисты видели в этом один из этапов реализации своих программных требований. Это подтверждают многочисленные митинги, народные собрания, резолюции трудовых коллективов и программные документы созданных новых организаций».