Успешно работали штабы всех степеней под руководством начальника штаба ДА Героя Советского Союза генерала М. И. Шевелева (до лета 1944 г.) и генерала Н. В. Перминова, начальников штабов корпусов генералов Богданова, Дьяченко, Ковалева и полковников Зотина, Базанова, Савельева, Стоколяса, Усачева, Тарасюка.

Офицеры оперативного управления штаба под руководством генерала Н. Г. Хмелевского и его заместителя генерала П. П. Беличенко, совершенствуя методы работы подчиненных штабов, сравнительно быстро преодолели недостатки в работе и наладили надежное управление соединениями. Хорошо подготовленные опытные офицеры даже в самые напряженные периоды работали слаженно, ритмично, без суеты, оказывая друг другу товарищескую помощь. Сколоченность штаба, взаимозаменяемость его офицеров позволили быстро реагировать на изменения обстановки и проводить необходимые мероприятия.

Многие штабы успешно организовали тактическую и специальную подготовку личного состава, обобщение, изучение и внедрение боевого опыта, систему управления частями, разработку кодовых таблиц, условных сигналов, улучшали ПВО действующих аэродромов базирования, их маскировку и создание запасных и ложных аэродромов. Таким образом, штабы ДА всех степеней приобрели богатый опыт по управлению частями и успешно справились с возложенными на них задачами.

Количество самолето-вылетов и тоннаж сброшенных бомб не могли служить основными критериями при оценке действий ДА.

Объективные результаты ударов экипажей, действующих ночью, самостоятельно и на различном удалении от линии фронта, определить было сложно. Ближайшими свидетелями и контролерами являлись однополчане, летящие сзади, экипажи фотоконтроля, а затем уже дневные воздушные разведчики. Хорошо организованный контроль повышал ответственность экипажей за эффективность действий.

Существовали различные способы контроля: фотографирование; полеты командиров полков, их заместителей, офицеров штабов, политработников в общем боевом порядке группы; выезды представителей авиасоединений: в районы бомбардирования после занятия их нашими войсками; подтверждения и отзывы войск, партизан, агентурной разведки; наблюдения экипажей; показания пленных.

Из всех форм контроля наиболее распространенными являлись вылеты в каждом волку представителя из руководящего состава с задачей прибыть в район цели раньше бомбардировщиков своего полка. После сбрасывания бомб ему надлежало набрать дополнительно высоту и ходить в районе цели до окончания бомбардирования всех экипажей, наблюдая порядок и результаты их действий. Он имел список очередности бомбардирования, в котором отмечал время разрывов бомб и результаты удара каждого экипажа. Этот способ себя оправдал и давая хорошие результаты в тех случаях, когда цель бомбардировал один авиаполк. Но когда одну цель обрабатывали несколько дивизий, установить результаты каждого экипажа было невозможно, так как время удара не всегда выдерживалось. Практически бомбы сбрасывали одновременно 2-5 экипажей.

Приказы командующего ДА требовали от руководящего состава частей и соединений ежегодно выполнять определенное число вылетов в качестве контролеров. Отдельные из контролеров погибли, а некоторые, будучи сбитыми, спасались на парашютах и возвращались в свою часть. Так, в ночь на 12 июля 1942 г. контролером 17-й дивизии в экипаже командира эскадрильи 751-го полка майора М. Урутина вылетел командир дивизии генерал Е. Ф. Логинов. Над целью в районе Воронежа во время четвертого захода от попадания зенитного снаряда бомбардировщик загорелся. Угрожала опасность взрыва бензобаков. По команде Урутина члены экипажа покинули самолет, кроме штурмана, который дал возможность первым покинуть кабину генералу. Штурман майор И. М. Мацапрас выпрыгнул с опозданием. Вероятно, он поспешно открыл парашют и зацепился за хвостовое оперение самолета. Майор И. М. Мацапрас погиб. Остальные члены экипажа спустились в расположение вражеских войск, через несколько дней перешли линию фронта и вернулись в часть.

Командирский контроль повышал дисциплину и ответственность летного состава, что обеспечивало достаточную точность бомбометания. Кроме того, он помогал командирам устранять недочеты и определять уровень подготовки подразделений и частей.

С осени 1942 г. стал широко внедряться один из лучших способов фотоконтроль. Он кроме оценки правильности бомбометания позволял документально вскрывать допущенные экипажами ошибки. Результаты удара изучались по фотоснимкам с летным составом.

Контроль с выездом в район удара стал применяться с началом наступления наших войск. В соединениях были созданы комиссии, которые после освобождения района осматривали местность, объекты, опрашивали местных жителей и устанавливали результаты бомбардирования, определяли его эффективность. Такой способ себя оправдал. Подтверждение общевойскового командования также было действенным видом контроля. Однако этот вид контроля носил эпизодический характер. Было установлено, что ни один из перечисленных видов контроля в отдельности не давал полной картины. Для получения объективных данных один вид контроля обычно дополнялся другим.

На развитие оперативного искусства и тактики большое влияние оказали конференции летного и технического состава частей и соединений по обмену опытом, творчеcкая инициатива многих командиров, штабов и летного состава, обобщение, изучение опыта и издание инструкций и пособий для частей.

Приказ НКО от 11 декабря 1943 г. потребовал провести ряд мероприятий, направленных на обобщение и изучение боевого опыта. В юнце 1943 г. в штабе ДА был создан отдел по изучению опыта войны, а в штабах дивизий и корпусов для этой цели выделены опытные офицеры.

Офицеры отдела по сообщению и изучению боевого опыта под руководством генерала Н. В. Логинова и полковника Ю. А. Чубарова разрабатывали и издавали информационные сборники, бюллетени, памятки для экипажей, инструкции и другие необходимые документы. На формирование новых взглядов по оперативно-тактическому применению ДА оказали большое влияние статьи центральных журналов, например "Вестник Воздушного Флота", газет "Красная звезда", "Сталинский сокол" и "Красный сокол".

В годы войны организационная структура дальней авиации неоднократно изменялась в соответствии с условиями обстановки, поставленными задачами, состоянием самолетного парка и средств связи.

На развитии ДА сказалось то обстоятельство, что авиапромышленность не могла обеспечить одновременное массовое строительство истребителей, штурмовиков (потребность в которых была особенно велика) и бомбардировщиков. Вот почему в годы войны удельный вес ДА составлял 8-10% от всех советских ВВС.

В организационном отношении ДА претерпела существенные изменения. Уже в июле 1941 г. тяжелые потери, недостаточное пополнение самолетами и необходимость сохранения полков заставили перейти от штатов мирного времени (5 эскадрилий в полку) на штаты военного периода (3 эскадрильи). Количество самолетов в полках снизилось с 61 до 32. В конце августа были упразднены управления авиакорпусов, число дивизий уменьшилось до шести. Четыре авиадивизии были переданы командованиям Юго-Западного и Южного фронтов. В сентябре дивизии стали состоять из двух авиаполков вместо 4-6. Полки имели две эскадрильи бомбардировщиков по 10 самолетов.

Однако вскоре обнаружились недочеты и новой организационной структуры. После расформирования корпусов ослабленные дивизии оказались в подчинении командования ВВС фронтов. Усилия ДА были распылены, управление децентрализовано. Такая организация не отвечала требованиям обстановки, лишала возможности массированного применения ДА на решающих направлениях.

В начале 1942 г. авиапромышленность увеличила выпуск самолетов Ил-4. Появилась возможность организационно укрепить ДА. Война заставила как бы вновь создавать самостоятельную ДА, так успешно развивавшуюся в конце 30-х годов. Постановлением ГКО в марте 1942 г. отдельные дальнебомбардировочные дивизии были выведены из подчинения командованию ВВС и создана ДА самостоятельный вид стратегической авиации, подчиненный непосредственно Ставке ВГК.