30 марта 1921 года он был арестован ЧК в Казани. В заключении в Уфе, а затем в ВЧК в Москве Некрасов повел душевные беседы со следователем, повествуя о муках «странствий» под чужой, но собственного изобретения фамилией. Разве странник не подобен Иисусу, проделавшему скорбный путь на Голгофу? Он обнажил на допросах белоснежную душу, во что уверовали по ту сторону стола. Следователи не стали досаждать узнику бестактными вопросами, а поручили самому описать свою жизнь человека, исковерканного проклятым прошлым. Автор нарек труд «Краткий очерк жизни Николая Виссарионовича Некрасова за время с начала империалистической войны до ареста 30 марта 1921 года», в котором среди многих красот эпистолярного жанра значилось:
«С первых дней войны я оказался в разногласии с большинством партии, руководимой Милюковым, по вопросу о гражданском мире с царским правительством, я настаивал на продолжении оппозиционной тактики, а Милюков на примирении с властью. …В Думе мои разногласия с соглашательской политикой Милюкова увеличились настолько, что я вышел из Президиума фракции, вообще отошел от работы в Думе и отдался работе в «Земгоре». Это продолжалось больше года. Только в конце 1916 года, когда отношения Думы с правительством Николая II обострились, моя кандидатура, как резко оппозиционная, была выдвинута на место товарища председателя Думы. В этой роли меня и застала февральская революция.
Рост революционного движения в стране заставил в конце 1916 года призадуматься даже таких защитников «гражданского мира», как Милюков и других вождей, думского блока. Под давлением земских и городских организаций произошел сдвиг влево. Еще недавно мои требования в ЦК к.д. партии «ориентироваться на революцию» встречались ироническим смехом — теперь дело дошло до прямых переговоров земско-городской группы и лидеров думского блока о возможном составе власти «на всякий случай». Впрочем, предствления об этом «случае» не шли дальше переворота, которым в связи с Распутиным открыто грозили некоторые великие князья и связанные с ними круги. В этом расчете предполагалось, что царем будет провозглашен Алексей, регентом – Михаил, министром-председателем – князь Львов, а министром иностранных дел – Милюков.
Единодушно все сходились на том, чтобы устранить Родзянко от всякой активной роли.
Рядом с этими верхами буржуазного общества шла оживленная работа и в кругах, веривших и жаждущих настоящей революции. В Москве и Петрограде встречи деятелей с.д. и с.р. партий с представителями левых к. д. и прогрессистов стали за последние перед революцией годы постоянным правилом. Здесь основным лозунгом была республика, а важнейшим практическим лозунгом – «не повторять ошибок 1905 года», когда разбитая на отдельные группы революция была по частям разбита царским правительством. Большинство участников этих встреч (о них есть упоминания в книге Суханова) оказались важнейшими деятелями февральской революции, а их предварительный сговор сыграл, по моему глубокому убеждению, видную роль в успехе февральской революции».
Рассказы Некрасова полностью укладывались в известную схему предыстории событий, приведших к революции. В сущности, то, о чем тогда говорил Некрасов, являлось перефразом самых популярных с о России тех лет. Причем он правильно расставлял акценты, поносил Милюкова и не уставал подчеркивать, что сам, во всяком случае, имеет революционные заслуги — боролся с монархией. Образно говоря, он описал верхушку айсберга политической деятельности своих единомышленников, остальное пока оставалось скрытым.
Показания Некрасова сомнения не вызывали, а он сам завоевал растущие симпатии и тех в ВЧК, кто вели его дело. Они не усмотрели ничего необычного как в его дореволюционных деяниях, так и в «странствованиях» после революции под чужой фамилией. «Заключение по делу Некрасова», составленное следователем ВЧК 23 мая 1921 года, проникнуто глубоким лиризмом. Скользкий период жизни подследственного — пребывание в Казани — рисовался в пастельных тонах.
«Все больше и больше проявляя себя как крупного экономиста, кооператора и общественного деятеля… — говорилось в документе, – Голгофский постепенно завоевывал все больше и больше обожателей в правящих г.Казани сферах, с другой, обнаруживая свою незаурядность и проявляясь, невольно раскрыл свое инкогнито, а в товарищеской попойке открыл однажды свой псевдоним.
В результате целый ряд коммунистов г. Казани, равно как и много обывателей, узнали, что представляет собой фигура Голгофского, и в то время как одни из знавших, считая деятельность его, Некрасова (Голгофского), положительной для Советвласти, молчали о том, что знали, другие частью из зависти к его успехам, частью из злобы личной или к прошлому подготовили роковой донос, и деятельность Голгофского в Казани на этом прервалась.
Принимая во внимание, что деятельность Некрасова Н.В. в Казани, по очевидному мнению целого ряда ответственных партийных товарищей Казани и центра, не поддается никакому сомнению в смысле положительного отношения к Советской власти… что за исключением некоторых, весьма незначительных мест в его показаниях (нежелание называть фамилии лиц, связанных с ним знакомством в целях ограждения их от неприятностей допросов и пр.), последние носят характер раскаяния бывшего кадета, убедившегося, что нет ничего среднего между реакцией и советвластью и признавшего последнюю, полагал бы настоящее дело представить на распоряжение тов.Дзержинского».
Казалось, трудно превзойти душевный подход следователя, но уполномоченный президиума ВЧК, под наблюдением которого велось дело, оказался способным на это. К «заключению» он приписал: «Я вел с Голгофским-Некрасовым ряд бесед не записанных. На основании всего материала по делу прихожу к убеждению в политической и общей целесообразности полного прекращения дела Голгофского-Некрасова, легализации б.министра путей сообщения Некрасова, освобождения его и использования его на хозяйственной работе».
Перед натиском взрыва добрых чувств руководства ВЧК устоять было невозможно, и 24 мая 1921 г. Ф.Э.Дзержинский наложил резолюцию «Дело прекратить». Некрасов обрел свободу.