Положение народа стало еще более тяжелым. Росло недовольство и среди отдельных групп феодалов и духовенства, права и привилегии которых были сильно урезаны оккупантами.
"Монголия была отдана в рабство, - пишет об этом периоде один из основателей МНР X.Чойбалсан, - повсеместно, в городе и худоне (районе. М.Н.), в каждой местности и в каждой юрте все мужчины и женщины стали говорить об этом и горевать по этому поводу. Все стали волноваться и изыскивать способы восстановления национальной независимости. Они с отвращением стали смотреть на лам и светских феодалов, перед которыми ранее преклонялись".
В октябре 1920 года в Монголии объявился новый японский ставленник прибалтийский барон Унгерн. Он демагогически заявил о своем стремлении "освободить монгольский народ от ига китайских империалистов, восстановить автономию, возвеличить ламаистскую религию". Вначале авантюриста поддержали феодалы и часть обманутых аратов, ненавидевшие иноземных притеснителей. В феврале 1921 года барон взял столицу Монголии город Ургу и восстановил власть богдо-гэгэна. Китайские оккупанты были изгнаны. При поддержке японской военщины Унгерн стал готовить поход против Советской России. Однако он быстро разоблачил себя в глазах монгольского народа как японский наймит.
Борьбу аратов против хозяйничанья в стране унгерновцев возглавила Народная партия, созданная национальным героем Монголии Д.Сухэ-Батором и его соратником X.Чойбалсаном на основе революционных кружков, возникших под влиянием Великой Октябрьской социалистической революции. Еще летом 1920 года монгольские революционеры послали в Москву делегацию, которая встречалась с В.И.Лениным. Анализируя военное положение Монголии, игравшей роль буфера между двумя борющимися мирами, Владимир Ильич говорил делегатам: "...единственным правильным путем для всякого трудящегося этой страны является борьба за государственную и хозяйственную независимость. Эту борьбу, - продолжал Ленин, - разрозненно вести нельзя, нужна объединенная организация сил, организация политическая и государственная".
Монгольские делегаты представляли себе будущую борьбу только как уничтожение гаминов (так монголы называли военных китайцев). Владимир Ильич обстоятельно разъяснял: "Не гаминов вообще вы должны уничтожать, не с гаминами-китайцами вы, вообще, должны бороться, а с продажными китайскими военными и гражданскими политиками, с купцами и ростовщиками... Китайские же крестьяне и рабочие должны быть вашими союзниками... Ваше непосредственное обращение к этим подневольным массам, одетым в солдатские шинели, будет ими понято, как проявление подлинной дружбы и братства, и при правильном ведении этого дела не врагов вы будете иметь в их лице, а союзников в борьбе с общим врагом - китайскими и японскими империалистами".
Под руководством Сухэ-Батора и Чойбалсана в Монголии начинают создаваться первые партизанские отряды для борьбы с белогвардейскими бандами Унгерна, китайскими милитаристами и их прислужниками-феодалами.
1 марта 1921 года в Троицкосавске (ныне Кяхта) открылся I съезд Монгольской народной партии. Была объявлена ее программа, избран Центральный Комитет, принято решение об объединении партизанских отрядов в Народную армию для вооруженной борьбы против вторгшихся в страну иноземных захватчиков. Главнокомандующим Народной армией был назначен Сухэ-Батор, а его заместителем - X.Чойбалсан.
В соответствии с решениями съезда 13 марта на совещании представителей партии, трудящихся-аратов и партизанских отрядов в Троицкосавске было создано Временное народное правительство, в составе семи человек. В решении совещания указывалось: "Целью вооруженного восстания народа является, во-первых, освобождение родины от ига китайских милитаристов и очищение ее от других захватчиков, вторгшихся на ее территорию, во-вторых, создание правительства, способного защищать интересы и развивать культуру монгольского народа".
Уже 18 марта отряд Народной армии в семьсот кавалеристов под командованием Сухэ-Батора выбил китайских оккупантов из города Маймачен (теперь Алтан-Булак). Эта дата считается в Монгольской Народной Республике днем основания Народно-революционной армии.
Однако сил для борьбы с белогвардейцами у Народно-революционной армии было еще недостаточно. Поэтому Временное народное правительство Монголии 10 апреля 1921 года обратилось к братскому советскому народу с просьбой об оказании военной помощи в борьбе против Унгерна.
Радостно приветствовали араты советские войска, вступавшие на землю Монголии для совместной борьбы против общего врага. С каждым днем росли силы Народной армии, со всех сторон стекались в нее труженики-скотоводы.
В июне 1921 года в районе Троицкосавска произошел упорный трехдневный бой между советско-монгольскими войсками и бандами барона Унгерна. Первый удар врага приняли отряды Народной армии. На помощь им пришли воины 35-й Сибирской стрелковой дивизии во главе с К.А.Нейманом и 35-го отдельного кавалерийского полка под командованием К.К.Рокоссовского. Сражаясь плечом к плечу, красноармейцы и цирики разбили противника. Раненый Унгерн бежал с поля боя с жалкими остатками своего воинства.
Стремительно продвигаясь вперед, части Красной Армии и монгольской Народной армии, громя разрозненные белые банды, 6 июля освободили столицу Монголии Ургу (ныне Улан-Батор).
11 июля 1921 года было создано постоянное Народное правительство. В этот же день Сухэ-Батор от имени правительства на центральной площади столицы провозгласил независимость Монголии. Эта дата с тех пор ежегодно торжественно отмечается как день победы народной революции, как великий национальный праздник монгольского народа.
В конце июля Унгерн, пополнив с помощью местных феодалов свои поредевшие банды, решает вторично напасть на Советскую Россию. Однако и на этот раз, совместными усилиями советско-монгольских войск основные силы унгерновцев были разбиты. Сам Унгерн был в августе 1921 года с помощью монгольских партизан захвачен в плен разведчиками 35-го кавалерийского полка.
Однако бои с отдельными бандами все еще продолжались. В сентябре 1921 года сводный советско-монгольский отряд под командованием сибирского партизана К.К.Байкалова и Хас-Батора численностью около трехсот человек в районе озера Толбо-Нур был окружен тремя с половиной тысячами белогвардейцев генерала Бакича. Сорок четыре дня красноармейцы и цирики мужественно отбивали атаки врага. В конце концов их выручил 185-й стрелковый полк Красной Армии.
Перед аратами стояло много сложных задач. Еще бродили по стране банды белогвардейцев, кое-где поднимали голову реакционеры-феодалы. Немало было и экономических трудностей.
Учитывая важность в этих условиях братского содружества двух народов, поздней осенью 1921 года в Москву была направлена монгольская делегация. В ее состав входил и главнокомандующий Народно-революционной армией, вождь монгольской революции Сухэ-Батор. 5 ноября 1921 года делегаты встретились с В.И.Лениным. Владимир Ильич долго беседовал с Сухэ-Батором и другими посланцами монгольского народа о будущем страны, о пути Монголии к социализму, о важности дружбы и взаимопомощи между советским и монгольским народами. Многие из советов В.И.Ленина в дальнейшем легли в основу программы Монгольской народно-революционной партии.
В результате переговоров было подписано соглашение об установлении дружественных отношений между Советской Россией и Монголией. Аннулировались все грабительские договоры, навязанные Монголии царским правительством. Это был первый в истории Монголии равноправный договор. Он положил начало политическому, экономическому и культурному сотрудничеству двух братских народов. Говоря о дальнейшем пути развития Монголии, Ленин указывал, что отсталые страны при помощи победившего пролетариата могут осуществить переход к социализму, минуя капиталистическую стадию развития.
Однако белогвардейцы, поддерживаемые милитаристами из Токио, и местные феодалы мешали мирному строительству. Только к середине 1922 года совместными действиями советско-монгольских войск были разгромлены основные белогвардейские банды на территории Монголии. За мужество и героизм, проявленные в совместной борьбе, руководители монгольской Народной армии Сухэ-Батор, Чойбалсан, Хатан-Батор Максаржав были награждены Советским правительством орденами Красного Знамени.