Как ни многочисленны были предметы, о которых рассуждал и сделал свои постановления Стоглавый Собор, но догматов веры православной он почти не касался. Зато едва протекло около двух лет после Стоглавого Собора, как открылась потребность в новом Соборе, который должен был рассуждать преимущественно об истинах христианской веры или, точнее, защищать их против новых проповедников старой уже у нас ереси жидовствующих. Мы знаем, что эта ересь чрез несколько времени после происхождения своего явилась в двояком виде: одни из ее последователей, люди простые и необразованные, отвергаясь веры христанской, предпочитали ей иудейскую, принимали жидовство и иногда даже обрезывались; а другие, люди образованные, книжные, не принимали самого жидовства, но только усвояли себе воззрения жидовствующих на христианскую веру и потому отвергали все собственно христианские догматы и установления и делались религиозными вольнодумцами. Знаем также, что даже после окончательного осуждения этой ереси в 1504 г. следы ее и сочувствие ей замечались еще в странах заволжских между иноками вологодскими и белозерскими и что ее продолжали тайно держаться многие в Москве, особенно между вельможами, против вольнодумства которых находил нужным ратовать митрополит Даниил. Когда не стало князя-старца Вассиана (осужденного в 1531 г.), главного покровителя ереси жидовствующих, или новгородских еретиков, она, по-видимому, исчезла в России. Но теперь, лет через двадцать, под влиянием отчасти нового брожения умов, проникавшего к нам с Запада, она обнаружилась вновь в обоих своих видах. В качестве вольнодумства, простиравшегося до отвержения всех догматов и установлений христианских, ее проповедовал некто Матфей Семенов Башкин, живший в Москве, человек книжный и, вероятно, если не знатный, то богатый или достаточный, потому что имел у себя слуг и рабов. В качестве не только отвержения христианства, но и приверженности к иудейству, или Моисееву закону, проповедовал эту ересь некто Феодосий Косой, бывший слуга одного из московских бояр, обокравший его, бежавший на Белоозеро и там принявший монашество. Но обратимся к подробностям.

В Великий пост 1553 г. к священнику придворного Благовещенского собора в Москве Симеону пришел Матфей Семенов Башкин и умолял принять его на исповедь, а на исповеди говорил: "Ваше дело великое; больше сея любве никтоже имать, как написано, да кто душу свою положит за друга своя, а вы полагаете за нас души свои, и бдите о душах наших". После того Башкин приезжал к Симеону на подворье да читал Беседы евангельские и, между прочим, говорил: "Ради Бога пользуй меня духовно, надобно не только читать написанное в Беседах тех, а и совершать на деле. А все начало от вас: прежде вам, священникам, следует показать начало собою и нас научить, да тут же в Евангелии и написано: Научитесь от Мене, яко кроток есмъ и смирен сердцем. А кому нужно быть кротким и смиренным? То все на вас лежит, прежде вам должно творить да и нас учить". Чрез несколько времени Башкин прислал за Симеоном своего человека, и, когда Симеон приехал к Башкину, последний начал говорить: "В Апостоле написано, что весь закон заключается в словах: Возлюбиши искренняго своего, яко сам себе, а мы Христовых же рабов у себя держим. Христос называет всех братиею, а у нас на иных кабалы нарядные, на иных полные, а иные беглых держат. Я благодарю Бога моего, что было у меня кабал полных, все изодрал и держу у себя людей добровольно: кому хорошо у меня, тот живет, а кому нехорошо, идет себе куда хочет. А вам, отцам, надобно посещать нас почаще и наставлять, как самим нам жить и как людей у себя держать и не томить их". Все эти речи Башкина были, очевидно, очень хороши и не заключали в себе ничего предосудительного. Но, верно, он говорил многое и совсем в другом роде, потому что Симеон, когда наступил Петров пост, сказал товарищу своему по собору, известному священнику Сильвестру, любимцу царя Иоанна: "Пришел ко мне сын духовный необычен и великими клятвами умолил меня принять его на исповедь в Великий пост; многие предлагает мне вопросы недоуменные, требует от меня поучения, а в ином и сам меня учит, и я удивился тому и весьма усомнился". Сильвестр Отвечал: "Каков-то сын тот будет у тебя, а слава про него носится недобрая". Значит, про Башкина уже знали и толковали в обществе с невыгодной стороны и Сильвестр слышал о нем от других еще прежде. Царя не было тогда в Москве: он ездил для богомолья в Кириллов монастырь. И Башкин снова пригласил к себе Симеона и показал ему Апостол, который был извощен (закапан воском) во многих местах, до трети, предлагал вопросы, а сам толковал "не по существу и развратно". Когда Симеон молвил: "Я сам того не знаю, о чем ты спрашиваешь", Башкин отвечал: "Ты, пожалуй, спрашивай у Сильвестра; он тебе скажет, и ты пользуй мою душу; я знаю, что тебе самому некогда ведать того за суетою мирскою: ни днем, ни ночью покою не знаешь". Симеон передал о всем этом Сильвестру. Скоро возвратился в Москву царь (это было в июне, следовательно, еще до исхода Петрова поста), и Сильвестр вместе с Симеоном рассказали ему все про Башкина, а протопоп Андрей и Алексей Адашев засвидетельствовали, что и они тоже про Башкина слышали. Государь велел Симеону представить книгу Апостол, извещенную Башкиным. Башкин извощил ее всю, и Симеон принес ее к церкви, где и видел книгу царь и все слышали в ней и речь и мудрование Башкина. Но дело пришлось отложить, потому что царь, получив известие (6 июля) о предполагаемом набеге крымцев на Россию, поспешил в Коломну. Впрочем, отъезжая, царь велел схватить Башкина, посадить его у себя в подклеть и поручил его двум иосифовским старцам, Герасиму Ленкову да Филофею Полеву. Башкин не сознавался в ереси и исповедовал себя христианином, но скоро был постигнут гневом Божиим и начал, как свидетельствуют современники, бесноваться и, извесив свой язык, долгое время кричал разными голосами и говорил "непотребная и нестройная". Потом он пришел в разум и слышал будто бы голос: "Ныне ты исповедуешь меня Богородицею, а врагов моих, своих единомышленников, таишь". Устрашенный этим голосом, Башкин начал каяться пред своим отцом духовным. Известили митрополита, и по его приказанию Башкин "своею рукою исписа и свое еретичество и свои единомысленники - о всем подлинно". Он указал как на своих советников на Григория и Ивана Борисовых и на других и сознался, что принял свое злое учение от аптекаря Матфея, родом литвина, да от Андрея Хотеева - латынников и что заволжские старцы не только "не хулили его злобы", но еще "утверждали его в том". Значит, это лжеучение хотя возникло собственно в Башкине под влиянием западного вольномыслия чрез названных латынников, но развивалось и укреплялось под влиянием вольномыслия домашнего, уже существовавшего в России между заволжскими старцами. Сущность же еретичества Башкина и его единомысленников, по его показанию, состояла в том, что они а) хулили Господа Иисуса Христа, исповедуя Его неравным Богу Отцу; б) Святое Тело Его и Кровь в таинстве Евхаристии считали простым хлебом и вином; в) Церковию называли только собрание верных, а церкви, или храмы вещественные, признавали за ничто; г) отвергали вообще святые иконы и называли их идолами; д) отвергали таинство покаяния и говорили: "Как перестанет человек грешить, хотя бы и не покаялся пред священником, ему нет более греха"; е) предания и жития святых отцов называли баснословием; ж) Вселенские Соборы укоряли в гордости, говоря: "Все писали они для себя, чтоб им владеть всем - и царским и святительским"; з) короче сказать, все Божественное Писание называли баснословием, а Евангелие и Апостол излагали неистинно. Легко заметить, как сходно это новое лжеучение с бывшим лжеучением жидовствующих. Государь, когда возвратился в Москву (18 августа) и узнал, в чем состояла ересь Башкина, то "содрогнулся душою" и велел схватить единомысленников его и созвать на них Собор. Оказалось, что этих единомысленников единомыслеников, а отнюдь не учеников Башкина - было весьма много, особенно между заволжскими старцами-пустынниками. Тогда, пишет один из современников, "митрополит Русский за повелением царевым повелел оных ругателей везде имати, хотяще истязати их о расколех их, имиж Церковь возмущали, и где елико аще обретено их, везде имано и провожено до места главнаго Московскаго, паче же от пустынь завольских, бо и там прозябоша оная ругания". Достойно замечания, что царь посылал тогда звать в Москву и Максима Грека из Сергиевой лавры, но Максим, подумав, что его считают с Башкиным, оскорбился и не поехал. После этого царь отправил к Максиму грамоту, в которой, изложив сущность новоявившейся ереси, просил его, по крайней мере, показать свое "писание на нынешнее злодейство" и объяснял, что вовсе не считает его, верного, с неверными, а приглашал в Москву только затем, да покажется и он поборником православия против еретиков. В Москве размещали единомысленников Башкина по монастырям и подворьям и несколько раз допрашивали на очных ставках с ним еще до открытия Собора.