Необходимость быстрого принятия решений в процессе ведения боевых действий и ведения дипломатических переговоров, заставила гетмана вплотную заняться созданием эффективного гетманского правительства (обозный, писарь, судьи, казначей, войсковой есаул, войсковой хорунжий, бунчужный). Понятно, что простые казаки редко могли претендовать на эти должности, поэтому значительно повысился спрос на образованную украинскую шляхту. Так генеральным писарем у Богдана Хмельницкого стал шляхтич Иван Выговский, которого Богдану пришлось даже вызволять из турецкой неволи. Очень скоро между рядовыми казаками, тяготевшими к прежним вольностям, и новой администрацией возникли противоречия. Конфликты возникали, как правило, на социальной почве, поскольку старшины, пользуясь обстоятельствами, прибирали к рукам то, что раньше принадлежало полякам. Но по мере роста значимости Запорожья, его особого статуса и военной силы конфликты стали приобретать политический характер.
По Переяславскому договору 1654 года запорожские казаки стали подданными русского царя, и сам факт этого подданства использовался ими в выяснении отношений с гетманом. Русскому правительству было очень сложно понять, почему малороссийский гетман в титулатуре которого значилось и слово "Запорожский" так резко негативно отзывался о запорожской вольнице, жалуясь на ее своеволие. После смерти Хмельницкого напряженность между казацкой старшиной и рядовыми казаками (особенно запорожскими) нарастала. Царскому правительству были выгодны неприязненные отношения Запорожского Коша и гетмана. Царь Алексей Михайлович во время острейшего противостояния Выговского с одной стороны и запорожцев и полтавского полковника Пушкаря с другой направил кошевому Барабашу царскую грамоту, что фактически делало Сечь правомочным политическим образованием, признанным Москвой. Напомним, что само избрание Выговского гетманом проходило без участия запорожцев, что делало его в глазах низового казачества как бы не вполне законным. Вообще, царское правительство охотно предоставляло возможность жаловаться на гетмана, желая иметь полную информацию о его действиях и намерениях. Такой пункт был записан в статье нового 1659 года второго Переяславского договора, подписанного Юрием Хмельницким:"... о всяких спорних делех писать к великому государю, к его царскому величеству".
Пожалуй, самый острый конфликт возник в 1663 году при избрании гетманом И. Брюховецкого на знаменитой "Чорной раде". Напомним, что противником Брюховецкого, за которого стояли сечевики, был Яким Сомко, считавший запорожских сечевиков, ушедших из Запорожья, простыми казаками, приписанными к какому либо городовому полку, вследствие чего они не могут принимать участие в раде как низовое казачество. Запорожцы же в своем стремлении ограничить власть гетмана были скорее согласны находиться под царскими воеводами, чем под рукой гетмана. Брюховецкий тогда также настаивал на ограничении власти гетмана вплоть до передачи власти царскому наместнику. В этом не было ничего удивительного для шляхты, поскольку местная власть и ранее не утверждалась без согласия польского короля. Противостояние между двумя кандидатами кончилось тем, что на "Чорную раду" Брюховецкий прибыл не только в сопровождении сечевиков, но и царских ратников князя Ромодановского и, естественно, был избран гетманом. Однако, как мы уже знаем, недолго Брюховецкий питал политические симпатии к низовому казачеству. Получив гетманскую булаву, он постарался отмежеваться от тех, кто помог ему в Нежине. И сам уже просил царя не допускать запорожцев к царскому величеству без его, гетманского ведома.
Андрусовский мир коренным образом изменил ситуацию. По этому договору Запорожье должно было управляться совместно русским и польским правительствами. Однако, низовое казачество во главе с прославленным кошевым атаманом Иваном Сирко неоднократно подчеркивали свою преданность московскому государю. Но такое положение, при котором Левобережье находилось в подчинении Москвы, а Запорожье имело странный двойной статус, не способствовало сближению низового казачества и малороссийского гетмана. Таким образом, даже та часть Украины, которая тяготела к России, не представляла собой нечто целое ни в политическом, ни в военном отношении, не говоря уже о Правобережье.
"Вечный мир" России с Польшей, заключенный в 1686 году, положил конец двойному подчинению Запорожья. На этот раз царское и гетманское правительство действовали совместно, ограничивая права и вольности низового казачества. Государственные интересы России и интересы малороссийских гетманов, сама логика исторического процесса делали проблематичным даже относительную независимость Запорожской Сечи. Запорожцам были запрещены какие-либо контакты с Речью Посполитой и Крымским ханством, на их землях Москва строила военные крепости. Словом, Запорожье рассматривалось как форпост в военном противоборстве с Турцией. Памятуя прошлые вольности и воинскую славу, сечевики всегда с подозрением и неприятием относились к гетманам и их окружению. Их раздражало то, что украинская казацкая старшина получала от московских царей земли, на которых проживали простые казаки, ставшие в глазах старшины хлопами.
Особую ярость вызвало у запорожцев разорение князем Голицыным Самаро-Михайловского Запорожского монастыря, в котором доживали свой век монахи - старые запорожцы. Монахи были недовольны строительством возле монастыря военной крепости с назначенным московским воеводой. Князь Голицын, возвращаясь после второго неудачного похода из Крыма, буквально разгромил монастырь, не пощадив престарелых монахов. После этого позорного дела запорожцы стали в открытую оппозицию гетману Мазепе, которого считали главным пособником Москвы и даже начали переговоры с Крымским ханом. В 1692 году на Запорожье появился войсковой канцелярист Петро Иваненко (Петрик), который стал генеральным писарем и возглавил оппозиционное движение против гетмана Мазепы. Однако, его намерения не были поддержаны украинским казачеством и трехлетние попытки поднять украинских казаков на выступление против гетмана успехом не увенчались.