Подчинение Киевской митрополии Московскому патриархату и согласие на это Константинополя далеко неоднозначно было воспринято рядовым духовенством. Но все складывалось в пользу московских политиков. Даже Речь Посполитая после заключения в 1686 году российско-польского "Вечного мира" признала подчинение православных епархий, расположенных в ее пределах, Киевской митрополии, подчиненной уже Москве.
С 1686 года центром православных церквей становится Москва, вследствие чего в Украине усилились центростремительные тенденции. Украинские православные епархии ( а их было шесть) начали постепенно, одна за другой переходить под сильную руку Московского патриарха. В 1688 году Черниговский епископ обратился с просьбой подчинить его епархию Московскому патриарху. Затем от Киевской митрополии стали отпадать правобережные епархии, часть из которых перешла в унию. Процесс распада закончился тем, что к началу XVIII века в Киевской митрополии осталась только одна епархия - Киевская же. Но и там было не все мирно. В 1687 году под церковную юрисдикцию Московского патриарха перешел Межгорский монастырь, а годом позже - Киевско-Печерская лавра.
В 1690 году Киевским митрополитом стал Варлаам Ясинский (1690-1707 г.г.), который предложил идею воссоздания Переяславского епископата с подчинением ее Киеву, поддержанную гетманом Мазепой, сменившего Самойловича. Эту мысль поддерживал также восточный патриарх Досифей, который к тому времени переменил свои взгляды и даже рекомендовал новому Московскому патриарху Адриану назначать в украинские епархии московских епископов. Деятельность Переяславской епархии была возобновлена в 1702 году, но уже в 1708 году ее первый епископ обратился к просьбой перейти под юрисдикцию Москвы. Вообще украинские архиереи верно служили государственным задачам России, после Полтавской битвы они послушно и регулярно предавали анафеме бывшего гетмана Ивана Мазепу, изменившему Петру I.
Малоизвестным фактом, повлиявшим на ускорение распада Киевской митрополии, является "дело царевича Алексея", сына Петра I, обвинявшегося в тайных сношениях как с местоблюстителем патриаршего престола в Москве Феофаном Прокоповичем, украинцем по происхождению, так и с Киевским митрополитом Иоасафом. Сократившаяся подобно "шагреневой коже" Киевская митрополия в 1722 году вообще перестала существовать, а первоиерарх Варлаам Вонатович получил титул архиепископа Киевского и Малой Руси. Это было связано с тем, что Петр I ликвидировал патриаршество и учредил Синод для управления церковными делами. Восстановление Киевской митрополии произошло только в 1743 году по указу императрицы Елизаветы, в окружении которой доминировали украинские фавориты и прежде всего - братья Разумовские.
О положении православной церкви на Правобережье стоит сказать особо, хотя это и не входит в задачи настоящей книги. Оказавшееся под властью Речи Посполитой население правобережных украинских земель подверглось сильнейшему влиянию католической церкви. После подписания Андрусовского мира усилился процесс размывания православия множеством различных католических конфессий: доминиканцев, францисканцев, тринитариев, капуцинов, реформаторов и других. Лидирующие позиции занял василианский орден. Православие подверглось сильнейшему гонению. В конце века польский сейм запретил православным (наравне с иудеями) занимать должности в органах местного самоуправления. Православные храмы либо передавались униатам, либо вообще опечатывались. В 1676 году польское правительство отменила ставропогию, то есть подчинение православной церкви местному епископату. С начала XVII века на Правобережье перестали существовать православные епископства. В Галицко-Волынской, Подольской, Луцкой епархиях прекратили свое существование православные братства.
В 1720 году униатский митрополит созвал представительный церковный собор, на котором были приняты решения, направленные на ускорение перехода украинцев и белорусов в унию. Кроме того, многие православные обряды в униатском богослужении были заменены католическими. В 1732 году так называемая "Генеральная конфедерация" запретила православным организовывать и принимать участие в публичных процессиях, включая похоронные, заставляла униатских священников заимствовать внешнюю атрибутику ксендзов, ставила отправление православным духовенством треб и служб в зависимость от местных ксендзов. Нередко религиозный фанатизм католиков приобретал форму варварского насилия вплоть до физической расправы со священниками и церковными служителями. Реакция на такую политику со стороны православных была неоднозначной. Оставшись без идеологической и финансовой поддержки православных властей Москвы и Киева, мирянам оставалось либо отчаянно сопротивляться влиянию католиков и униатов и уходить на Левобережье, либо менять вероисповедание. Были случаи, когда православные священники переходили в унию по соображениям финансового характера.
Царское правительство особенно после "Вечного мира", заключенного с Польшей в 1686 году, проводило политику поддержки православия в Речи Посполитой. В результате длительной и острой полемики были одобрены так называемые "Кардинальные права", которые с одной стороны провозглашали католицизм государственной религией Речи Посполитой, а с другой - православие в какой-то мере уравнивалось в правах с католиками. Во второй половине XVIII века вследствие обострения политической ситуации в Польше процесс окатоличивания украинского населения ускорился, однако, описание этого процесса не входит в задачи этой книги.
Территория украинских земель после раздела. В конце XVII века в результате сложнейших военно-политических процессов территория, заселенная этническими украинцами, была поделена на три части: Левобережье - под власть России, Правобережье - под властью Речи Посполитой, другие земли - под властью Турции. Левобережная часть была разделена на три области, отличающиеся степенью связи и подчинения царскому правительству: Гетманщина, Запорожская Сечь и Слободская Украина.