О работе совещания существуют разноречивые суждения.

В программе работы совещания, в частности, значился вопрос о недостатках закона от 3 мая 1882 г., его изменениях или полной отмене [18]. Член совещания Виленский губернатор граф К. К. Пален в записке о положении евреев в России, представленной совещанию, предложил отменить все ограничительные законы для евреев, проживающих в черте оседлости, сохранив саму черту [19].

Бессарабский губернатор князь С. Д. Урусов, также участвовавший в совещании, в своей записке высказал мнение о том, что Временные правила о евреях не дали ожидаемого результата не только для самих евреев, но и для русского общества [20].

Урусов в своих воспоминаниях писал, что он вместе с Лопухиным на совещании оказался среди меньшинства, предложившего рассмотреть вопрос о прекращении действия закона от 3 мая 1882 г., как временно созданного. Предлагалось исходить из равноправия евреев и обсуждать только исключения, жизненную необходимость которых доказывать в каждом отдельном случае [21].

Однако Урусов изложил позицию Лопухина не совсем точно. Из материалов совещания видно, что Лопухин действительно выступал за отмену Временных правил, но был против равноправия евреев и высказывался за сохранение черты оседлости, хотя и за расширение ее. Остальные ограничения Лопухин предлагал пересмотреть [22].

Совещание решило предоставить сельским обществам право высказываться за допущение евреев в свою среду с последующим утверждением приговора губернскими властями [23]. Таким образом, появлялась возможность жительства евреев в сельской местности.

Урусов писал, что начало русско-японской войны положило конец работе совещания [24]. По другой версии, изложенной в редакционном предисловии к записке Палена, Плеве посчитал совещание «крамольным» и распустил его [25].

В итоге никаких практических результатов работа Особого совещания не дала.

После убийства Плеве в июле 1904 г. Лопухин присутствовал при официальном осмотре оставшихся в кабинете министра бумаг. Были обнаружены перлюстрированные письма. В одной пачке находились копии писем Лопухина его двоюродному брату и другу, профессору Московского университета князю С. Н.Трубецкому. Лопухин вспоминал, что в письмах осуждал политику Плеве, но свое осуждение «от него не скрывал». Кроме копий имелись два письма в подлинниках, не доставленные адресату. Их задержали, так как автор «доказывал близость революции и неизбежность свержения самодержавия» [26]. Но еще в самом начале деятельности на посту директора департамента Лопухин говорил примерно о том же.

Так, весной 1902 г. министерство финансов внесло в Государственный совет законопроект о страховании рабочих. Приглашенный на заседание Лопухин, обрисовывая политическую обстановку, сильно шокировал присутствовавших, потому что слово «революция» не сходило с его языка [27].

6 декабря 1904 г., уже при новом министре внутренних дел князе П. Д. Святополк-Мирском, сменившем покойного Плеве, Лопухин передал в Комитет министров упомянутую ранее записку о развитии революционного движения, где подчеркивал, что «борьба с крамолой одними полицейскими методами была бессильной» [28].

8 декабря Святополк-Мирский представил Николаю II записку Лопухина, в которой революционная ситуация в стране была показана как следствие произвола власти в отношении прав населения или бездействия власти в части его насущных интересов.

В этой записке была очевидной необходимость признания неизбежности революции и ее предупреждения посредством законодательных реформ. Царь никак не отреагировал, и Лопухин отметил: «Единственным последствием моей записки было то, что при дворе и в кругах петербургской бюрократии я был произведен в революционеры, во всяком случае, в человека в смысле карьеры отпетого» [29]. Петербургская великосветская «львица» А. В. Богданович вообще называла Лопухина «красным» [30].

12 декабря 1904 г. был издан указ «О мерах к усовершенствованию государственного порядка». Для работы в исполнение указа Лопухин по поручению председателя Комитета министров С. Ю. Витте 28 декабря составил записку о практическом значении действовавшего с 1881 г. исключительного закона (положения об охране), который он подверг резкой критике, подчеркнув, что этот закон не дал никаких результатов [31].

Лопухин вспоминал, как на заседании Комитета министров в январе 1905 г. Витте «восклицал, потрясая этой запиской, что близость революции неудивительна, когда во главе Департамента полиции стоит лицо, позволяющее себе такую критику законов» [32].

После убийства 4 февраля 1905 г. великого князя Сергея Александровича министр внутренних дел А. Г. Булыгин, заменивший уволенного в отставку Святополк-Мирского, Лопухин и вице-директор Департамента полиции Н. П. Зуев обсуждали случившееся. В кабинет без доклада быстро вошел петербургский генерал-губернатор Д. Ф. Трепов, не поздоровавшись, в повышенном тоне сказал Лопухину: «Этим мы Вам обязаны», — и также быстро удалился. Основанием для обвинения послужил отказ Лопухина на просьбу Трепова, бывшего тогда московским обер-полицмейстером, ассигновать 30 тыс. руб. на организацию охраны великого князя [33].

Успешно развивавшаяся карьера Лопухина дала осечку, и 4 марта он за неприятие должных мер охраны Сергея Александровича был смещен с должности директора Департамента полиции и назначен эстляндским губернатором, что считалось понижением [34]. По-видимому, снятие Лопухина не обошлось без Трепова, имевшего огромное влияние на царя.

Летом 1905 г. Лопухина в Ревеле посетил Урусов [35]. Они обсуждали положение в стране и пришли к выводу о предстоящем революционном взрыве [36].

В октябре 1905 г. представители ревельской еврейской общины заявили Лопухину, как губернатору Эстляндии, о готовящемся погроме, подтвердив сказанное документами. Лопухин объявил ревельской полиции, что «околоточный, помощник пристава и пристав», на участке которых возникнет погром, будут «вместе с полицмейстером» уволены [37]. Погрома, конечно, не было.

Независимо от этого, 15 октября в Ревеле разгромили ряд винных лавок. Полиция оказалась бессильной. Лопухин через городскую думу обратился к рабочим с предложением организовать охрану Ревеля милицией, включающей как население, так и полицию. Рабочие согласились, и почти сразу же милиция восстановила в городе порядок.

По телеграмме начальника губернского жандармского управления и прокурора окружного суда из Петербурга прислали войска. Начальник гарнизона без ведома Лопухина выслал на улицы военные патрули. Столкновение гражданского патруля с военным вызвало возмущение рабочих, и они организовали митинг, который войска расстреляли; было более ста убитых и раненых.

Дурново, ставший министром внутренних дел после Булыгина, объявил вызванному вскоре в Петербург Лопухину об увольнении от должности губернатора и причислении к министерству внутренних дел за то, что он «сдал власть революционерам». При этом в приказе значилось, что Лопухин уволен «по прошению», и Дурново предложил ему подать прошение об отставке задним числом. Лопухин заявил, что «такой шаг знаменовал бы сознание вины, трусость или угодничество» и потребовал расследования. Была создана комиссия из трех человек, пришедшая к каким-то неблагоприятным для Лопухина выводам, оставшимся для него неизвестными. Дурново объяснил Лопухину, что если бы последовало объяснение, он представил бы возражения, потребовавшие возобновления расследования.