Предварительную медицинскую комиссию на годность к водолазной службе добровольцы не проходили и опыта подводных работ не имели, что привело к большой первоначальной текучести кадров. Только за 25 дней августа 1941 года из роты пришлось отчислить более 30 человек.

В период обучения командование Балтийского флота, не понимавшее особенностей и трудностей подготовки водолазов, поставило перед ротой задачу в течение 30 суток (!) подготовить ее личный состав к боевой деятельности, в том числе к форсированию водных преград с глубинами до 20 метров и протяженностью до 1 км, освоить стрелковое оружие и гранаты, приемы рукопашного боя, овладеть способами применения взрывчатых веществ. Для физической подготовки роты были выделены лучшие спортсмены и тренеры Ленинграда. Несмотря на резкие протесты И. И. Савичева, сроки подготовки увеличить не удалось. Уже 7 сентября РОН была передана разведотделу штаба КБФ с непосредственным подчинением заместителю начальника отдела по агентурной разведке капитану 3 ранга Л. К. Бекреневу (впоследствии адмирал, зам. начальника Главного разведывательного управления).

К сожалению, большинство операций, проведенных РОН в 194-42 гг., не нашло отражения в отчетах. В архивах сохранились лишь скудные описания некоторых ее боевых действий. Так, осенью 1941 года бойцы роты участвовали в высадке нескольких десантов: на одном из островов около Выборга и дважды в районе Шлиссельбурга. В последних они понесли существенные потери - более 30 человек.

Затем они работали в районе Невской Дубровки, действуя там и как разведчики, и как водолазы. В частности, поднимали из-под воды затонувшую боевую технику и боеприпасы. В суровую зиму 1941-42 гг. часть личного состава роты привлекалась к разведке "Дороги жизни" на Ладожском озере, а когда дорога начала функционировать, водолазов постоянно использовали для подъема грузов с затонувших автомашин и барж.

По замыслу командования, РОН предназначалась главным образом для обеспечения деятельности агентурной разведки, однако из-за сложившейся обстановки вынуждена была выполнять несвойственные ей задачи. Одновременно РОН занималась подготовкой водолазов-разведчиков и направляла их в оперативные группы разведывательного отдела штаба КБФ. О действиях многих таких групп удалось узнать исключительно из наградных документов.

Например, осенью 1941 года группа разведчиков во главе с главстаршиной А. Н. Корольковым высадилась в тылу противника в районе Петергофа, где добыла ценные сведения по укреплению прибрежной полосы Финского залива и несению немцами охранной службы. Благодаря этим данным удалось скрытно высадить кронштадтский десант в нижний парк Петергофа. В ноябре 1941 г. группа разведчиков-диверсантов высадилась из-под воды в районе реки Воронки с заданием выйти в глубокий тыл противника для действий на коммуникациях около Кингисеппа. Корольков в водолазном снаряжении переправил через реку на себе поочередно всю группу - 30 человек.

Первой самостоятельной разведывательно-диверсионной операцией роты стал подрыв Петергофской пристани осенью 1942 года. Командование Балтийского флота получило сведения о проведении в Средиземном море испытаний немецких и итальянских быстроходных радиоуправляемых катеров, начиненных взрывчаткой и предназначенных для уничтожения крупных кораблей и судов на ходу и в базах. Переброска таких катеров на побережье Финского залива казалась реальной, они могли представлять серьезную угрозу для кораблей КБФ. Были даны строгие указания военно-воздушным силам и частям береговой обороны флота вести постоянную разведку побережья в районе Стрельна-Петергоф с целью своевременного обнаружения катеров, мест их базирования и складов взрывчатки. Такое указание получила и рота особого назначения.

В сентябре воздушная разведка донесла, что противник восстанавливает ранее разрушенный причал в Военной гавани Нижнего парка Петергофа. Доразведка, произведенная тремя группами роты, высаженными с моря из-под воды, подтвердила данные авиации и установила наличие у причалов зенитных орудий и грузов в ящиках (значительно позже выяснилось, что в этих ящиках находились обычные полевые мины). Причал явно достраивался для базирования каких-то плавсредств, видимо, для катеров.

Командующий КБФ, адмирал В. Ф. Трибуц приказал уничтожить причал. Однако опыта такого рода диверсий у роты еще не было. Территория Нижнего парка была устлана листами кровельного железа, снятого с домов, опутана многочисленными проволочными заграждениями с сигнальными ракетами и минами-ловушками. Год назад сюда уже высаживался советский десант, и противник был настороже. Задача осложнялась отсутствием специальных взрывных устройств, которые можно было бы транспортировать под водой. Посоветовавшись с флотскими минерами, решили применить морские якорные мины образца 1908 года, имеющие 300 кг взрывчатки. Необходимо было достаточно точно довести их плавучесть до нулевой, чтобы не волочить по дну, и чтобы они при этом не всплывали на поверхность.

На берегу Малой Невки построили макет причала и приступили к тренировкам. Особенно тяжело было тянуть мины, имевшие большое сопротивление благодаря крупным размерам и круглой форме. Водолазы прозвали предстоящую операцию "Бурлаки". Командиром диверсионной группы из трех человек назначили А. Н. Королькова. В ноябрьскую ночь 1942 г. два бронекатера, взяв на буксир малый быстроходный катер и шлюпку, в которой находились водолазы и мины, вышли из Малой Невки и направились к Петергофу. Не доходя 2,5 км до берега, бронекатера застопорили ход и отдали буксир. Прохватилов, руководивший всей операцией, отбуксировал шлюпку малым катером еще на километр. Далее группа пошла к берегу на веслах. При появлении очертаний пристани диверсанты остановились, вывалили мины за борт, притопили, и два водолаза отправились с ними к пристани. Привязав мины к сваям, они вернулись к шлюпке. Потом под воду пошел Корольков с взрывателями. Он проверил установку мин и установил взрыватели. После его возвращения моряки соорудили из плащ-палаток парус и через два часа добрались к противоположному берегу залива в район Ольгино, где их подобрал катер Прохватилова.