В 20 главах «Наказ» говорит о самодержавной власти в России, о подчиненных органах управления, о хранилище законов (Сенате), о состоянии всех в государстве живущих (о равенстве и свободе граждан), о законах вообще, о законах подробно, именно о согласовании наказаний с преступлениями, о наказаниях, особенно об их умеренности, о производстве суда вообще, об обряде криминального суда (уголовное право и судопроизводство), о крепостном состоянии, о размножении народа в государстве, о рукоделии (ремеслах) и торговле, о воспитании, о дворянстве, о среднем роде людей (третьем сословии), о городах, о наследствах, о составлении (кодификации) и слоге законов; последняя, XX глава излагает разные статьи, требующие изъяснения , именно говорит о суде за оскорбление величества, о чрезвычайных судах, о веротерпимости, о признаках падения и разрушения государства. В двух дополнительных главах идет речь о благочинии, или полиции, и о государственной экономии, т. е. о доходах и расходах. Видим, что, несмотря на урезки, «Наказ» довольно широко захватывал область законодательства, касался всех основных частей государственного устройства, верховной власти и ее отношения к подданным, управления, прав и обязанностей граждан, сословий, более всего законодательства и суда. При этом он давал русским людям ряд разносторонних откровений. Он возвещал, что равенство граждан состоит в том, чтобы все подчинены были одинаковым законам, что есть государственная вольность, т. е. политическая свобода, и состоит она не только в праве делать все, что законы дозволяют, но и в том, чтобы не быть принуждену делать, чего не должно хотеть, а также в спокойствии духа, происходящем от уверенности в своей безопасности; для такой свободы нужно такое правительство, при котором один гражданин не боялся бы другого, а все боялись бы одних законов. Ничего подобного русский гражданин у себя не видел. «Наказ» учил, что удерживать от преступления должен природный стыд, а не бич власти и что если не стыдятся наказаний и только жестокими карами удерживаются от пороков, то виновато в этом жестокое управление, ожесточившее людей, приучившее их к насилию. Частое употребление казней никогда не исправляло людей. Несчастно то правление, в котором принуждены установлять жестокие законы. Пытку, к которой так охотно прибегал русский суд, «Наказ» резко осуждает, как установление, противное здравому рассудку и чувству человечества; он же признает требованием благоразумия ограничение конфискации имущества преступника как меры несправедливой, но обычной в русской судебной практике. Известно, с какой бессмысленной жестокостью и произволом велись дела об оскорблении величества: неосторожное, двусмысленное или глупое слово о власти вызывало донос, страшное «слово и дело» и вело к пытке и казни. Слова, гласит «Наказ», никогда не вменяются в преступление, если не соединены с действиями: «все извращает и ниспровергает, кто из слов делает преступление, смертной казни достойное». Для русской судебно-политической практики особенно поучителен отзыв «Наказа» о чрезвычайных судах. «В самодержавных правлениях, - гласит он, - самая бесполезная вещь есть наряжать иногда особливых судей судить кого-нибудь из подданных своих». Веротерпимость допускалась в России, и то только по государственным соображениям в очень тесных пределах. «Наказ» признает весьма вредным для спокойствия и безопасности граждан пороком недозволение различных вер в столь разнородном государстве, как Россия, и считает, напротив, веротерпимость единственным средством «всех заблудших овец паки привести к истинному верных стаду». «Гонение, - продолжает «Наказ», - человеческие умы раздражает, а дозволение верить по своему закону умягчает и самые жестоковыйные сердца». Наконец, в «Наказе» не раз затрагивается вопрос, исполняет ли государство, т. е. правительство, свои обязанности перед гражданами. Он указывает на ужасающую смертность детей у русских крестьян, уносящую до трех четвертей «сей надежды государства». «Какое цветущее состояние было бы сея державы, - горько восклицает «Наказ», - если бы могли благоразумными учреждениями отвратить или предупредить сию пагубу!» Рядом со смертностью детей и заносной заразительной болезнью в числе язв, опустошающих Россию, «Наказ» ставит и бестолковые поборы, какими помещики обременяют своих крепостных, вынуждая их на долгие годы бросать для заработков свои дома и семьи и «бродить по всему почти государству». Не то с иронией, не то с жалобой на беспечность власти «Наказ» замечает, что «весьма бы нужно предписать помещикам законом» более обдуманный способ обложения крепостных.
Трудно объяснить, как эти статьи ускользнули от цензуры дворянских депутатов и пробрались в печатный «Наказ». Глава о размножении народа в государстве рисует по Монтескье страшную картину запустения страны от хронической болезни и худого правления, где люди, рождаясь в унынии и бедности, среди насилия, под гнетом ошибочных соображений правительства, видят свое истребление, не замечая сами его причин, теряют бодрость, энергию труда, так что поля, могущие пропитать целый народ, едва дают прокормление одному семейству. Эта картина живо напоминает массовые побеги народа за границу, ставшие в XVIII в. настоящей бедой государства. В перечне средств для предупреждения преступлений «Наказ» как бы перечисляет словами Беккариа недоимки русского правительства. «Хотите ли предупредить преступления? Сделайте, чтоб законы меньше благоприятствовали разным между гражданами чинам, нежели всякому особо гражданину; сделайте, чтоб люди боялись законов и никого бы, кроме них, не боялись. Хотите ли предупредить преступления? Сделайте, чтоб просвещение распространилось между людьми. Наконец, самое надежное, но и самое трудное средство сделать людей лучшими есть усовершенствование воспитания». Всякий знал, что русское правительство не заботилось об этих средствах. «Книга добрых законов» также сдерживала бы наклонность причинять зло ближним. Эта книга должна быть так распространена, чтобы ее можно было купить за малую цену, как букварь, и надлежит предписать учить грамоте в школах по такой книге вперемежку с церковными. Но такой книги в России еще не было; для ее составления писан и самый «Наказ». Таким образом, акт, высочайше подписанный, извещал русских граждан, что они лишены основных благ гражданского общежития, что законы, ими управляющие, не согласны с разумом и правдой, что господствующий класс вреден государству и что правительство не исполняло своих существенных обязанностей перед народом.