Как и озон, УФ-облучение применяется главным образом в аквариумах с морской водой – там оно оправдано в связи с высокой стоимостью обитателей таких аквариумов. Что касается пресноводных аквариумов, УФ-облучение иногда применяется в оптовых или розничных зоомагазинах для контроля над заболеваемостью в аквариумах, куда постоянно запускают новых рыб, и для сокращения распространения болезней в аквариумах, связанных между собой централизованным фильтрационным оборудованием. Однако использовать УФ-лучи в домашнем аквариуме нет необходимости, да и нежелательно. Дело в том, что в аквариумной воде, обработанной УФ-лучами, природная система иммунной защиты рыб может ослабеть из-за недостаточной иммунологической стимуляции, которая является результатом воздействия бактерий. Такое ослабление иммунитета может вызвать серьезные проблемы, если этих рыб впоследствии переведут в аквариум, не обработанный УФ-лучами. В таком аквариуме они будут подвергаться атакам бактерий, против которых у них нет приобретенного иммунитета. УФ-облучение не следует рассматривать как возможную альтернативу карантину или способ компенсации недостаточно высокого уровня гигиены аквариума.

Ультрафиолетовое облучение производится с помощью УФ-стерилизатора. Очень важно использовать стерилизаторы, которые предназначены специально для аквариумов. Нужно следовать инструкциям производителя и ни в коем случае не использовать УФ-стерилизаторы без защитного экрана, так как это может привести к серьезному повреждению глаз.