Одержав первую победу, Холмский отступил к Старой Руссе, ожидая подхода основных сил. Однако там его уже ожидало новое новгородское войско, подошедшее на судах по реке Поле. Если верить московскому летописцу, оно было вдвое больше прежнего. Однако Холмский и на сей раз не раздумывая стремительно напал на новгородцев и вновь одержал победу.
Дальнейшие самостоятельные действия могли вызвать гнев Ивана IV. Понимая это, Холмский отошел южнее к городку Демону и отослал к Ивану III гонца с донесением о победе и запросом о дальнейших действиях.
Иван III велел Холмскому, не теряя времени, двинуться к реке Шелони наперерез еще одной новгородской рати, выступившей навстречу союзникам москвичей - псковичам. Даниил должен был соединиться с псковичами прежде, чем они вступят в бой с новгородской ратью. Однако и на сей раз Холмский, не боясь ответственности в случае неудачи, действовал так, как требовала обстановка. Недалеко от устья реки Шелонь он догнал новгородское войско, которым руководили виднейшие бояре - Дмитрий Исаакович Борецкий, сын знаменитой Марфы-посадницы, Василий Казимир, Кузьма Григорьев, Яков Федоров и другие.
Рано утром 14 июля Холмский приказал войску переправляться через Шелонь и с ходу ударить на врага. Небольшое, но дружное, закаленное в боях с литовцами и татарами московское войско, воодушевленное решимостью своего предводителя, с воем и свистом обрушилось на растерявшихся, оробевших новгородцев. Передовые ряды дрогнули и, сминая задние, обратились в бегство. Вскоре битва превратилась в кровавую вакханалию. Примечательно, что в суматохе бегства новгородцы сводили счеты друг с другом: так велика была тайная ненависть всех ко всем, словно чума, поразившая жителей великого города. "Полки великого князя погнали их (новгородцев.- Н. Б.), коля и рубя, а они и сами в бегстве друг друга били, кто кого мог",- сообщает московский летописец.
На берегу Шелони осталось лежать около 12 тысяч новгородцев; более двух тысяч было взято в плен
Гонец, принесший весть о победе на Шелони, нашел Ивана III в погосте Яжелбицы, неподалеку от Валдая. В ту эпоху радостные события увековечивали постройкой храмов в честь святого, память которого по церковному календарю месяцеслову приходилась на этот день. Иван III, узнав о победе на Шелони, дал обет выстроить в Москве храм во имя святого Акилы, "единого от 70", то есть одного из 70 учеников Христа. Память его праздновалась 14 июля. В свою очередь, князь Холмский и его соратники дали обет построить храм во имя Воскресения Христова, так как 14 июля было воскресным днем. Оба храма были вскоре возведены как приделы у Архангельского собора Московского Кремля.
27 июля Иван прибыл в местечко Коростынь близ устья Шелони. Вскоре сюда же явились новгородские послы с предложением мира. Условия, выдвинутые победителями, были достаточно мягкими: новгородцы присягали на верность Ивану III и выплачивали ему контрибуцию - 16 тысяч серебряных новгородских рублей. Внутреннее устройство Новгорода оставалось прежним. Но конец его уже был недалек
14 июли 1471 года князь Даниил Холмский своим мечом перевернул еще одну страницу русской истории. Битва на Шелони не привела к немедленному присоединению Новгорода к Московскому государству. Это случилось лишь семь лет спустя. Однако именно она вскрыла слабости новгородского вечевого строя, надломила волю той части новгородцев, которая не хотела подчиниться диктату Ивана III. Во время похода Ивана III на Новгород в 1477- 1478 годах, завершившегося падением боярской республики, новгородцы уже не пытались сразиться с москвичами в "чистом поле". Нескольких уроков "московского боя", преподанных им Холмским, оказалось вполне достаточно для того, чтобы убедить самых рьяных в бесполезности вооруженного сопротивления.
Понимал ли сам Холмский историческое значение своей победы? Конечно, понимал: чего стоили одни только торжественные проводы войска в Москве! Но несомненно, он размышлял и над причинами своего удивительного успеха: имея около 5 тысяч воинов, он разгромил на Шелони 40-тысячную новгородскую рать. Такую удачу нельзя было объяснить одним только смелым натиском москвичей, талантом их предводителя. Разумеется, на исходе битвы сказался и "непрофессиональный" состав новгородского войска: ополченцы по своим бойцовским качествам уступали профессионалам-москвичам. Однако главная причина заключалась в том, что новгородцы не видели перед собой цели, во имя которой стоило бы жертвовать жизнью. Война с Иваном III воспринималась ими как боярская затея, расплачиваться за которую приходилось им.
Могущество московского государя, его военные успехи были сильнейшими доводами в пользу самой системы, главою которой он являлся. Но в этой системе была еще одна привлекательная для новгородцев - и не для них одних! - сторона: деспотизм обеспечивал то, что никогда не могла дать республика богатых и бедных - равенство. И первый боярин и последний нищий в равной степени могли стать жертвой государева гнева. Периодическими опалами и казнями знати Иван III и его потомки заботливо поддерживали в народе веру во всеобщее равенство перед государем перед его справедливым, нелицеприятным судом. Примечательно, что Иван III приказал немедля казнить захваченных в плен после битвы на Шелони четырех знатнейших новгородских бояр; остальные пленные бояре были отправлены в заточение в Москву и Коломну. Иначе обошелся московский государь с рядовыми пленниками: все они были отпущены в Новгород, где поведали о том, как строг государь с боярами и как милостив с простолюдинами.
Следующее лето (1472 г.) было для князя Холмского столь же тревожным, как и предыдущее. В конце июня в Москве узнали о предполагавшемся походе на Русь хана Большой Орды Ахмеда (Ахмата). К южной границе были двинуты лучшие боевые силы Ивана III. 2 июля, в самый праздник Положения ризы Богоматери, Холмский выступил из Москвы. Вторым воеводой в войске был его соратник по новгородскому походу князь Иван Стрига-Оболенский. 30 июля из Москвы в Коломну выехал сам Иван III. Нападению татар на сей раз подвергся слабо укрепленный городок Алексин (между Серпуховом и Калугой). Овладев им, татары не смогли, однако, развить успех и проникнуть во внутренние районы страны: на пути их встали подоспевшие московские полки. Не вступая в бой, Ахмат отошел назад в степи.
В 1474 году псковичи обратились к Ивану III с просьбой дать им надежного и распорядительного воеводу. Он отправил к ним Холмского с войском. Во Пскове князь действовал весьма удачно: угрожая неприятелю вторжением, он добился заключения 20-летнего мира с немцами (Ливонским орденом и дерптским епископом) "на всей воле псковской". Позднее псковские летописцы называли этот договор его именем - "Данильев мир". За успешное выполнение этой миссии Иван III пожаловал Холмскому звание боярина. Вероятно, тогда же он получил почетную и доходную должность владимирского великокняжеского наместника. Псковичи отблагодарили князя щедрым подношением - двумя сотнями рублей.
Успехи Холмского на военно-дипломатическом поприще, расположение к нему Ивана III, несомненно, вызывали зависть у его менее удачливых современников. Вероятно, кто-то из них сделал ложный донос на полководца. Впрочем, возможно, и сам воевода впутался в одну из дворцовых интриг. Как бы там ни было, в том же 1474 году он был обвинен в намерении бежать со всей семьей за границу и взят под стражу. Лишь поручительство восьми знатнейших московских бояр, поклявшихся вы платить в казну 2 тысячи рублей в случае бегства Холмского за рубеж, вернуло князю свободу. Он целовал крест на верность Ивану III и, судя по всему, был полностью прощен.
Дружное заступничество московских бояр за выходца из тверской знати вполне объяснимо: Холмский уже давно жил в Москве и успел породниться с местной аристократией. Он был женат на дочери князя И. И. Заболоцкого - внука знаменитого московского боярина Ивана Всеволожского, ослепленного по приказу великого князя Василия II в 1433 году. Три сестры жены князя Холмского были замужем за виднейшими московскими боярами - С. В. Ряполовским, С. Б. Булгаковым и И. В. Булгаком-Патрикеевым (родным братом известного воеводы Даниила Щени). Одна дочь Холмского была замужем за боярином И. В. Ховриным, другая - за родным братом Ивана III князем Борисом Волоцким.