В рамках реализации данного Указа, уже в декабре 1995 года в тяжелых условиях зимы, военнослужащими Группы пограничных войск РФ на линии административной границы Республики Кыргызстан с Республикой Таджикистан (трасса Ош-Хорог) были развернуты 4 пограничных заставы и спецкомендатура на базе погранзаставы "Сары-Таш".
Результаты деятельности Группы пограничных войск Российской Федерации в Республике Кыргызстан в этом направлении стали очевидны очень быстро. Так, в период с июля по декабрь 1995 года военнослужащими Группы пограничных войск Российской Федерации было пресечено 22 попытки ввоза в республику наркотических средств. Особенно динамичной статистикой отличался пост "Сары-Таш": 20 июня 1996 года у гражданина Таджикистана изъято 35 килограммов опия; 5 июля 1996 года в тайнике, - двойном дне кузова автомашины, прибывшей из Хорога, обнаружено 90 килограммов опия; 23 июля изъято 70 килограммов опия; 1 августа из автомобильного бензобака извлечено 3 килограмма опия-сырца; 6 августа в тайнике в автомашине ЗИЛ-130 обнаружено 2 килограмма опия-сырца.
Анализируя сложившуюся практику и результаты противодействия незаконному обороту наркотиков, нельзя не обратить внимание, что между ГПВ РФ и правоохранительными структурами КР постоянно присутствовали сотрудничество и взаимодействие. Отдельные же факты трений свидетельствуют о том, что рост наркобизнеса влечет за собой и рост преступлений вообще, в том числе - связанных с коррупцией.
В борьбе с афганским наркотрафиком сразу же было установлено тесное взаимодействие с правоохранительными органами, в частности, с УБН МВД, которому, как правило, передавался изъятый наркотик для приобщения к уголовному делу и последующего уничтожения. Пограничный контроль помимо высокогорной автотрассы Ош - Хорог осуществлялся также вдоль всей кыргызско-китайской госграницы, на трех контрольно-пропускных пунктах: в столичном аэропорту "Манас", "Ош-аэропорт" и "Торугарт". За год (с июля 1995 по июль 1996) российские пограничники пресекли 22 попытки ввоза в Кыргызстан наркотических средств, задержали 23 наркотрафиканта, конфисковав у них более тонны наркотиков. Около 70% конфискованного афганского героина и опия-сырца было изъято на памирском направлении, в основном на заставах "Сары-Таш", "Кызыл -Арт".
Командующий ГПВ России в Кыргызстане генерал-лейтенант П.Васько, подчеркивал: "Оперативные данные свидетельствуют, что поток наркотиков из Афганистана будет возрастать в ближайшие годы... Военнослужащие Группы российских погранвойск в Кыргызстане делают все возможное для противодействия наркодельцам".
Подобная активность пограничников вызывала и противодействие. Как отмечено в предыдущих главах, в тот период транзит наркотиков по Памирскому тракту Ош - Хорог был взят под контроль организованными международными криминальными группировками. Перевозка небольших партий наркотиков в условиях тяжелой социально-экономической ситуации являлась источником доходов широких слоев населения как Горно-Бадахшанской Автономной области Таджикистана, так и Ошской области Кыргызстана. Недовольство среди населения было использовано криминальными структурами. Одним из способов противодействия ГПВ РФ была дискредитация ее деятельности по самым разным поводам. К примеру, американская "Нью-Йорк Таймс" писала летом 1995 года о предвзятости российских военнослужащих по отношению к пересекающим зону контроля автомашинам, направляющимся из Хорога в Ош.
Наибольшего развития эта ситуация достигла к январю 1997 года. Именно в то время в различные органы государственной власти Кыргызстана начали поступать заявления от жителей Ошской области, из автохозяйств, осуществляющих перевозки по трассе Ош - Хорог с жалобами на якобы противоправные действия российских пограничников, в частности, на участке спецкомендатуры "Сары-Таш". Апеллируя к "защите прав человека", к этой кампании подключились депутаты Жогорку Кенеша Турсунбай Бакир уулу и Адамхан Мадумаров. В письмах жителей юга республики и заявлениях депутатов речь шла о том, что пребывание и деятельность российских пограничников на линии административной границы с Таджикистаном являются незаконными, пограничники якобы ущемляют гражданские права населения в свободе передвижения по территории республики, наносится урон суверенитету Кыргызстана. Наибольшее раздражение вызвал пограничный контроль в спецкомендатуре "Сары-Таш". Это легко объяснимо: бывшая погранзастава "Сары-Таш", реорганизованная в спецкомендатуру, находится непосредственно на трассе Ош - Хорог. В весенне-осенний период, когда открываются перевалы, наркокурьеры могли пересекать линию границы по горным дорогам и тропам (на наиболее крупных из них и были в декабре 1996 года выставлены дополнительные погранзаставы). В зимний же период "Сары-Таш" миновать невозможно.
Волна нападок на ГПВ РФ развивалась и по вопросу дальнейшей судьбы изъятого наркотика. В июле 1996 года в расположении Ошского погранотряда ГПВ ФПС Российской Федерации в Кыргызской Республике на основании директивы директора ФПС РФ А.Николаева был произведен первый акт сожжения конфискованного пограничниками опия. Об этом в служебной записке командующего ГПВ РФ генерал-лейтенанта П.Васько было конфиденциально сообщено председателю Государственной комиссии при правительстве КР по контролю наркотиков А.Мамееву. Однако служебная информация стала достоянием СМИ, которые "инкриминировали" руководству ГПВ России и Генеральному прокурору Кыргызстана нарушение республиканского законодательства, согласно которому конфискованные наркотические средства должны передаваться правоохранительным органам в качестве вещественных доказательств до решения суда, а затем использоваться в фармакологии. Директива же директора ФПС гласила: "Наркотические и наркосодержащие вещества, изымаемые пограничными нарядами частей и соединений групп пограничных войск Российской Федерации в Республике Таджикистан, Кыргызской Республике... уничтожать на месте".
Действия ГПВ заместитель командующего ГПВ РФ в КР генерал-майор В.Косенко обосновал следующими аргументами. Во-первых, "несмотря на соответствующий указ Президента Кыргызстана, в республике не были созданы необходимые условия для хранения наркотиков. А значит, есть возможность спровоцировать отдельных сотрудников правоохранительных органов на совершение должностных преступлений", был зафиксирован факт, когда сданный в органы МВД опий, изъятый у контрабандистов, попадал во вторичный оборот. К тому же, на свободе оказались некоторые наркокурьеры уже после сдачи их милиции вместе с изъятым наркотиком. Не предстал перед судом А.Нираков, 15 августа 1996 года задержанный пограничниками с 6 кг 850 г наркоотравы и переданный в ОБН УВД Ошской области. По сей день вольно гуляет А.Кенбирбаев, задержанный 14 февраля 1997 года с 8 кг 860 г зелья и переданный в межрегиональный отдел по борьбе с наркотиками Ошской области". Генерал В.Косенко квалифицировал обвинения в адрес пограничников как "попытку противопоставить республиканскую прокуратуру командованию пограничной группы ФПС России в Киргизии. Сделано это, чтобы обелить наркомафию и очернить тех, кто с ней борется".
В дальнейшем эти выводы получили косвенные подтверждения. С различными партиями наркотиков сотрудниками правоохранительных органов КР были задержаны ряд сотрудников Министерства внутренних дел, Государственной таможенной инспекции, офицер МНБ КР А Текебаев, брат депутата ЖК О.Текебаева, родственник депутата ЖК Турсунбая Бакир уулу. Именно эти депутаты заблокировали летом 1994 года ратификацию Соглашения между правительствами Кыргызстана и России о порядке передачи кыргызской стороне под охрану участков государственной границы, охранявшихся Федеральной пограничной службой Российской Федерации, что вызвало недоумение в руководящих кругах обеих стран и не способствовало укреплению доверия, давней дружбы и сотрудничества.
Еще до принятия решения о выводе ГПВ РФ, - осенью 1997 года - по решению руководства Кыргызстана российские пограничные заставы на таджикском направлении были ликвидированы. Это решение так и не получило достаточно убедительного разъяснения из официальных источников. В ноябре 1998 года командование ГПВ РФ на основании постановления правительства КР приняло решение о ликвидации поста пограничного контроля "Сары-Таш" на трассе Ош Хорог.