Вероятными мотивами ареста Рауля Валленберга, которые выдвигались в первую очередь, были следующие.
1. Рауль Валленберг стал сотрудником УВБ с заданием спасать евреев из лап нацистов в Венгрии. Однако в представлении Москвы доминировало представление об УВБ как о международной сети с более или менее развитыми подпольными связями и разведывательной работой (что для Советского Союза могло казаться равнозначным шпионской сети, в особенности благодаря тесному сотрудничеству УВБ с УСС). То, что гуманитарные мотивы возникновения УВБ, как и миссии Рауля Валленберга, были достаточно сильны сами по себе, было фактом, в который советская сторона верила с трудом (это видно из допроса Берга, см. выше).
2. Все сообщения из Вашингтона Раулю Валленбергу и в обратном направлении шли через представителя УВБ в Стокгольме Ольсена. Ольсен был также представителем американской разведывательной организации УСС. Попытки Ольсена спасти евреев и прибалтов из прибалтийских государств были достаточно успешными и привлекли внимание Советского Союза. В частности, он участвовал в переговорах с представителями Гиммлера об освобождении латышских евреев в обмен на деньги. Коммунистическая пресса попыталась дискредитировать его. Кроме того, Ольсен направлял агентов в Прибалтику. Следовательно, можно с уверенностью говорить о том, что контакты Рауля Валленберга с Ольсеном и тот факт, что Ольсен работал на УСС, были известны Москве. Следовательно, существовало достаточно сильное подозрение, что Рауль Валленберг также работал на УСС.
3. Шведский дипломат получал также для выполнения своего задания средства от ДЖОЙНТ. Ее представители участвовали во многих переговорах с нацистами с целью спасения евреев от истребления. Советский Союз безусловно знал об этом. Интерес госбезопасности к ДЖОЙНТ виден из приведенного выше допроса Гфрорнера. В послевоенный период в глазах советских руководителей ДЖОЙНТ превратилась во «всемирную сионистскую силу», которая поддерживала «всемирный сионистский заговор». Многие евреи и неевреи были арестованы и осуждены по обвинению в контактах с ДЖОЙНТ как в СССР, так и в восточноевропейских государствах-сателлитах.
Таким образом, шпионский мотив имел несколько разновидностей. Томсен утверждал, что офицеры Смерша в Будапеште пытались заставить его признать, будто шведская миссия готовила создание шпионского центра против СССР во время наступавшей советской оккупации (это обвинение вновь возникает несколько лет спустя, когда готовился показательный процесс в Венгрии). И в Москве МГБ попыталось заставить Томсена рассказать, что он знал о подготовке шпионской деятельности шведского дипломатического представительства в Будапеште, в частности, в ходе допроса, проведенного заместителем министра госбезопасности Меркуловым (протокол допроса не найден). На допросе осенью 1945 г. ведущий допрос Вейндорф просил дать разъяснения о деятельности Рауля Валленберга в Будапеште. Когда Томсен рассказывал о его гуманитарной деятельности, Вейндорф рассмеялся и заявил, что он хочет знать о шпионской деятельности Валленберга. «Советская сторона хорошо знает, что как Рауль Валленберг, так и Томсен были шпионами. Есть доказательства этого». Лишь в 1951 г. обвинения в шпионаже были с Томсена сняты.
Судоплатов утверждает, что генерал Белкин, который в конце войны возглавлял фронтовое управление Смерша, в 50-х годах как-то рассказал ему, что контакты Рауля Валленберга с германской разведкой были широко известны. Белкин также сказал, что все резиденты Смерша в 1945 г. получили справочные данные, которые указывали на Рауля Валленберга как на «задействованный актив» германской, американской и британской разведок. Он также сказал, что Москва планировала использовать предполагаемое сотрудничество Рауля Валленберга с абвером с целью склонить его и семейство к сотрудничеству.
Бывший сотрудник советской заграничной разведки утверждает, что видел в архиве отчеты агентов, которые сообщали о контактах Рауля Валленберга с гестапо и абвером. При этом он не мог вспомнить каких-либо данных о контактах с американской разведкой.
Контакты Рауля Валленберга в Будапеште явствовали хотя бы из карманного календаря, который советские власти изъяли при аресте. Впрочем, вероятно, что советские власти тогда получили также информацию непосредственно от Рауля Валленберга о его планах в области программ помощи и восстановления прежде всего для еврейского населения. Эти планы должны были выглядеть подозрительными для службы госбезопасности, и они однозначно не совпадали с тем, что СССР готовил для Венгрии.
Высокопоставленный служащий, работавший в течение длительного времени в международном отделе Центрального Комитета, указывает, что основным мотивом ареста Рауля Валленберга считалось ведение им разведывательной деятельности в пользу американцев. Его якобы считали одним из десятка американских агентов в Венгрии, а его гуманитарная деятельность трактовалась лишь как прикрытие. По мнению Москвы, Стокгольм с Ивером Ольсеном в роли ключевой фигуры являлся важным центром американской разведывательной деятельности, направленной против Советского Союза, которой, между прочим, шведская разведка также помогала своей информацией.
4. Рауль Валленберг являлся представителем семейства Валленбергов, наиболее богатого и могущественного в финансовом мире Швеции. Москву наверняка интересовали дела и контакты этого семейства, и офицеры разведки в Стокгольме, особенно легендарная пара Рыбкиных, они же Ярцевы, безусловно имели задание получить как можно больше информации об этом. К сожалению, оказалось невозможным изучить архив СВР для более верного понимания их роли. Г-жа Коллонтай также сообщала о некоторых делах Валленбергов, а в МИДе составлялись докладные записки о них (прежде всего о Маркусе и Якобе Валленбергах). В начале 1944 г. заместитель министра иностранных дел Деканозов выразил удивление, получив сообщение из Стокгольма о контактах Маркуса Валленберга с лидером шведских коммунистов Линдерутом. Отношение к семейству Валленбергов было, видимо, неоднозначным. С одной стороны, мы имеем отличные отношения между г-жой Коллонтай и Маркусом Валленбергом, который сыграл ключевую роль при обсуждении условий мирного соглашения между СССР и Финляндией в 1944 г. Коллонтай даже вроде бы сказала, что она бы с удовольствием увидела Маркуса Валленберга в качестве шведского посланника в Москве. Принадлежавшая Валленбергам компания «СКФ» поставляла подшипники для советской авиационной промышленности. С другой стороны, мы имеем более негативное, идеологически окрашенное отношение к ведущему представителю крупного капитала в Швеции. Вероятно, оно нашло свое наиболее отчетливое выражение в Большой Советской Энциклопедии издания 1951 г., где, в частности, указывалось, что семейство Валленбергов активно поддерживало германский фашизм, являлось злобным врагом рабочего класса, а также пыталось подчинить Швецию американскому империализму. Участие Валленбергов и «Эншильда банкен» в попытках спасти собственность некоторых германских предприятий в США от конфискации со стороны американского правительства было, видимо, в определенной мере известно Москве, так же как и посредничество Валленбергов при зондировании антикоммунистической немецкой оппозицией условий сепаратного мира. В получении части собственности германских предприятий был, впрочем, весьма заинтересован и СССР.
Кроме того, вероятно, ожидалось, что Рауль Валленберг мог дать интересную информацию о нацистском разграблении еврейских богатств, контрабанде валюты и т.п. Совершенно ясно, что Рауль Валленберг знал о том, что происходило в Венгрии в этой области.
5. Когда речь идет о различных переговорах касательно заключения сепаратного мира, то контакты Рауля Валленберга с высокопоставленными нацистами в Будапеште, прежде всего с Адольфом Эйхманом и Куртом Бехером, вероятно, могли возбудить у советской стороны подозрения об участие шведского дипломата и в этом. Сталин относился исключительно подозрительно к таким намерениям западных держав. В книге «Почему русские взяли Рауля Валленберга» Бернт Шиллер положил это в основу своей главной гипотезы: советские власти арестовали Рауля Валленберга якобы потому, что они считали, будто его акция по спасению евреев являлась составной частью крупного политического заговора между нацистами и капиталистическими державами, направленного против Советского Союза и имевшего целью одностороннюю капитуляцию на Западном фронте. Разумеется, у советской стороны могли быть подозрения такого рода, но нет никаких доказательств того, что это стало основным мотивом ареста Рауля Валленберга. Будапешт и Рауль Валленберг вряд ли могли восприниматься в данном случае в качестве паука в паутине. Кроме того, союзники держали Москву более или менее в курсе различных переговоров с целью выкупить евреев, переговоров, которые, по крайней мере с германской стороны (Гиммлер), также рассматривались как способ увеличить возможность заключения сепаратного мира. СССР также получал ценную информацию от своих собственных агентов, прежде всего в британской разведке. Переговоры между Джоэлем Брандом и нацистами об освобождении миллиона евреев в обмен на 10 000 грузовиков ни к чему не привели, в частности из-за вето Вышинского (в июне 1944 г., т.е. до прибытия Рауля Валленберга в Будапешт). Однако то, что советская сторона была отчасти в курсе дела, вовсе не обязательно избавляло ее от подозрительности.