Вам останется только загрузить готовый FB2-файл в FB Editor и доделать, то с чем не справился скрипт: вставить обложку, разметить подзаголовки и цитаты, подправить эпиграфы. Но это не должно отнять много времени. Основную часть работы проделал скрипт.
Рабочие версии этих скриптов вы можете взять с моего сайта http://yuzzich.narod.ru .