К. И. Богданович, несмотря на полученное указание М. Н. Анненкова проводить изыскания в 1887 г. вдоль линии железной дороги, все же направился в Персию. Это путешествие оказалось сопряжено со многими трудностями. Стояла холодная дождливая погода, часто приходилось спать не раздеваясь, положив под себя седло. К тому же из-за повсеместного неурожая здесь на все были очень высокие цены, а денег у К. И. Богдановича для подобной экспедиции было мало, не было ни казенных лошадей, ни казаков для охраны. Но несмотря на все трудности, находясь в экспедиции с середины октября 1887 г. по 6 апреля 1888 г., К. И. Богданович собрал большой и интересный материал по геологии гор Копетдага, Эльбруса и прилегающих территорий.

В начале лета 1888 г. К. И. Богданович и В. А. Обручев возвратились в Петербург и приступили к обработке материалов своих исследований. В это время открылась вакансия штатного геолога в Иркутском горном управлении и В. А. Обручев дал согласие ее занять. Окончательный отчет по работам в Закаспийской области он завершал уже будучи в Иркутске.

«Наконец-то я покончил с отчетом, — писал он 19 декабря 1888 г. И. В. Мушкетову из Иркутска,{22} — .. .я сознаю, что он еще не отделан окончательно и некоторые вопросы не разъяснены как следует. Все же я надеюсь, что главные вопросы, поставленные мне в Вашей программе, я разъяснил удовлетворительно и составил довольно ясную картину Закаспийской низменности... В заключение позвольте еще раз искренне поблагодарить Вас, Высокоуважаемый Иван Васильевич, за Ваше постоянное внимание ко мне и руководство по Закаспийским работам».

И. В. Мушкетов высоко оценил эту работу В. А. Обручева, рекомендовал ее к печати, и уже в 1890 г. она в виде монографии под названием «Закаспийская низменность» и редакцией И. В. Мушкетова была опубликована в Записках Географического общества. В 1887 — 1888 гг. в Известиях Геологического комитета и Географического общества по представлению И. В. Мушкетова были опубликованы основные результаты работ К. И. Богдановича в 1886—1888 гг. в Закаспийской области и Северной Персии.. В 1890 г. И. В. Мушкетов обобщил все материалы по Закаспийской области и опубликовал в Записках Минералогического общества геологическую карту этой территории.

С 1888 по 1891 г. И. В. Мушкетов в Геологическом комитете был в основном занят подготовкой к публикации отчетов по Верненскому землетрясению и Калмыцкой степи. Лишь в 1890 г. в течение двух месяцев проводил исследования в северо-западной части листа 26-Петербург на Карельском перешейке. Кроме того, в начале 1890 г. по поручению Комитета он занимался разработкой плана геологических исследований в Донецком бассейне. Для этой цели была создана Комиссия, в которую кроме И. В. Мушкетова входили Ф. Н. Чернышев, Г. Д. Романовский, Н. Д. Коцовский, Н. С. Курнаков и В. А. Иосса. 16 февраля 1890 г. И. В. Мушкетов и Ф. Н. Чернышев представили Присутствию доклад этой Комиссии, который в целом был одобрен и направлен к Горный департамент. Присутствие указало на необходимость составления пластовых геологических карт лишь для наиболее важных в горнопромышленном отношении участков, а не для всего бассейна.

В начале 90-х годов сильная засуха охватила многие области юга Европейской России, и в 1892 г. И. В. Мушкетов был командирован Геологическим комитетом в верховья Дона для работы в Комиссии, изучавшей во главе с МН. Анненковым возможности обводнения этой территории за счет подземных вод, а также путем создания прудов через урегулирование стока оврагов. По окончании этого обследования И. В. Мушкетовым была составлена программа геологических наблюдений применительно к названным задачам, которая вошла в общую инструкцию, подготовленную М. Н. Анненковым для губернских заведующих общественными работами по обводнению и производителям их работ. От Геологического комитета в этих работах под руководством И. В. Мушкетова участвовал горный инженер Н. К. Высоцкий. Им были проведены гидрогеологические исследования в Задонском уезде Воронежской губернии. В декабре 1892 г. в Москве на совещании по обводнению земель и борьбе с засухами в юго- восточной части Европейской России И. В. Мушкетов выступил с основополагающим докладом о происхождении источников и значении подземных вод для сельского хозяйства. Большой интерес вызвал также доклад старшего геолога Геологического комитета С. Н. Никитина на тему «О глубоких водоносных горизонтах и артезианских водах», в котором тот обобщил имевшиеся данные об условиях их вскрытия и эксплуатации в Средней и Южной России.

В 1893 г. И. В. Мушкетов участвовал в работе Комиссии по рассмотрению проекта орошения Мургабского оазиса в Туркмении, а также в Комиссии Петербургской городской думы по вопросу о проведении в Петербург из Дудергофа ключевой воды.

Весной и осенью 1894 г. И. В. Мушкетов по заданию Горного департамента изучал Крымские соленые озера и, собрав и обобщив довольно большой материал, основные результаты опубликовал уже в 1895 г. в «Горном журнале» .

Лето 1894 г. он посвящает намеченным еще на летний сезон 1893 г., но сорвавшимся из-за его болезни, исследованиям в Астраханской степи по составлению геологической карты листа 114-Астрахань, к востоку от Волги, что было поручено ему Геологическим комитетом. Сначала им были осмотрены обнажения по левому берегу р. Волги, затем побережье Каспия и совершен ряд маршрутов во внутренней части степи до возвышенности Биш-Чахо, представляющей собой систему холмов и гряд до 50—60 м высотой. В низменной степной зоне повсеместно развитые рыхлые четвертичные каспийские осадки обычно покрыты песчаными барханами, занимающими громадные площади особенно к югу, до самого Каспия, и путешествие среди них представляло нелегкую задачу еще и потому, что здесь крайне редки были колодцы с пресной или хотя бы со слабо солоноватой водой, пригодной для питья.

В 1895 г. Правление Владикавказской железной дороги обратилось в Геологический комитет с просьбой командировать И. В. Мушкетова для проведения геологических исследований вдоль проектируемой новой железной дороги от ст. Невинномысской по долинам Кубани и Теберды через Главный Кавказский хребет и затем по долинам Чхылы и Кофру до Сухуми. Несмотря на недостаток времени и занятость другими важными делами (подготовка к печати второго тома работы «Туркестан» и др.), И. В. Мушкетов принял это предложение. Кроме общего обдора геологического строения горного участка трассы проектируемой железной дороги он должен был составить поперечный геологический разрез через Главный хребет по линии намечаемого туннеля, оценить возможные температуры и величины ожидаемых притоков подземных вод, а также попутно осмотреть залежи полезных ископаемых, особенно' строительных материалов, по линии будущей железной дороги.

По опыту прежних своих путешествий в горах Тянь- Шаня, Памира и Кавказа И. В. Мушкетов знал, что наиболее благоприятное время для исследований в горах — вторая половина июля—конец августа, когда там обычно устанавливается довольно сухая погода. Вместе с И. В. Мушкетовым в этой экспедиции участвовали горный инженер А. Г. Алексеев, служивший на руднике «Эльбрус» на Кубани, а также заведующий общественными карачаевскими лесами поручик И. М. Крым-Шамхалов, художник и отличный знаток Карачая. С его помощью были наняты прекрасные проводники, Султан Бойчаров и Нан Семенов, что немало способствовало успеху экспедиции. Из Баталпашинска (ныне Черкесск), где экспедиция завершила свое снаряжение, И. М. Крым-Шамхалов в сопровождении каравана с вещами направился в Теберду, а И. В. Мушкетов с А. Г. Алексеевым — на рудник «Эльбрус», где разрабатывались серебросвинцовые жилы. Осмотрев его, а также залежи бурого угля на Индыше, они проехали на р. Теберду, где соединились с караваном. Их совместный путь лежал вверх по Теберде до ее разделения на ущелья Аманаус и Коначхир. Они направились в систему ущелья Аманаус и обследовали три его рукава: восточный — Дамбай-ульген, западный — Алибек-ульген, оба отличающиеся редкой красотой, и средний, сохраняющий название Аманаус. Все эти ущелья питаются ледниками, залегающими на северном склоне Главного хребта.

Северный склон Главного Кавказского хребта оказался сложен здесь гнейсами и кристаллическими сланцами, что, по мнению И. В. Мушкетова, благоприятствовало проведению здесь туннеля, который, пройдя по крепким, вполне Надежным породам, не потребует сплошного дорогостоящего крепления; приток подземных вод при этом будет невелик, а- температуры их, по его расчетам, не превысят 20—40 °С. Вместе с тем исследования показали, что разработанный вариант проложения временного пути с северного на южный склон по Дамбай-ульгену без проходки и здесь тоннеля совершенно невыполним. Изучением ледников было установлено, что все они в этом районе находятся в стадии отступания и уменьшения.

С северного склона Главного Кавказского хребта И. В. Мушкетов со спутниками направился на южный. По долине Канычхара (восточный рукав р. Теберды) он вышел к Клухорскому перевалу и, спустившись в бассейн р. Кодора,изучал долину р. Чхалты, выходящую к южному концу проектируемого тоннеля, а затем по Кодору вышел к Сухуми, распустив караван неподалеку от сел. Цебелда. Этими исследованиями на Кавказе в 1895 г. завершилась экспедиционная деятельность И. В. Мушкетова по заданиям Геологического комитета.

Сухуми и его окрестности пленили И. В. Мушкетова, и он даже присмотрел себе дачу, о чем в его дневнике имеется запись от 15 августа 1895 г.: Что искал — нашел! У помощника начальника Сухуми ... на обеде встретил старушку, дряхлую, седую, — Александру Александровну Негайрдт, у которой имеется дача в 15 десятин в ¹/2 часа ходьбы от Сухуми с распрекраснейшим видом на море и город . . . Сад молодой, масса фруктов. Цена 15 000 руб. серебром ... С обеда мы отправились, все осмотрели . . . Больше нечего искать . . .». {23}