Интересна также попытка Богданова нарисовать прообраз первичного млекопитающего. Он утверждал, что предок млекопитающих имел пятипалые конечности с когтями, длинный хвост, короткую шею, мелкие конические зубы без деления на группы и был плотоядным животным.
Возникновение млекопитающих Богданов относил к эпохе, предшествовавшей триасу, и считал, что корни Mammalia следует искать в момент выхода позвоночных на сушу. Ни один из известных классов наземных позвоночных, по его мнению, не мог дать начало млекопитающим. Он производил их непосредственно от рыб.
В 1879 г. в Петербурге состоялся Шестой съезд русских естествоиспытателей и врачей. На нем Богданов выступил с докладом «О значении собаки в истории человечества», построенном на материале, полученном при изучении эпохи свайных построек в Швейцарии, который дал возможность осветить историю приручения собаки человеком. В выступлении Богданова есть ряд преувеличений, ряд спорных моментов, выяснение которых и по сей день является задачей исследователей. Так, например, Богданов считал, что приручение собак имело решающее значение для развития человеческой культуры. Только благодаря собаке, по его мнению, человек мог перейти от собирательства к охоте, затем к приручению других животных, выйти из лесов и расселиться в степях, горах и пустынях, даже проникнуть на дальний север. «Собака вывела человека в люди, — говорил он, — и эпоха приручения предка собаки может считаться одним из важнейших моментов в истории человечества. Это была заря новой жизни, нового порядка вещей, когда человек становился хозяином земли» (I, 77, стр. 283).
Несомненно Богданов сильно преувеличил роль собаки в жизни первобытного человека. Известно, что основой успешной охоты первобытных людей были согласованные действия человеческого коллектива. Это давало возможность побеждать даже крупных животных — таких, как мамонты. Известно также, что решающим фактором, обеспечивающим возможность широкого расселения первобытных народов в разных климатических и природных зонах, было покорение огня, сделавшее человека менее зависимым от климатических условий. Собака же в хозяйстве человека играла только подсобную роль, хотя эта роль и была очень значительной.
Доклад Богданова вызвал живой интерес и надолго сохранился в памяти слушателей. Через 37 лет о нем вспоминал Иван Петрович Павлов, начав вышеприведенной цитатой из него свое сообщение в Философском обществе Петрограда в 1916 г. о роли собак в исследованиях по развитию высшей нервной деятельности. И. П. Павлов лично был знаком с М. Н. Богдановым с конца 70-х годов по совместной деятельности в обществе естествоиспытателей. Горячее участие, которое принял Богданов в судьбе брата И. П. Павлова, Петра Петровича (см. - стр. 75), сблизило Модеста Николаевича с Иваном Петровичем. Великий физиолог высоко ценил Богданова как выдающегося зоолога и прекрасного человека.
Фаунистические исследования в черноземной полосе России направили мысль Богданова на вопрос об образовании этой своеобразной почвенной структуры. Происхождению чернозема он посвятил специальную работу и неоднократно возвращался к этому вопросу в своих зоологических трудах. Статья Богданова «О черноземе, его практическом и научном значении» опубликована в «Трудах Вольного экономического общества» в 1877 г. Он считал, что чернозем является продуктом перегнивания остатков степной и лесной флоры.
В этом отношении Богданов расходился с Докучаевым, который создал теорию об образовании чернозема за счет чисто степной, травянистой растительности. В. В. Докучаев вступил в спор с Богдановым и опубликовал критический разбор его статьи. Однако все доказательства Докучаева, хотя они были весьма вески, не смогли переубедить Модеста Николаевича, который остался при своем мнении, хотя это мнение приходится признать ошибочным.
Много времени отдал Богданов составлению биографического очерка о профессоре К. Ф. Кесслере, скончавшемся в марте 1881 г. Желая достойно отметить память своего старшего товарища и предшественника по кафедре, основателя и руководителя Петербургского общества естествоиспытателей, крупного ученого и организатора русской науки, Богданов кропотливо и тщательно собирал биографические данные. Много материала он получил от товарищей и друзей Кесслера по Петербургскому университету. Побывал он и в Киеве, где прошли первые десятилетия научной и педагогической деятельности покойного. К биографии Богданов приложил тщательно составленный список работ Кесслера. Написанный им очерк дал яркое представление о личности ученого и о всех сторонах его деятельности.
Большая работа была проделана Богдановым по редактированию и публикации трудов Г. С. Карелина. Известный натуралист-путешественник, один из отважных русских исследователей Средней Азии первой половины прошлого столетия, Г. С. Карелин оставил после себя несколько печатных работ. Его богатые коллекции пополнили музеи Академии наук и крупнейших русских университетов — Московского и Петербургского. Но многие материалы хранились у самого Карелина в Гурьеве, где исследователь прожил более двадцати лет. К несчастью, пожар уничтожил большую часть его коллекций и рукописей, а вскоре после этого Карелин умер. После смерти Карелина Модест Николаевич приложил все усилия для опубликования сохранившихся материалов. От дочери покойного ему удалось получить путевые дневники и некоторые другие рукописи.
В 1883 г. под редакцией Богданова были напечатаны дневники, которые Карелин вел во время своих путешествий в 1832, 1834 и 1836 гг. Из них составилась книга «Путешествие Г. С. Карелина по Каспийскому морю», вышедшая отдельным томом в «Записках Русского географического общества».
Научная деятельность Богданова поражает своей разносторонностью и интенсивностью. Отдельные направления, по которым развивалось его творчество, объединяет одна общая цель — разработка эволюционных принципов в зоогеографии, систематике и филогении позвоночных и приложение этих принципов к изучению отечественной фауны, особенно русской орнитологии.
Эволюционная теория Дарвина, с которой Богданов познакомился еще на студенческой скамье, стала основой его научных взглядов. Но ему всегда было свойственно активное, творческое отношение к науке, любые теоретические высказывания он не склонен был принимать безоговорочно, а глубоко и всесторонне анализировал и оценивал. Так же отнесся он и к теории Дарвина.
Труд Дарвина «Происхождение видов» он ценил очень высоко. «У нас еще свежо в памяти глубокое впечатление, которое произвели в ученом мире книги Дарвина о происхождении видов, — писал он. — Обилие фактов, замечательная способность обобщения, ясность выводов сразу привлекли к Дарвину всех тех ученых, которые видели в накопившейся массе фактов самый положительный протест против теории неизменяемости: книга Дарвина сразу осветила этот хаос и дала разъяснение массе фактов, которого не могли дать сторонники теории неизменяемости. За это столпы зоологической науки, последователи Кювье и Линнея, объявили отчаянную войну теории Дарвина. Но уже спор Ж. С. Илера и Кювье осветился иначе, направление, данное дарвинизмом науке, так глубоко и всесторонне охватило все ее отрасли, что все протесты оказались бессильными» (I, 99, стр. 46).
Однако не все положения теории Дарвина удовлетворяли Богданова в равной мере. Как и многие другие русские биологи, в том числе Кесслер и Мечников, Богданов критически отнесся к высказыванию Дарвина о ведущей роли борьбы за существование, как основного фактора естественного отбора. Возражал он и против принципа случайности в возникновении изменений у организмов.
«Не оспаривая возможности проявления преимуществ, дающих особям перевес над другими в жизненной борьбе, мы думаем, однако, что принимать безусловно все положения Дарвина в настоящее время нельзя. Во-первых, борьба за существование и конкуренция между особями существуют не в том виде, как ее изобразил Дарвин; во- вторых, случайное и беспричинное возникновение особенностей в организации, дающих перевес в этой борьбе, абсолютно немыслимо, потому что в природе все причинно и нет ничего случайного, исключительного. Всякий орган, как говорит Ламарк и Дарвин, развивается и поддерживается в должном виде влиянием упражнений... В этой-то работе органов, в упражнении их и приспособлении к новым условиям нужно искать причин, вызывающих те изменения, на которые указывает Дарвин» (I, 99, стр. 47).
Борьбу за существование Богданов понимал не только как конкуренцию между отдельными особями. Значительную роль, по его мнению, в борьбе за существование вида играют явления взаимной помощи животных друг другу, забота о потомстве, инстинкт коллективной защиты, стадность и т. д. Об этом Богданов говорит в целом ряде своих статей и очерков («Перелет птиц», «Скворец», «Ласточка», «Леший»). В таком понимании видовых взаимоотношений Богданов является единомышленником Кесслера и Мечникова, которые также придавали большое эволюционное значение явлению взаимопомощи в мире животных (III, 12 и 16).
Отдавая должное борьбе за существование, Богданов все же более склонялся к признанию прямого изменяющего воздействия внешних условий на организм, сближаясь в этом отношении с Ламарком.
Зоологический вид Богданов понимал как группу особей, схожих друг с другом, как дети одних родителей, и дающих при размножении плодовитое потомство. Это классическое определение он, однако, дополнял еще одним критерием, заимствованным от Бюффона: особи одного вида на воле правильно, периодически, в известные времена года сходятся для выполнения половой функции (совокупления). Модест Николаевич считал, что этот критерий помогает установить естественные границы вида в массе животных.