В 1855 г. было принято решение сосредоточить руководство высшим военным образованием в руках Генерального штаба. В связи с этим все три академии: Николаевская военная академия, Николаевская инженерная академия и Михайловская артиллерийская академия составляли как бы одну императорскую Военную академию, во главе которой стоял Совет под председательством начальника Генерального штаба по военным учебным заведениям. На практике этот Совет не действовал, а с 1863 г. академиями стали ведать соответствующие управления Военного министерства.