В конце 90-х годов XIX в. Военное министерство создало комиссию, на которую опять возлагалась задача определения характера и объема знаний выпускников академии. Комиссия пришла к выводу о необходимости усиления специальной подготовки и превращения академии в школу офицеров Генерального штаба с ограниченным количеством слушателей. Но этот вопрос не был окончательно решен в XIX в. (ЦГВИА, ф. 1, оп. 1, д. 1140, л. 35).