В эти годы он совершил ряд успешных операций, вышел к Черноморскому побережью, вдвое увеличив территорию имамата. В 1846 году Шамиль появился в Кабарде. Но кабардинские князья, уже прочно связанные с Россией, не поддержали Шамиля. И он ушел обратно в Чечню. С этого момента звезда Шамиля стала клониться к закату.

В 1851–1852 году Шамиль предпринял еще два похода. Но они привели лишь к недовольству населения имамата и к ссоре между сподвижниками Шамиля.

Крымская война 1853–1856 годов оказала большое влияние на ход событий на Кавказе. Шамиль пытался помочь турецкой армии, но безуспешно. А ведь турки на него рассчитывали всерьез. Четыре корпуса турецкой армии должны были смять пограничные отряды русских и наступать на Тифлис, а с тыла должен был наступать Шамиль. Турецкий десант должен был начать наступление с Кавказского побережья Черного моря, а плацдарм для десанта турки рассчитывали подготовить с помощью мюридов Шамиля. Рассчитывая на горцев, генералиссимус Омер-паша присвоил даже Шамилю поначалу чин маршала, а потом и генералиссимуса. Но в течение всей войны Шамилю ни разу не удалось сплотить вокруг себя горцев. Только его сыну Гази удалось проникнуть в Цинандали и захватить жен князей Чавчавадзе и Орбелиани с детьми, которых позже обменяли на другого сына Шамиля — Джамалутдина.

А русские войска тем временем разгромили турок. Теперь имамат уже не мог уцелеть. Шамиль, правда, еще сопротивлялся и даже пытался совершить поход к Владикавказу. Но это было уже агонизирование. Один за другим от Шамиля отходили его соратники и переходили под эгиду России. Вскоре он остался лишь с небольшой кучкой самых фанатичных мюридов и укрылся на почти неприступной горе Гуниб. Царские войска ее штурмовать не стали, а лишь блокировали. И этого оказалось вполне достаточно, чтобы гордый «горный» генералиссимус Шамиль сдался. Случилось это 25 августа 1859 года.

Остаток своей жизни бывший турецкий генералиссимус и лидер движения мюридов прожил со своей семьей в Калуге, которую император Александр II определил ему для ссылки. Там вместе с сыновьями в 1866 году по собственному желанию Шамиль принял присягу на верность русскому царю.

В феврале 1869 года ему было разрешено совершить паломничество в Мекку. Умер он в Медине в марте 1871 года. Накануне смерти отца его старший сын Гази-Магомед получил разрешение навестить больного Шамиля. А после его похорон Гази-Магомед поступил на службу к туркам и в 1877 году участвовал в войне с Россией. Позднее он вновь пытался, как и отец, поднять восстание в Дагестане, но никто за ним не пошел. Второй сын Шамиля — Мухамед-Шафи — поступил на царскую службу и жил в Казани, имея чин генерал-майора.