Следующим шагом Дмитрия Шемяки было заполучить сыновей Василия Темного, княжичей Ивана и Юрия. Поскольку их опекун Ряполовский отказывался передавать детей, Шемяка попросил епископа рязанского Иону (будущего митрополита) выступить посредником, обещая под присягой не вредить мальчикам никоим образом. Под гарантию Ионы князь Ряполовский согласился позволить ему забрать княжичей в Москву. Сначала Шемяка принял их с добротой и развлекал за обедом. Два дня спустя, однако, отправил их в Углич под стражу вместе с родителями. Князь Ряполовский, естественно, возмутился до глубины души и вместе с князем Иваном Стрига-Оболенским начал собирать отряд бывших приближенных Василия, большинство из которых, по-видимому, оставались верными свергнутому великому князю. Они планировали напасть на гарнизон Шемяки в Угличе и освободить Василия II со всей великокняжеской семьей. Шемяка, однако, вовремя получил от лазутчика информацию о заговоре и послал против князя Ряполовского войска. После нескольких стычек Ряполовский и Стрига-Оболенский бежали в Литву к князю Василию Серпуховскому, который в это время был в Мстиславле.

Тем временем епископ Иона продолжал укорять Дмитрия Шемяку за заточение сыновей Василия II вопреки своему обещанию. Наконец, Шемяка согласился освободить не только юных княжичей, но и их отца. Он лично отправился в Углич и объявил о своем желании пожаловать Василию II в удел город Вологду, если тот даст клятву признавать его великим князем. Клятва была должным образом оформлена, и Шемяка угощал своих бывших узников щедрым обедом. Через несколько дней Василий Темный с семьей выехал в Вологду.

Даже если Василий II и собирался держать свою клятву не выступать против Шемяки, он едва ли мог сделать это из-за давления своих сторонников. Как только стало известно, что Василий Темный на свободе, психологическая реакция против правления Шемяки стала очевидной везде. Бывшие бояре Василия II, вынужденные пойти на службу к Шемяке, теперь покинули его и потянулись в Тверь, чтобы подождать дальнейшего развития событий на нейтральной территории. Несколько боярских детей не стали отягощаться поисками нейтральной земли, а бежали из Москвы в монастырь Св. Кирилла на Белоозере, куда Василий паломником поехал из Вологды. Настоятель монастыря Трифон освободил Василия II от его клятвы Шемяке как от данной по принуждению. Бояре Василия Темного в Твери вступили в важные переговоры с великим князем Борисом Александровичем, который, в конце концов, согласился пригласить Василия II в Тверь для личной встречи, где они достигли дружеского взаимопонимания, и дочь Бориса Мария была обручена с сыном Василия Иваном.

В это время те сторонники Василия, которые присоединились в Мстиславле к князю Василию Серпуховскому, выступили на Москву. В Ельне (что на юго-востоке от Смоленска) они столкнулись с сильным отрядом татар, которых сначала приняли за врагов и были готовы вызвать на бой. Однако эти татары оказались друзьями. Их вели сыновья Улуг-Махмеда Касим и Якуб, которые, услышав о несчастьях Василия II, решили ему помочь950. Как мы видели, эти два джучидских князя бежали после убийства их отца в землю черкесов (Черкасов). Обычно считается, что это значит в землю черкесов на северном Кавказе, но если так, то было бы трудно объяснить, как князья оказались в Ельне, так далеко на запад от Москвы. Обычный путь с северного Кавказа в Москву проходил вверх по Дону через Рязанскую землю. Поэтому куда более вероятно, что Касим и Якуб нашли пристанище не среди черкесов на Северном Кавказе, а в районе Черкасс в бассейне среднего Днепра, где, как мы знаем, обычно встречались татары с украинцами и формировалось ядро будущих украинских казаков. При этом предположении появление двух князей в Ельне становится до конца понятным.

Две группы приверженцев Василия, русские и татары, теперь объединили силы и поспешили в Москву. В это время Дмитрий Шемяка и Иван Можайский сосредоточили армию в Волоколамске, откуда они могли контролировать дороги и на Москву, и на Тверь. Несмотря на это, одному из бояр Василия II, Михаилу Плещееву, удалось проникнуть в Москву с небольшим отрядом. Военачальники Шемяки в Москве или бежали, или попали в плен, а народ получил приказ присягать Василию II. Позиция Волоколамска теперь стала невыгодной, и Шемяка с Можайским спешно отступили в Галич. Василий II решил преследовать их и повел свои войска в Ярославль, где к нему присоединись татары Касима и Якуба. Его силы теперь настолько превосходили силы его противников, что он мог рассчитывать на их уступчивость и послал к Шемяке боярина Василия Кутузова переговорить об освобождении его матери, великой княгини Софии, тогда все еще содержащейся в Чухломе. Не дожидаясь результатов миссии Кутузова, Василий II 17 февраля 1447 года вернулся в Москву, практически ровно через год после того, как его там ослепили.

Находясь на пороге полного поражения, Шемяка освободил великую княгиню, и вместе с Можайским обратился к князю Василию Серпуховскому с просьбой о посредничестве между ними и Василием П. В начале июля 1447 года два мятежных князя и Василий Серпуховской заключили предварительное соглашение о перемирии. При поддержке последнего Шемяка и Можайский согласились подать прошение великому князю Василию II позволить каждому из них сохранить свою отчину (исключая, что Шемяка отдаст Звенигород). Они, в свою очередь, обещали возвратить великокняжеские драгоценности и другие ценности, увезенные из Москвы. Они также обещали не преследовать или никоим образом не вредить вассалам Василия – царевичам Касиму и Якубу, другим татарским князьям и их воинам951. Два месяца спустя Василий II и князь Иван Можайский подписали официальный мирный договор. Последний обращался к великому князю как к своему господину и признал себя его «младшим братом» (то есть вассалом)952. Шемяка, однако, выиграв столь нужное ему время, не спешил сдаваться. Вместо этого он послал своих представителей в Новгород и Вятку, чтобы убедить эти два свободных города помочь ему против Василия П. Он даже отправил посла к Махмудеку, хану Казани, побуждая его разорвать отношения с Василием II.953

После своего возвращения к власти Василий правил пятнадцать лет. Этот сравнительно короткий промежуток времени можно считать важным периодом в русской истории. В это время были заложены основы, и идеологические и материальные, Московского царства. Как мы видели, избрание митрополита Ионы Собором русских епископов (1448 год) ознаменовало образование национальной Русской церкви. В области политики была почти закончена консолидация. Великого княжества Московского. Большая часть уделов потомков Ивана Калиты теперь находилась в руках великого князя. Старая столица, Владимир, опустилась до статуса провинциального города. За пределами собственно Московии Великое княжество Рязанское стало вассальным государством Москвы (1447 год), а свободы Новгорода Великого были существенно ограничены (в 1456 году). Внутри Московии боярская дума дискредитировала себя недостатком единства и решимости своих членов во время предыдущего кризиса и, с точки зрения истории, потеряла возможность (если таковая когда-либо существовала) ограничить власть великого князя в свою пользу. Также в этот период Восточная Русь фактически, если еще не формально, освободилась от татарского владычества. Хотя московское правительство продолжало признавать высшую власть хана в принципе, оно никоим образом не позволяло номинальному сюзерену вмешиваться во внутренние дела Руси. И несмотря на то, что дань все еще продолжали собирать, до хана доходили только символические взносы, да и те выплачивались нерегулярно, если выплачивались вообще. Часть дани теперь уходила татарским вассалам Василия, но это представляло собой плату за предоставленные услуга и, в этом смысле, не являлось разбазариванием денег. Основная часть собранной дани оставалась в великокняжеской казне и стала одним из главных источников дохода государства.