После смерти Тут-Тимура императором был провозглашен его семилетний племянник (младший сын Кузалы); он умер через несколько месяцев, и его сменил его старший брат – Тоган-Тимур (китайский титул Шун-ти (1333-68 гг.)). Вскоре после этого умер Эль-Тимур – ведущая фигура правления Тут-Тимура. Теперь на первый план вышли его брат Сатун и его друг Байян. Байяна назначили командиром русских Охранников Жизни255 в 1339 г.; но он был послан в Южный Китай и умер по дороге туда.256

В период между 1307 и 1332 г. католические миссионеры продолжали свою деятельность в Персии, Индии и Китае. Особенно важна была миссия францисканского монаха Одорика из Порденона, который посетил все три вышеназванные страны (1318-1330 гг.).257 В Пекине Одорик был гостем Иоанна из Монтекорвино. Когда последний умер (около 1332 г.), его наследником по пекинскому приходу стал французский францисканец брат Николас, в прошлом профессор Парижского университета, который привез с собою в Китай 26 других монахов. В 1336 г. один из них, Эндрю возвратился в Европу, чтобы передать письмо от Тоган-Тимура папе Бенедикту XII, поскольку великий хан продолжал доброжелательную политику своих предшественников по отношению к христианству. В ответ на это письмо папа послал еще две миссии в Китай; одна из них получила аудиенцию у Тоган-Тимура в 1342 г.258

Император также приказал пересмотреть учебники по юриспруденции, и в 1346 г. появился новый обзор императорских декретов и постановлений.259 Но наиболее серьезной проблемой, с которой должно было совладать правительство Тоган-Тимура в первой половине его правления, было постоянное изменение русла Желтой реки (Хуанхэ). Около 1300 г. радикально изменилось направление ее течения: от Кайфенга на восток, к заливу Чихли.260 Смена русла основной северокитайской реки затронула жизнь миллионов людей: некоторые пострадали от наводнений, другие – от возникших трудностей с орошением. На смену опустошительным наводнениям периодически приходил голод. Ситуация стала особенно угрожающей в 1330-х годах. Всеобщий голод наступил и в 1334 г., еще одна голодная волна накрыла население в 1342 г.261

Правительство великого хана попыталось регулировать течение реки путем строительства и обновления системы дамб. В 1351 г. главная дамба была прорвана, и возникла чрезвычайная ситуация; были призваны сто семьдесят тысяч рабочих для укрепления речных берегов.262 Эти и другие общественные работы, предпринятые правительством Тоган-Тимура, требовали значительных фондов, которые становились дополнительным бременем для казны. Новые инструкции относительно бумажных денег были оглашены в 1350 г., это была попытка привести их циркулирующий объем в равновесие с нуждами народа. Хотя в 1341 г. было выпущено менее одного миллиона тинге, этот объем удвоился в 1352 г., а в 1356 г. было напечатано шесть миллионов тинге бумажных денег.263. 

Стихийные бедствия и ухудшение императорской финансовой системы питали нарастающее недовольство среди населения. Во всех странах и во все времена люди склонны в неудачах и невзгодах винить свое правительство. Это особенно справедливо по отношению к Китаю, поскольку, согласно традиционным китайским представлениям, на правителе лежит ответственность даже за природные катастрофы. Человеческое общество воспринималось частью универсального порядка. Грехи правителя побуждают к бунту не только людей, но и природу.264

В результате престиж императора в Северном Китае значительно упал. В Южном Китае он никогда не был высок, вследствие чужеродности правящей династии. Следует отметить в этой связи, что в Северном и Южном Китае существовало четкое различие в подходах к династии Юань. Даже до монгольского завоевания Северный Китай во многих случаях управлялся императорами иностранного происхождения; и нужно вспомнить, что династия Цзинь была маньчжурской, а не китайской. Поэтому для северокитайцев не было чего-то необычного в принятии власти иностранцев, в особенности потому, что в каждом случае эти иностранцы были готовы следовать, по крайней мере отчасти, китайскому типу культуры. В Южном Китае дело обстояло иначе, поскольку он всегда управлялся местной администрацией. После низвержения династии Сун монголами южнокитайцы должны были подчиниться неизбежному и принять правление Хубилая и его наследников, но в своем сердце они считали династию Юань чужеродной, и их лояльность по отношению к ней весьма спорна.

В течение многих лет присутствие монгольских гарнизонов предотвращало возможность всеобщего восстания в Южном Китае. Однако время от времени случались местные восстания и выступления. Постепенно монгольские воины осели в Китае – как и в иных странах с древней культурой, подобных Персии; потеряли военное рвение и, по словам Марко Поло, «значительно опустились».265 В 1352 г. восстания начались одновременно в различных местах по течению Янцзы, а также в районе Кантона. Это движение в конечном итоге трансформировалось в социальную революцию, явившуюся выступлением крестьян и издольщиков против владельцев больших земельных владений, как монголов, так и китайцев.266 К 1360 г. весь Южный Китай контролировался множеством местных вождей, которые часто ссорились между собой.

К этому времени единство империи подверглось серьезной угрозе вследствие распада ханства иль-ханов. Вслед за смертью Абу-Саида (1335 г.) в Персии начались беды, вылившиеся в быструю смену на троне противоборствующих кандидатов, каждый из которых был лишь инструментом в руках могущественных местных властителей. Ханы Золотой Орды воспользовались обстоятельствами и усилили свое влияние на Азербайджан. В итоге в 1356 г. хан Джанибек захватил Тебриз, оставив там в качестве наместника собственного сына Бердибека. В 1357 г. на пути домой Джанибек умер, и Бердибек поспешил в Сарай, чтобы унаследовать власть,267 оставив Персию, по словам Бертольда Шпулера, в руинах.268 Вскоре после смерти Бердибека (1359 г.) сама Золотая Орда вошла в период затянувшегося династического и политического кризиса.269 Улус Чагатая в Центральной Азии также получил свою долю политических бед. Все эти события серьезно повлияли на развитие панмонгольской торговли, в особенности, с черноморским и восточно-средиземноморским регионом, с одной стороны, и Китаем – с другой. Это не могло не затронуть с неблагоприятной стороны пекинский режим. Кроме того, ежегодная доля дани из Персии и Золотой Орды более не приходила или же, по крайней мере, прибывала нерегулярно.

Возвращаясь к Южному Китаю, следует отметить, что около 1360 г. один из местных противоборствующих друг другу вождей Чу Юан-чан сумел устранить или подчинить себе большинство своих соперников. Социальное восстание теперь трансформировалось в национальную революцию. В момент, когда пекинское правительство оказалось перед лицом этого кризиса, многие родовые вожди в Монголии восстали против Тоган-Тимура.270 Если последний казался китайцам слишком монголом, то для старомонгольской партии он был слишком китайцем. Хотя нападение степных монголов на Пекин удалось отбить, пекинское правительство продолжало держать свои лучшие войска на севере для защиты Великой Стены. В сложившихся обстоятельствах быстрое продвижение китайских революционных сил было неизбежно. В 1363 г. Чу Юан-чан оккупировал провинции Хубай, Хэнань и Анвей, а в 1367 г. – Шеньян и Кванси. В 1368 г. он нанес поражение монгольской армии к востоку от Пекина и с триумфом вошел в столицу. Тоган-Тимур бежал в пустыню Гоби, где и умер в 1369 г. Его сыновья и остатки армии отступили в Монголию. Тем временем в Пекине Чу Юан-чан провозгласил себя императором. Основанная им династия стала известна как Мин.