15-го числа отряд оперативной команды 5 расстрелял 322 еврея в Богуславе (Киевская область).
16-го числа 304-й полицейский батальон начал проведение «еврейской акции» в Гайсине (Винницкая область). Подразделение оперативной группы Д в четырех населенных пунктах Калининдорфского района (Бобровый Кут, колхозы Серп и молот, Кагановича, 1 Мая) расстреляли 1057 евреев. Началась депортация на Украину евреев из лагеря Вертюжаны.
17-го числа 304-й полицейский батальон завершил «еврейскую акцию» в Гайсине (более 2000 жертв). Команды группы Д еще в четырех населенных пунктах Калининдорфского района (Калининдорф, Штерендорф, Юдендорф, 21-й участок) расстреляли 1423 еврея. В окрестностях Коростеня (возможно, села Мелени, Скураты, Ксаверов) зондеркоманда 4а расстреляла«, 177 евреев.
18-го числа команды группы Д расстреляли в селе Фрайлебен (Калининдорфский р-он) 416 евреев и в селе Молотовское (Николаевская область) — 600 евреев.
19-го числа состоялась «еврейская гросс-акция» в Виннице. 45-й резервный полицейский батальон и штабная рота высшего фюрера СС и полиции в Южной России расстреляли в этот день 10 тыс. человек — жителей города и окрестностей. Зондеркоманда 4а расстреляла 3145 евреев в Житомире и 166 евреев в Иванкове (Киевская область). Отряд оперативной команды 5 расстрелял свыше 1000 евреев в Тальное и 35 евреев в Юстунграде (Черкасская область). 1-я мотопехотная бригада СС расстреляла евреев-мужчин в Кировограде и 463 еврея в Александрии (Кировоградская область). Штаб оперативной группы Ц расстрелял несколько сот евреев в Ново-Украинке (Кировоградская область), а команда оперативной группы Д — 178 евреев в зерносовхозе Юркино (Калининдорфский район Херсонской области).
20-го числа оперативная команда 5 расстреляла 850 евреев в Сквире (Киевская область), а штабная рота высшего фюрера СС и полиции в Южной России — 3200 евреев в Новоград-Волынском (Житомирская область). Из Красных Окон (Одесская область) в Дубоссары были угнаны и там расстреляны 2000 евреев.
21-го числа зондеркоманда 11а из оперативной группы Д начала ликвидацию евреев Николаева. Произошел еврейский погром в Умани (Черкасская область): несколько тысяч евреев были согнаны в тюрьму, где много женщин и детей умерли от удушья. В Иванкове отряд зондеркоманды 4а расстрелял еще 29 евреев. В Барышевке (Киевская область) были убиты 90 евреев. В селе Катериновка (Днепропетровская область) подразделение 1-й мотопехотной бригады СС расстреляло 92 еврея.
22-го числа продолжались расстрелы евреев в Николаеве. В Бериславе (Херсонская область) зондеркоманда 10а расстреляла 400 евреев. В Золотоноше (Полтавская область) были убиты 300 евреев-беженцев. В Умани отряд оперативной команды 5 начал проведение «еврейской акции». В Киеве штаб 29-го армейского корпуса приказал арестовать всех евреев-мужчин и использовать на работах по расчистке евреев-военнопленных. 17-я армия попросила зондеркоманду 4б предпринять репрессалии против евреев Кременчуга, так как в городе имели место три случая порчи кабеля.
23-го числа закончились «еврейские акции» в Николаеве (свыше 7000 жертв) и в Умани (1412 жертв).
24-го числа зондеркоманда 11а начала «еврейскую акцию» в Херсоне. В Ширяево (Одесская область) были расстреляны 106 евреев и в Калиновке (Днепропетровская область) — 134 еврея.
25-го числа закончилась «еврейская акция» в Херсоне (свыше 8000 жертв). В Каховке зондеркоманда 10а расстреляла 740 евреев и в колхозе Коминтерн (Калининдорфский район) — 82 еврея. В Снигиревке (Николаевская область) были расстреляны 160 евреев.
26-го числа были расстреляны 392 еврея в с. Эмес Калининдорфского района и 12 евреев в Хорлах (Херсонская область). В Кременчуге была проведена регистрация евреев; их оказалось 3500, а также 100 смешанных семей. Полиция безопасности возобновила свою деятельность в Киеве. «В этот день семь команд по допросу ЕК 4а приступили к работе в лагере для штатских пленных, в лагере для военнопленных, в еврейском лагере и в самом городе». Комендант Киева генерал-майор Эберхардт, высший фюрер СС и полиции в Южной России обергруппенфюрер СС Екельн, шеф оперативной группы Ц бригадефюрер СС д-р Раш провели совещание, на котором решили в качестве возмездия за взрывы и пожары в городе уничтожить всех евреев. В Бучаче (Тернопольская область) были расстреляны около 350 евреев.
27-го числа в Троицком (Одесская область) были расстреляны 74 еврея. 637-я рота пропаганды доложила в отдел 1-ц штаба 6-й армии, что «в типографии «Восточного фронта» изготовлены 2000 настенных объявлений для Киева с требованием к евреям явиться в определенное место». Евреи Кременчуга получили приказ переселиться в бараки в 2-х км от города; приказ выполнили 1100 евреев.
28-го числа в Киеве было расклеено объявление, в котором евреи призывались явиться в понедельник, 29 сентября, к 8 часам утра в определенное место; одновременно был пущен слух, что евреев собирают для переселения. Начались расстрелы евреев-военнопленных, отобранных в лагере для военнопленных на Керосинной улице в Киеве (расстрелу подлежали 3000 человек). В селах Каменка, Печановка и Мирополь (Дзержинский район Житомирской области) была расстреляна часть евреев (в совокупности более 200 человек).
29-го числа зондеркоманда 4а и 45-й резервный полицейский батальон приступили к проведению «гросс-акции» в Киеве.
30-го числа массовые расстрелы в Киеве были в основном завершены. Зондеркоманда 4а доложила о казни в течение двух дней 33 771 еврея. 304-й полицейский батальон расстрелял в Кировограде еврейских женщин и детей.
В сентябре месяце расстрелы евреев также имели место в следующих населенных пунктах:
— Киевская область: в Ковшеватом Таращанского района (48 жертв);
— Херсонская область: в Ново-Воронцовке (23 жертвы); в пос. № 33 Бериславского района (16 жертв);
— Черкасская область: в Звенигородке (около 100 жертв);
— Николаевская область: в Вознесенске (несколько сот жертв), в Нов. Одессе (125 жертв), в Братском (82 жертвы), Варваровке (117 жертв);
— Житомирская область: в Красноармейске (274 жертвы), Базаре (140 жертв), Чеповичах (165 жертв), Коростышеве (минимум 60 жертв), в Новоград-Волынском (319 жертв[4]);
— Одесская область: в Голованевске (570 жертв), Тилигуло-Березанке (30 жертв), в Цебриковском районе (Цебриково, Фрайберг, Торосово, Бердиново) (свыше 200 жертв), в Красноокнянском районе (Гулянка, Будаешты) (76 жертв), в Октябрьском районе (Октябрьское, Фрилинг, Петроверовка) (свыше 160 жертв), в Голосково и Чаусово Кривоозерского района (соответственно 241 и 42 жертвы), в Нов. Буге, в с. Павловка Фрунзовского района (21 жертва);
— Днепропетровская область: в Шолохово (187 жертв), в Криворожском, Сталиндорфском и Широковском районах (несколько сот жертв);
— Черниговская область: в Чернигове (19 жертв), Городне (21 жертва), Березне (8 жертв)[5];
— Черновицкая область: в с. Кабин Вашковецкого района (65 жертв);
— Запорожская область: в с. Каменка (31 жертва);
— Львовская область: в с. Долгое Подбужского района (127 жертв);
— Кировоградская область: в Кировограде в первой половине сентября зондеркоманда 4б расстреляла несколько сот евреев.
В общей сложности в сентябре месяце оккупанты и их пособники истребили на Украине около 130 тыс. евреев, в том числе около 40 тыс. в Киевской области, около 27 тыс. в Житомирской области, около 16 тыс. в Винницкой области, примерно по 13 тыс. в Херсонской и Николаевской областях, свыше 5 тыс. в Кировоградской области, 3,5 тыс. в Одесской области, свыше 3 тыс. в Черкасской области, около 2,5 тыс. в Ровенской области, примерно по 1 тыс. в Хмельницкой, Львовской, Днепропетровской и Волынской областях, примерно по 0,5 тыс. в Полтавской и Тернопольской областях.
В среднем ежедневно на Украине умерщвлялось примерно 4300 евреев или 180 человек каждый час.