Для целей Михаила VIII было в высшей степени важно, что один из выдающихся представителей Греческой церкви, «муж умный, — по словам Григоры, — питомец красноречия и науки», будущий патриарх Иоанн Векк, бывший раньше противником унии и заключенный за это императором в темницу, сделался за время заключения сторонником унии и ярым пособником императора в деле его сближения с Римом.
Собор был назначен на 1274 год во французском городе Лионе, куда Михаил отправил торжественное посольство во главе с бывшим патриархом Германом, давним другом императора, и известным государственным деятелем и историком Георгием Акрополитом. Со стороны Римской церкви на соборе должен был играть руководящую роль не кто иной, как сам знаменитый представитель средневековой католической учености Фома Аквинский, умерший, однако, на пути в Лион. Его заменил на соборе не менее блестящий представитель западной церковной науки кардинал Бонавентура. На соборе присутствовал также монгольский епископ. Автор жития св. Бонавентуры Петр Галезиний (Pietro Galesino) в XVI веке и некоторые другие авторы XV века утверждали, что по приглашению папы император Михаил Палеолог сам отправился вЛион, чтобы присутствовать на соборе. Это утверждение источников было отмечено, проанализировано и отвергнуто Львом Алляцием в XVII веке.
Уния в Лионе была заключена на условии признания восточным императором догмата filioque, опресноков и папского главенства, в чем от имени Михаила поклялся Георгий Акрополит. Кроме того, Михаил выразил папе готовность помочь войском, деньгами и продовольствием в предполагаемом совместном крестовом походе на освобождение Святой Земли, но под условием установления мира с Карлом Анжуйским, чтобы император мог направить свои силы на Восток, не боясь получить удара с Запада.
Уния не дала желаемых результатов ни для одной, ни для другой стороны. Как и следовало ожидать, Михаил встретил упорное сопротивление к введению унии со стороны громадного большинства греческого населения. Направленный против унии, против Михаила Палеолога и Иоанна Векка собор был созван в Фессалии. Затем, идея крестового похода не могла быть особенно приятной для императора, не способного забыть о последствиях четвертого Крестового похода. Дополнительной трудностью было то, что Михаил был в дружеских отношениях с египетским султаном, убежденным противником латинян Сирии.
С 1274 по 1280 годы пять папских посольств прибыли в Константинополь для подтверждения унии. Однако, в 1281 году новый папа, француз Мартин IV, ставленник Карла Анжуйского на папском троне, разорвал унию и полностью поддержал агрессивные планы Карла против Византии. Михаил же считал самого себя связанным обязательствами по Лионской унии до дня своей смерти.
Арсениты, «Зилоты» и «Политики»
Внутренняя церковная жизнь Византии при Михаиле, помимо заключенной унии, была взволнована также борьбой религиозно-политических партий во главе с так называемыми арсенитами.
В Византийской церкви уже с XII века можно отметить две противоположные партии, которые никогда не могли примириться друг с другом и боролись за влияние и власть в церковном управлении. Одну из партий византийские источники называют «зилотами» (ζηλωταί), т.е. ревнителями, другую же — «политиками» (πολιτικοί), χто можно передать через наименование партии умеренных. Церковный историк А. П. Лебедев передает название последней партии даже «современным французским парламентским выражением оппортунисты».
Партия зилотов, или строгих, являясь поборницей свободы и независимости церкви, была против вмешательства в ее дела государственной власти, что, как известно, противоречило основному взгляду византийского императора. В этом отношении зилоты напоминали взгляды известного церковного деятеля второго периода иконоборчества (IX века) Феодора Студита, который также открыто говорил и писал против вмешательства императорской власти в дела церкви. Зилоты, не желая делать никаких уступок царской власти, стремясь подчинить императора строгой церковной дисциплине и не боясь ради своих идей столкновений с властями и обществом, неоднократно вовлекались в различные смуты и беспорядки и получали в таком случае характер партии не только церковной, но и церковно-политической. Не отличаясь образованностью, не заботясь о насаждении среди духовенства просвещения, но вместе с тем придерживаясь правил строгой нравственности и подвижничества, зилоты в борьбе со своими противниками часто опирались на монахов и в моменты своего торжества открывали монашеству путь к власти и деятельности. Про одного патриарха из зилотов Григора замечает, что он «не умел правильно читать даже по складам». Тот же источник пишет, характеризуя преобладающее влияние монашества при патриархе-зилоте: «дурные монахи находили, что для них теперь после бурь и непогоды настало затишье и после зимы наступила весна». Являясь строгими ревнителями православия, зилоты были при Михаиле Палеологе упорными противниками его стремления к унии и в этом отношении имели широкое влияние на народные массы.
Другая партия политиков, или умеренных, стояла на иной точке зрения. Политики, которые искали поддержки в государстве и шли по пути сближения церкви с последним, ничего не имели против широкого влияния государства на церковь; по их воззрениям, прочная светская власть, не стесняемая посторонним вмешательством, имеет громадное значение для жизни государства и общества, в силу чего политики согласны были на значительные уступки императорской власти. Они в данном случае держались так называемой теории «экономии», т.е. допускали, что церковь в отношении к государству должна приспособляться к обстоятельствам, соглашаться иногда на компромиссы, а не идти, как то делали зилоты, напролом; в оправдание теории «экономии» политики обыкновенно ссылались на примеры апостолов и святых отцов. Признавая всю силу просвещения, замещая духовные должности людьми культурными и образованными, а вместе с тем несколько отступая иногда от правил строгой нравственности и не сочувствуя суровому аскетизму, политики опирались в своей деятельности не на монахов, а на белое духовенство и на образованный класс общества.
В зависимости от изложенных условий характер деятельности обеих партий был различен. «Когда, — по словам русского историка церкви А. П. Лебедева, — на церковной сцене действовали политики, они довольно тихо и сравнительно мирно проводили свои тенденции в жизнь; напротив, когда у кормила правления являлись зилоты, то они, опираясь на такой подвижной элемент в Византии, как монахи и отчасти чернь, всегда действовали шумно, нередко бурно, а иногда даже мятежно». В отношении к острому вопросу об унии большая часть политиков стояла на стороне Лионского соглашения, всецело поддерживая таким образом религиозную политику Михаила Палеолога.
Конечно, раздоры и борьба обеих партий, зилотов и политиков, происхождение которых некоторые ученые считают возможным возводить ко временам иконоборчества и споров игнатиан с фотианами в IX веке, переходили иногда в народ и вызывали немалые волнения. Дело доходило до того, что в каждом отдельном доме, в отдельной семье были представители враждовавших партий; по словам Пахимера, «церковный раскол умножился до того, что разделял жильцов дома: иначе жил отец, иначе сын, иначе мать и дочь, иначе невестка и свекровь».
При Михаиле Палеологе зилоты, или, как их называет наука конца XIII и начала XIV веков, арсениты, проявляли напряженную деятельность. Название арсенитов происходит от имени патриарха Арсения, дважды всходившего на патриаршую кафедру, в первый раз еще в Никее, во второй раз патриаршествовавшего и в Константинополе. Арсений, являясь человеком мало ученым, был намечен в патриархи еще никейским императором Феодором II Ласкарем в надежде, что он, будучи возвеличен не по достоинству, окажется послушным орудием в руках императора. Однако, ожидания последнего не оправдались. Правление Арсения, этого греческого «Никона», ознаменовалось жестокими столкновениями патриарха с императором и послужило к образованию сначала партии, а затем и раскола «арсенитов», волновавшего Греческую церковь несколько десятилетий. Арсений не убоялся отлучить от церкви Михаила Палеолога, низложившего, как известно, вопреки своим клятвам, и ослепившего несчастного Иоанна IV Ласкаря, последнего никейского императора. Разгневанный император низвел с патриаршей кафедры Арсения и отправил в ссылку, где он и умер. Последний рассматривал свое низложение и поставление новых патриархов в Константинополе как события, ведшие к погибели церкви. Эти взгляды Арсения, взволновавшие общество, нашли немало приверженцев как среди духовенства, так и среди мирян; возникшие в связи с этим беспорядки и смуты закончились образованием раскола «арсенитов», которые избрали своим девизом изречение ап. Павла: «не прикасайся… и не дотрагивайся» (Колос. 2:21), т.е. до тех, кто осудил Арсения или согласился на это осуждение. Будучи ревнивыми хранителями восточного православия, арсениты, если не иметь в виду их отношения к делу патриарха Арсения, могут быть отождествлены с зилотами.