Венеция, оказавшая помощь флотом Алексею Комнину, получила от императора громадные торговые привилегии, которые создали для республики св. Марка совершенно исключительное положение. Помимо великолепных подарков венецианским церквям и почетных титулов с определенным содержанием дожу и венецианскому патриарху с их преемниками, императорская грамота Алексея, или хрисовул, как назывались в Византии грамоты с золотой императорской печатью, предоставлял венецианским купцам право купли и продажи на всем протяжении империи и освобождал их от всяких таможенных, портовых и других, связанных с торговлей, сборов; византийские чиновники не могли осматривать их товары. В самой столице венецианцы получили целый квартал с многочисленными лавками и амбарами и три морских пристани, которые назывались на Востоке скалами (maritimas tres scalas), где венецианские суда могли свободно грузиться и разгружаться. Хрисовул Алексея дает любопытный список наиболее важных в торговом отношении византийских пунктов, приморских и внутренних, открытых для Венеции, в северной Сирии, Малой Азии, на Балканском полуострове и Греции, на островах, кончая Константинополем, который в документе назван Мегалополис, т.е. Великий Город. В свою очередь венецианцы пообещали быть верными подданными империи.
Дарованные венецианским купцам льготы ставили их в более благоприятное положение, чем самих византийцев. Хрисовулом Алексея Комнина было положено твердое основание колониальному могуществу Венеции на Востоке и созданы такие условия для ее экономического преобладания в Византии, которые, казалось, должны были на долгое время сделать невозможным появление других конкурентов в данной области. Однако, эти же исключительные экономические привилегии, дарованные Венеции, послужили впоследствии, при изменившихся обстоятельствах, одной из причин политических столкновений Восточной империи с республикой св. Марка.
Борьба империи с турками и печенегами
Турецкая опасность с востока и севера, т.е. со стороны сельджуков и печенегов, столь грозная при предшественниках Алексея Комнина, еще более усилилась и обострилась при нем. Если победа над норманнами и смерть Гуискара позволили Алексею возвратить византийскую территорию на западе до Адриатического побережья, то на других границах, благодаря нападениям турок и печенегов, империя значительно уменьшилась в своих размерах. Анна Комнина пишет, что «в то время, о котором идет речь, восточную границу Ромейского владычества образовывал соседний Босфор, западную — Адрианополь».
Казалось, что в Малой Азии, почти целиком завоеванной сельджуками, обстоятельства складывались благоприятно для империи, так как среди малоазиатских турецких правителей (эмиров) шла междоусобная борьба за власть, что ослабляло турецкие силы и приводило страну в состояние анархии. Но Алексей не мог направить всего своего внимания на борьбу с турками ввиду нападений на империю с севера печенегов.
Последние в своих действиях против Византии нашли союзников внутри империи в лице живших на Балканском полуострове павликиан. Павликиане представляли собой восточную дуалистическую религиозную секту, одну из главных отраслей манихейства, основанную в III веке Павлом Самосатским и преобразованную в VII веке. Живя в Малой Азии, на восточной границе империи, и твердо отстаивая свое вероучение, они были вместе с тем прекрасными воинами, доставлявшими немало хлопот византийскому правительству. Как известно, одним из излюбленных приемов византийского правительства было переселение различных народностей из одних областей в другие, так например, славян в Малую Азию, а армян на Балканский полуостров. Подобная судьба постигла и павликиан, которые в большом количестве были переселены с восточной границы во Фракию в VIII веке Константином V Копронимом и в X веке Иоанном Цимисхием. Центром павликианства на Балканском полуострове сделался город Филиппополь. Поселив восточную колонию в окрестностях этого города, Цимисхий, с одной стороны, достиг удаления упорных сектантов из их укрепленных городов и замков на восточной границе, где с ними трудно было справляться; а с другой стороны, он рассчитывал, что на месте нового поселения павликиане будут служить крепким оплотом против частых нападений на Фракию северных «скифских» варваров. В X же веке павликианство распространилось по Болгарии благодаря преобразователю этого учения попу Богомилу, по имени которого византийские писатели называют его последователей богомилами. Из Болгарии богомильство позднее перешло в Сербию и Боснию, а затем и в Западную Европу, где последователи восточного дуалистического учения носили различные названия: патарены в Италии, катары в Германии и Италии, побликаны (т.е. павликиане) и альбигойцы во Франции и т.д.
Византийское правительство, однако, ошиблось в своих расчетах на роль поселенных на Балканском полуострове восточных сектантов. Во-первых, оно не предполагало возможности быстрого и широкого распространения ереси, что на самом деле случилось. Во-вторых, богомильство сделалось выразителем национальной славянской и политической оппозиции против тяжелого византийского управления в церковной и светской областях, особенно в пределах покоренной при Василии II Болгарии. Поэтому вместо того, чтобы защищать византийские пределы от северных варваров, богомилы призывали печенегов для борьбы против Византии. К печенегам присоединились куманы (половцы).
Борьба с печенегами, несмотря на временные удачи, была очень тяжела для Византии. В конце восьмидесятых годов Алексей Комнин потерпел у Дристра (Силистрии), на нижнем Дунае, страшное поражение и сам едва спасся от плена. Только раздоры из-за дележа добычи, возникшие между печенегами и куманами, не позволили первым на этот раз вполне использовать свою победу.
После короткого отдыха, купленного у печенегов, Византия должна была пережить ужасное время 1090—1091 годов. Вторгшиеся снова печенеги после упорной борьбы дошли до стен Константинополя. Анна Комнина рассказывает, что в день празднования памяти мученика Феодора Тирона жители столицы, посещавшие обычно в громадном числе находившийся в предместье за городской стеной храм мученика, не могли сделать этого в 1091 году, так как нельзя было открыть городских ворот из-за стоявших под стенами печенегов.
Положение империи сделалось еще более критическим, когда с юга стал грозить столице турецкий пират Чаха, проведший молодые годы в Константинополе при дворе Никифора Вотаниата, пожалованный византийским чином и убежавший в Малую Азию при вступлении на престол Алексея Комнина. Овладев Смирной и некоторыми другими городами западного побережья Малой Азии и островами Эгейского моря при помощи созданного им флота, Чаха задумал нанести удар Константинополю с моря, отрезав таким образом для него пути к пропитанию. Но желая, чтоб задуманный им удар был действительнее, он вступил в сношения с печенегами на севере и с малоазиатскими сельджуками на востоке. Уверенный в успехе своего предприятия, Чаха уже заранее называл себя императором (василевсом), украшал себя знаками императорского достоинства и мечтал сделать Константинополь центром своего государства. Не надо упускать из виду и того, что как печенеги, так и сельджуки были турками, пришедшие благодаря сношениям к сознанию своего родства. В лице Чахи для Византии явился враг, который, по словам В. Г. Васильевского, «с предприимчивой смелостью варвара соединял тонкость византийского образования и отличное знание всех политических отношений тогдашней восточной Европы, который задумал сделаться душой общего турецкого движения, который хотел и мог дать бессмысленным печенежским блужданиям и разбоям разумную и определенную цель и общий план». Казалось, что на развалинах Восточной империи должно было основаться турецкое сельджуко-печенежское царство. Византийская империя, по выражению того же В. Г. Васильевского, «тонула в турецком нападении». Другой русский византинист, Ф. И. Успенский, так пишет о данном моменте: «Положение Алексея Комнина в зиму 1090—1091 года может быть сравнимо разве с последними годами империи, когда османские турки окружили Константинополь со всех сторон и отрезали его от внешних сношений».