Как общество тайное, движение жидовствующих не было массовым; ко второй половине XVI столетия оно вымерло, и Стоглавый Собор уже не удостоил даже упоминанием бывшей ереси жидовствующих. Но «бродильные идеи» не вымерли, получив пищу в прокатившейся по Европе волне реформационного движения. Новым выразителем европейского вольномыслия явился ересиарх Феодосий Косой, русский протестант, «взращенный на почве скрыто жидовствующего вольномыслия, оживленного заносным протестантизмом». В это время протестантизм шумно процветал в Литве, захватывая и русских. А шведы в годы тяжких испытаний смутного времени, захватив часть русских владений, с фанатизмом насаждали там лютеранство, помышляя обратить в протестантизм всех русских, оказавшихся под шведской короной. С этой целью была основана в Стокгольме славянская типография, в которой на славянском языке был напечатан катехизис Лютера.

Привлеченный к суду и осужденный, Феодосий Косой бежал в Литву, там вдохнул в себя дыхание крайних протестантских веяний, главным образом социниан, и развил свое учение, которое сводится к следующим положениям: «Бог в строгом смысле един. Пятикнижие Моисея — это „Столповые книги“. Иисус Христос — не Бог. Церковь — это только сообщество верующих. Все внешнее в ней есть человеческое предание и измышление, подлежащее отвержению. Храм — это кумирница, иконы — идолы, иерархия — лжеучители, идольские жрецы. Со всем этим нужно разорвать. Никаких таинств. Причащение — это простые хлеб и вино. Покаяние — самообман. Надо сокрушить, как идолов, не только иконы, но и кресты. Святым и мощам — не поклоняться. Святых Отцов — не чтить. Посты и монашество — отбросить. Все это — человеческое предание. Никого на земле отцами не титуловать, как и запрещено в Евангелии. Все эти предания — человеческие измышления. Все люди, со всеми их разными верами и языками — одинаковые дети у Бога». «Эта идея религиозного равенства перед Богом соскальзывает у Косого в социальный радикализм. Без всякого развития и углубления бросает он революционные лозунги: не надо ни властей, ни войн» (Карташев).

Во всех этих волнениях и спорах, задевших небольшое передовое меньшинство, народ не участвовал, и единство Церкви не страдало. Духовному монолиту русского народа и единству Церкви наносится удар жестокой церковной междоусобицей — русским расколом, — разбившимся на многие толки и подорвавшим внутреннюю силу народа, духовный авторитет иерархии и влияние Церкви на народ. В это время иноземное влияние попадает на благоприятную почву, а позднейшее, также извне в Россию пришедшее, насаждение сектантства духовно раздробило православный монолит русского народа.

Картина духовной жизни русского народа начинает заметно меняться с наплывом в Россию с XVI по XVIII столетия, на службу и для торговли, иноверных пришельцев, приток коих особенно усилился после издания Петром Великим в 1702 году манифеста, призывающего иностранцев на службу в Россию с обещанием им хороших условий и полной свободы совести. Возникают в России так называемая Немецкая Слобода и целые поселки немецких колонистов, привлекающие своим религиозным вольнодумством и особым, по западному образцу, бытом внимание легко поддающихся иностранной новинке русаков, многие из которых сами стали иностранцами по духу в собственной православной стране. Начался, с одной стороны, отрыв от народа ведущего класса страны, с другой — духовное дробление народа: на недавно духовно едином организме русских вырастают, как злокачественные наросты, извне привитые секты протестантского, иудейского и языческого характера, такие как штундо-баптизм, методизм или пашковщина, «Десное братство» или «Сионская весть», т. е. иеговистов, «Духовные христиане», молокане и субботники, адвентисты, «Истинные христиане», духоборы, хлысты и скопцы.

Еще писатель наш В. А. Жуковский подметил, что секты, подобно одной цепи, связаны между собой, а посему, логично развиваясь, органически порождают одна другую. Это вполне справедливо обосновано в отношении сект, возникших на Западе из протестантства. Органической болезнью протестантизма, отравленного крайним индивидуализмом, т. е. отсебятиной, и рационализмом, т. е. необузданной свободой в толковании Священного Писания, является неостанавливающееся разделение, ибо в нем «сколько голов — столько и умов, сколько умов — столько и озарений». Возникшие на почве протестантизма, основные принципы которого являются теоретическим обоснование и оправданием их возникновения, секты на Западе были туземного происхождения, и их основателями были обычно жители той же страны. Эти секты не только не отличались резко от протестантского исповедания, из которого они вышли, но и в какой-то степени были ему родственны. Этим объясняется отсутствие борьбы между ними. А если и возникала борьба, иногда даже острая, между новой сектой и господствующим протестантским исповеданием, эта борьба всегда была кратковременной и обычно заканчивалась мирным сосуществованием секты с господствующим исповеданием.

Совершенно иную картину мы наблюдаем в России, исключая лишь старообрядческий раскол и из него вышедшие разветвления. В России секты были насаждены извне. Это не органические образования, — Православие не давало основания для возникновения этих сект, — это чуждые Православию — искусственно русскому организму привитые бациллы. Иностранное происхождение в России протестантских и иудейских сект явственно и наукой доказано. С Запада в Россию заносимые секты, не имея никаких точек соприкосновения с Православием, были проникнуты крайней степенью враждебности и ненависти к Православию, к Православной Церкви и ее духовенству. И основные принципы протестантских учений сектанты в России формулировали в гораздо более резкой и враждебной Православию форме, чем на своей родине, на Западе, а так как Православие и русская государственность были между собой тесно связаны, сектанты свою ненависть к Православию переносили и на государство, не скрывая своей к нему враждебности, что выражалось как в обычных сектантских формах (отказ от присяги, от военной службы и прочее), так и в переходе в иудейство (субботники, киевские адвентисты); называли «Россию тюрьмой, а себя — узниками в этой тюрьме». «Иегова разделит сию страну Израильскую на 12 частей полосами, начиная от Средиземного моря до реки Иордана и Мертвого моря. И возобладает их Иерусалимская республика всеми царствами и народами на земле… От Сиона даже до китайского города Кантона будет железная дорога с роскошными станциями и прекраснейшими садами… Нет там варварских наук, школ рекрутских, буйства, штук… Нет полиций, ни судей, всюду святость у людей» — «чины и красные штаны — то дурь и прелесть сатаны» — так звучала в России социально-политическая «проповедь» секты «Десного братства», т. е. иеговистов (Н. Ивановский).

Появление в России каждой новой секты и их деятельность, руководимая из-за границы, представляли собой тяжелое заболевание, подрывавшее основы не только религиозно-церковной и государственной, но и общественной, экономической и культурной жизни русского народа. Это понимал, среди других русских Государей, и первый царь России — Иоанн IV. Он хорошо был знаком с сущностью реформации. «Вы хвалитесь, — говорил царь Иоанн пастору богемских братьев, — вашей евангелической верой… приписываете оправдание одной вере, но Господь будет судить по делам каждого. Если одна вера доставляет спасение, для чего же суд? Для чего в Новом Завете так часто одобряется важность добрых дел?» В беседе с другим пастором о Лютере сказал Иоанн IV: «Можно было бы терпеть учение Лютера, если бы он, с неуместным жаром нападая на папу, не нарушил древнего церковного порядка и своего знания Священного Писания не очернил низким отступничеством, свержением монашеской одежды и женитьбой на беглой монашенке», а когда лифляндский пастор сравнил Лютера с Апостолом Павлом, царь Иоанн ударил его хлыстом по голове и сказал: «Ступай к черту со своим Лютером».

Несмотря на понимание вреда, который причиняют внедряющиеся в народный организм западное вольнодумство и сектантство, российское правительство проявляло непростительное благодушие и терпимость в отношении рассадников этого яда. Нередко проявлялись и непоследовательность в мероприятиях против насаждения в России сектантства. Так, когда в конце XIX века прибыл в Россию для насаждения адвентизма вице-президент этой секты в Европе Конради в сопровождении господина Перка, они были арестованы за «распространение ереси иудействующих», а затем по ходатайству американского посла они не только были освобождены, им была предоставлена полная свобода, и Перк при содействии немцев и евреев разъезжал по России с пропагандой учения адвентистов. В 1901 году в России было уже 1288 членов этой секты с 13-ю проповедниками, а в 1911 году адвентисты седьмого дня насчитывали в России уже 58 проповедников, из коих русских было 13, нерусских по национальности, но российских подданных — 37 и иностранных подданных — 8 проповедников. С 1905 года на их собраниях оглашалась молитва «о просвещении русского народа светом адвентизма». Наряду с насаждением вольнодумства и из него вытекающих нигилизма, атеизма и революционного духа, насаждение сектантства было удобным и сильным средством для ослабления духовного и государственного организма России, и внутренние и внешние враги Христианства, Православия и России, пользуясь благодушием правительства и наивной доверчивостью народа, широко это средство использовали в своем походе против России Православной.