За кілька днів до смерті первосвятитель склав духовний заповіт, оголошуючи Києво-Братську колегію першою спадкоємицею свого майна. Їй він заповів 81 тисячу злотих, усе своє нерухоме майно, коштовності та бібліотеку. На той час Петро Могила мав одну з найбільших бібліотек. У ній були твори Сенеки, Горація, Цезаря, Цицерона, Макіавеллі, трактати Авіценни тощо. Поряд з богословською літературою сусідували польські хроніки, руські літописи, документальні збірники, хронографи. До його бібліотеки також ввійшли книги, які свого часу заповів Могилі Іова Борецький.