Общая площадь водохранилищ на территории Московской области около 30 000 га.

Из них крупнейшие — Истринское (3360 га), Можайское (3300 га), Озернинское (2306 га), Рузское (3270 га), Учинское (2100 га), Клязьминское (1584 га).

Общая площадь средних и мелких озер на территории Подмосковья — более 5000 га. Из них крупнейшие — оз. Сенеж, Шатурские озера, озера Бисерово, Глубокое, Тростенское, Медвежьи озера.

Речная сеть Московской области начала подвергаться зарегулированию около 50 лет назад. За этот период построено много каналов, образованы каскады водохранилищ. В то же время наблюдалось исчезновение (пересыхание, засыпка) многих мелких ручьев и речушек. Общая длина речной сети на территории области сократилась. Зарегулирование стока в верховьях при оков Оки и Волги изменило гидрологический режим нижних участков.

В водоемах Московской области основным фактором, негативно влияющим на воспроизводство рыб и снижающим их численность, является комплексное загрязнение неочищенными сточными водами промышленных, коммунальных предприятий, а также животноводческих комплексов. Водоемы Московской области загрязняются также в результате смыва удобрений с полей. Вследствие усиливающегося загрязнения многие, особенно мелкие, реки Средней России, в том числе Московской области, потеряли рыбохозяйственное значение. На Клязьме, Москве-реке, на отдельных участках Оки, во многих других реках наблюдались заморные явления, сопровождавшиеся гибелью рыбы; отмечены заморы на озерах Московской области, в частности на Медвежьих озерах, на Сенеже.

Характеристика основных водоемов Московской области приводится ниже.

Озера. Слабопроточное оз. Сенеж имеет площадь около 800 га, среднюю глубину около 2, максимальную — 6 м. Озеро сильно зарастает, особенно в заливах двух рек, в него впадающих, Сестры и Мазихи. В условиях сильного зарастания в некоторые годы наблюдались заморы. В озере периодически проводятся работы по очистке от зарастаний. Укрепление дамбы, находящейся на севере озера (в ее восточной части находится водослив), помогло несколько поднять уровень озера. Первоначально ихтиофауна озера была представлена окунем, плотвой, ершом, золотым карасем, линем, верховной, щукой. В 50-60-х годах в озеро выпускались взрослые особи и молодь щуки, зеркального карпа, сазана, серебряного карася, судака, леща и угря. К востоку от Москвы расположена так называемая Подмосковная Мещера. Это озерный край. Из всех озер, расположенных здесь, наиболее крупные — Шатурские озера, расположенные на водоразделе рек Ушмы и Поли. Их общая площадь около, 1500 га: Святое — 1200 га, Муромское — 280 га. Черноспасское — 24 га, Черное — 22 га, Белое — 16 га. Наиболее глубокие — Белое и Черное озера. Озера окружены болотами и соединяются искусственными каналами. Из северной части наиболее крупного — Святого озера — вытекает р. Ушма. Озера сильно заболочены и зарастают. В Муромское и Черное озера вливаются подогретые теплые воды Шатурской ГРЭС. Эти озера не замерзают. В них обитают два вида карася, язь, щука, окунь, судак, в 60-х годах в оз. Муромское была выпущена молодь растительноядных рыб.

Тростенское озеро площадью 720 га — третье по величине в Московской области. Озеро вытянуто с юго-востока на северо-запад, мелководно, глубина не превышает 3 м. Имеет сильно заболоченные берега. Из-за гниения растительности в озере наблюдаются частые заморы. В оз. Тростенском преобладают щука, окунь, плотва, лещ, карась. Впадает пять мелких речек, вытекает одна — р. Озерпа.

Медвежьи озера — Большое (36 га) и Малое (7 га) — связаны протокой. В Малом максимальная глубина 14, в Большом — 6 м. Эти озера сильно заросли осокой, тростником, камышом. В озерах много карася, окуня, меньше — щуки. В них выпущен угорь, но его поимки редки.

Косинские озера (Белое, Черное, Святое). Белое озеро — овальной формы, площадью около 28 га, глубина до 10 м, есть яма глубиной до 17 м. Святое озеро — площадь 21 га, глубина до 8 м. Черное — самое маленькое — 3 га, глубина до 3–4 м. Ихтиофауна этих озер насчитывает 10–12 видов, много окуня, плотвы, ерша. Были выпущены личинки щуки, стекловидный угорь, разновозрастной карась, карп, форель и судак.

Озеро Бисерово — 100 га, глубина до 6 м, форма округлая. В озере обитают плотва, окунь, щука, ерш, раньше было много пескаря, вселялся карп.

Озеро Глубокое — площадь 59,3 га, наибольшая длина 1,2 км, ширина 0,85 га, максимальная глубина 32 м, средняя — 9,3 м. На севере вытекает река — Малая Истра. В настоящее время в озере обитают 12 видов: щука, окунь, ерш, лещ, плотва, линь, уклейка, золотой карась, верховка, вьюн, налим, ротан.

Москворецкая водная система состоит из трех гидрографических элементов (рек, озер, водохранилищ). Четыре основных водоема системы: Можайское, Рузское, Озернинское, Истринское водохранилища.

Бассейн Можайского водохранилища дренируется верховьями р. Москвы с притоками Иночь, Лусянка и Колочь. Главные притоки Рузского водохранилища — Руза и Волошин; главные притоки Истринского водохранилища — Истра, Катыш и Нудоль. Наименьший водосбор у Озернинского водохранилища — у него в истоке основной реки Озерны расположено довольно крупное Тростенское озеро. Общий водосбор москворецких водохранилищ — это верховья бассейна р. Москвы.

Суммарная полезная емкость этих водохранилищ достигает 749 млн. м³, что составляет 83 % среднего годового объема стока с их общего водосбора.

Протяженность сильно изрезанной береговой линии в Озернинском водохранилище равна 65 км, в Можайском и Рузском она вдвое, а в Истринском — втрое длиннее.

Средняя продолжительность ледостава на Москворецких водохранилищах колеблется от 153 суток (Озернинское) и 151 суток (Истринское) до 166 суток (Можайское водохранилище).

Водные организмы в Москворецких водохранилищах достаточно хорошо обеспечены растворенным в воде кислородом. Локальные заморы изредка возможны только в зоне выклинивания подпора и примыкающих к ним речных участках, и только в зимнее время, как, например, зимой 1975/76 г. в верховьях Можайского водохранилища.

Можайское водохранилище — один из новых водоемов Подмосковья. Оно образовано в 1960 г. в результате подпора Москвы-реки плотиной в 3 км от г. Можайска, у пос. Марфин брод. Площадь зеркала водохранилища 3070 га. Длина водохранилища 28 км, ширина 1–3 км. Чаша водохранилища — это затопленная пойма Москвы реки с очень малым уклоном. Через водохранилище проходит русло реки. Максимальная глубина у плотины 23 м. В течение года уровень Можайского водохранилища срабатывается на 5 м. Грунты водохранилища суглинистые, супесчаные. Продолжительность ледостава 120–155 дней. Средняя толщина льда 0,7 м, максимальная — до 1 м. В конце июля в мелководных заливах на поверхности температура достигает 27–28 °C. Охлаждение воды начинается со второй половины августа, в начале октября все слои воды водохранилища имеют одинаковую температуру. В придонных слоях воды температура не поднимается в течение всего лета выше 6-10 °C. При образовании Можайского водохранилища произошли значительные изменения в ихтиофауне и в соотношении отдельных видов. Почти полностью исчезли елец и подуст; пескарь, голавль, голец, подкаменщик встречаются лишь в устьях мелких ручьев. В 60-е годы в водохранилище завезено несколько десятков тысяч разновозрастных особей леща. Выпускались также карп, судак, стерлядь, угорь. В последние 10–20 лет в Можайском водохранилище увеличилась численность леща, густеры, ерша и окуня.

Истринское водохранилище создано в целях водоснабжения столицы в 1935 г. на р. Истре, притоке Москвы-реки, в 70 км от устья. Площадь водного зеркала 3360 га, средняя ширина 1,5 км, средняя глубина около 5 м, максимальная у плотины — 23 м. Начиная с 1940 г. в Истринское водохранилище вселялись разновозрастные особи многих видов рыб: леща, судака, угря, стерляди, сибирского осетра, ряпушки.