Верховная власть снова перешла в руки Шуйских. На место митрополита вместо Иоасафа возведён был новгородский архиепископ Макарий, один из знаменитейших духовных лиц русской истории. Сам Макарий свидетельствует в своём духовном завещании, что он отказывался от предлагаемой чести, но не смог прислушаться и был понуждён не только всем собором святителей, но и самим благочестивым царём Иоанном Васильевичем.

Князь Иван Шуйский, захвативший верховную власть, по болезни скоро удалился от двора, передав правление своим родственникам, Ивану и Андрею Михайловичу Шуйским, и Фёдору Ивановичу Скопину-Шуйскому[32]. Но недолго пришлось править и этим Шуйским. Между ними первенствовал князь Андрей, так же нагло и свирепо, как и Иван Шуйский, творивший всё, что ему вздумается и ни во что не ставивший подраставшего великого князя. После свержения и смерти Ивана Бельского у Шуйских не было соперников. Но у них мог явиться соперник опасный не знатностью рода или личными заслугами, а доверенностью и расположением государя. И Шуйские ревниво следили за тем, чтобы кто-нибудь не стал им поперёк дороги. Иоанну исполнилось между тем уже 13 лет, и он, со своим живым впечатлительным умом, наглядевшись на всякие смуты, созрел не по летам. Шуйские с опасением заметили его привязанность к Фёдору Семёновичу Воронцову. 9 сентября 1543 года трое Шуйских и советники их — князь Шкурлятев, князья Пронские, Кубенские, Палецкий и Алексей Басманов — в присутствии великого князя и митрополита, в столовой избе у государя, на совете, схватили Воронцова, стали бить по щекам, оборвали платье и хотели убить его до смерти. Иоанн послал митрополита и бояр Морозовых уговорить их, чтобы они не убивали Воронцова. Они не убили его, но с великим позором вытолкали на площадь, били, толкали и отдали под стражу. Государь опять прислал митрополита и бояр к Шуйским просить их, чтобы Воронцова отправили на службу в Коломну, если нельзя оставить его в Москве. Правители не уважили просьбы своего государя и приговорили услать Воронцова подальше — в Кострому. Всё это сопровождалось большими спорами и шумом. «И когда — говорит летописец — митрополит ходил от государя к Шуйским, Фома Головин у него на мантию наступил и разодрал её».

Поступок Шуйских с Воронцовым был последним безнаказанным боярским самовольством: 29 декабря 1543 года Иоанн велел схватить первосоветника боярского, князя Андрея Шуйского, и отдать его псарям. Псари убили его, волоча к тюрьмам. Советники и пособники его, по приказу великого князя, были схвачены и разосланы из Москвы. Молодой сокол расправлял свои крылья. Бояре были ошеломлены. «С тех пор — говорит летопись — начали бояре иметь к государю страх и послушание». У Иоанна были, конечно, советники, направлявшие его волю и внушавшие ему уверенность в себе и решимость действовать самостоятельно. То были его дядья с материной стороны: Юрий и Михаил Васильевичи Глинские. Погубив Шуйского, они захватили теперь правление в свои руки. Опалы следовали за опалами. Много бояр поплатились за своё властолюбие, за неумение угодить Глинским: одних выслали в ссылку, иных казнили, а Афанасию Бутурлину отрезали язык за «невежливые» слова.

В мае 1546 года, когда Иоанну было уже 16 лет, случилось следующее происшествие. Великий князь отправился с войском в Коломну по вестям, что крымский хан идёт к этим местам. Однажды Иоанн, выехав погулять за город, был остановлен новгородскими пищальниками (их было человек с 50), которые стали о чём-то бить ему челом. Он не расположен был их слушать и велел отослать. Не известно, как посланные великим князем исполнили его приказание. Известно только то, что пищальники начали бросать в них колпаками и грязью. Тогда Иоанн отправил отряд дворян своих прогнать пищальников. Но последние стали сопротивляться и дворянам. Дворяне вздумали употребить силу. Пищальники начали биться ослопами и стрелять из пищалей. С обеих сторон осталось на месте человек по пяти или по шести. Государь не мог этим местом проехать к своему стану и принуждён был избрать окольную дорогу. Иоанн встревожился, им овладело подозрение, и он велел дьяку своему, Василию Захарову, проведать, по чьей науке пищальники осмелились так поступить, потому что без науки, без постороннего внушения этого, по его мнению, случиться не могло. Захаров донёс, что пищальников подучали бояре — князь Кубенский и двое Воронцовых. Великий князь поверил Захарову и в великой ярости велел казнить Кубенского и Воронцовых. Курбский так характеризует Кувенского: «Муж зело разумный и тихий в совершенных уже летах». Летописцы говорят, что дьяк оклеветал бояр.

В правление Шуйских правосудие в московском государстве находилось в жалком состоянии. Если пограничные области были опустошаемы казанцами, то внутренние области, по свидетельству современника (Курбского), не менее страдали в это время от наместников. Летописец говорит о псковских наместниках, Андрее Шуйском и Репнине-Оболенском: «Были эти наместники свирепы, как львы, а люди их, как звери дикие, до христиан, и начали поклепцы добрых людей клепать, и разбежались добрые люди по иным городам, а игумены честные из монастырей убежали в Новгород. Князь Шуйский был злодей... поднимал он старые дела, правил на людях по сту рублей и больше, а во Пскове мастеровые люди, все делали на него даром, большие же люди давали ему подарки». Андрей Шуйский разорял требованием большого числа подвод для своих людей, ездивших к нему из его деревень и обратно. Каждый его слуга, под защитою имени своего господина, позволял себе всякого рода насилия.

В правление Бельского и митрополита Иоасафа начали давать губные грамоты всем городам большим, пригородам и волостям. По этим грамотам жители получали право самосуда, то есть право избирать своих судей и наказывать преступников («лихих людей») независимо от наместников и других государственных чиновников. «И была христианам радость и льгота большая от лихих людей, от поклепцов, от наместников, от их недельщиков и ездоков, которые по волостям ездят... Злые люди разбежались, стала тишина». Суд и расправа по этим грамотам производились над лихими людьми на месте избранными головами, и затем обо всём этом только давалось знать в Москву тем боярам, которым разбойные дела приказаны.

Неурядица, последовавшая за смертью великой княгини Елены, заставила бежать из Москвы архитектора Петра Фрязина, который выехал из Рима при великом князе Василии, принял православие, женился в Москве и получил поместья. В 1539 году он был отправлен укреплять новый город Себеж, воспользовался этим случаем и пробрался за границу, в Ливонию. На вопрос дерптского епископа, что заставило его бежать из Москвы, Пётр отвечал: «Великого князя и великой княгини не стало, государь нынешний мал остался, а бояре живут по своей воле, и от них великое насилие, управы в земле никому нет, между боярами самими вражда, и уехал я от великого мятежа и без государства».

Что же делалось во всё это время во внешних сношениях московского государства? Рассмотрим прежде всего дела крымско-казанские.

Надеясь на защиту со стороны Крыма, казанцы начали опустошать пограничные московские области. В 1539 году они подходили к Мурому и Костроме. В упорном бою, происходившем недалеко от Костромы, они убили четверых московских воевод, но сами принуждены были бежать и потерпели поражение от царя Шиг-Алея и князя Фёдора Михайловича Мстиславского. В декабре 1540 года Сафа-Гирей с казанцами, крымцами и ногаями подступил к Мурому, но, узнав о движении владимирских воевод и царя Шиг-Алея из Касимова, ушёл назад. Сафа-Гирей был обязан казанским престолом князю Булату. Но в Казани существовала партия, противная крымской. Сначала эта партия была слаба и не могла рассчитывать на деятельную поддержку со стороны Москвы. Но через несколько лет обстоятельства переменились: Сафа-Гирей окружил себя крымцами, доверяя им одним и обогащая их. Это оттолкнуло от него и тех вельмож, которые прежде были на стороне крымской. Князь Булат стал теперь во главе недовольных и от имени всей казанской земли послал в Москву (в 1541 году) с просьбою, чтобы великий князь простил их и прислал под Казань своих воевод. «А мы, — говорил Булат, — великому князю послужим, царя убьём или схватим да выдадим воеводам. От царя теперь казанским людям очень тяжко: земских людей грабит, копит казну да в Крым посылает». Великий князь отвечал Булату и всей земле, что прощает их и высылает к ним воевод. Действительно, боярин князь Иван Васильевич Шуйский, с другими воеводами и многими людьми из 17 городов, отправился во Владимир наблюдать за ходом казанских дел и пересылаться с недовольными. Так как война с Казанью была вместе с тем и войною с Крымом, то правительство московское (Бельский с митрополитом Иосафом) отправило войско и в Коломну для наблюдения за южными границами. В Москву прибежали из Крыма двое пленных и сказали, что Сафа-Гирей узнал о движении русского войска и дал знать об этом Саип-Гирею. Последний двинулся на Русь со своею ордою, оставив в Крыму только старого да малого. Вместе с ним пошли турки, ногаи, кафинцы, астраханцы, азовцы, белогородцы (аккерманцы). В Москву было дано знать, что крымцы идут на Русь ордою в 100 000 человек, и даже более. Тогда из Москвы двинулся боярин князь Димитрий Фёдорович Бельский: ему и воеводам, стоявшим на Коломне, велено стать на берегу Оки. Князь Юрий Михайлович Булгаков-Голицын с одним из татарских царевичей должен был стать на Пахре. Но в то же время следовало опасаться и нападения царя Казанского, и потому царю Шиг-Алею из Касимова и костромским воеводам велено было стягиваться ко Владимиру на помощь князю Шуйскому. 28 июля Саип-Гирей подошёл к городу Осётру. Воевода Глебов бился с неприятелем в посадах, много татар побил и 9 человек живых прислал в Москву. Тогда князь Булгаков с Пахры был передвинут также на Оку, а на его место отправились другие воеводы. Между тем в Москве великий князь ходил в Успенский собор, молился у Владимирского образа Пресвятой Богородицы, у гроба Петра чудотворца, и потом спрашивал у митрополита Иоасафа и у бояр: оставаться ли ему в Москве или ехать в другие города? Все бояре порешили на том, чтобы великому князю быть в городе. Тогда стали запасать городские запасы, ставить по местам пушки и пищали, расписывать людей по воротам, по стрельницам и по стенам. Пришли вести, что хан уже на берегу Оки и хочет перевозиться. Великий князь писал к воеводам, чтобы между ними не было розни и чтобы они за святые церкви и за православное христианство крепко пострадали; а он, великий князь, рад жаловать не только их, но и детей их. Прочтя грамоту, воеводы стали говорить со слезами: «Укрепимся, братья, любовью, помянем жалование великого князя Василия; государю нашему, великому князю Ивану, ещё не пришло время самому вооружиться, ещё мал. Послужим государю малому, и от большого честь примем, а после нас и дети наши. Постраждем за государя и за веру христианскую. Если Бог желание наше исполнит, то мы не только здесь, но и в дальних странах славу получим. Смертные мы люди: кому случится за веру и за государя до смерти пострадать, то у Бога незабвенно будет и детям нашим от государя воздаяние будет». Когда же приказ великокняжеский объявлен был всему войску, то ратные люди отвечали: «Рады государю служить и за христианство головы положить, хотим с татарами смертную чашу пить». 30 июля утром Саип-Гирей пришёл к Оке на берег и стал на горе. Татары готовились переправляться. Передовой русский полк под начальством князя Ивана Турунтая-Пронского начал с ними перестрелку. Хан велел палить из пушек и стрелять из пищалей, чтобы отбить русских от берега и дать своим возможность переправиться. Передовой полк Пронского дрогнул было; но к нему на помощь подоспели князья Микулинский и Серебряный-Оболенский, а за ними начали показываться князь Курбский, Иван Михайлович Шуйский и, наконец, князь Димитрий Бельский. Хан удивился и начал говорить Семёну Бельскому, вашему изменнику, и князьям своим с сердцем: «Вы мне говорили, что великого князя люди в Казань пошли, что мне и встречи не будет, — а я столько нарядных людей в одном месте никогда и не видывал». Услышав, что к русским пришли пушки, Саип-Гирей отступил от берега и пошёл по той же дороге, по которой пришёл. Двое воевод отправились вслед за ним, били отсталых татар и забирали в плен. 3 августа татары пришли под Пронск и целый день бились с осаждёнными. Хан велел всем своим людям делать туры и припасать градобитные приступы, намереваясь осадить город со всех сторон. А воеводы Пронские, Василий Жулебин и Александр Кобяков, всеми людьми и женским полом начали укреплять город, велели носить на стены колья, камни и воду. В это время приехали в Пронск семь человек боярских детей с вестью от воевод Микулинского и Серебряного, «чтоб сидели в городе крепко, а мы идём к городу наспех со многими людьми». Жители Пронска очень обрадовались; и хан, узнав, в чём дело, велел сжечь туры и пошёл прочь от города. Не застав его у Пронска, воеводы пошли за ним дальше к Дону; но, приблизившись к берегам этой реки, увидали, что татары уже перевезлись. Тогда они возвратились в Москву, и была здесь большая радость. Государь пожаловал бояр и воевод великим жалованьем, шубами и кубками.