С завоеванием Астрахани царь московский, недавно сделавшийся царём казанским, принял ещё титул «царя астраханского».

С утверждением Московского государства в устьях Волги пред ним открылось множество мелких владений в Прикавказье. Князья этих владений ссорились между собою и терпели от крымцев. Теперь, увидав у себя в соседстве могущественное государство, они бросились к нему, кто с просьбами о союзе и свободной торговле в Астрахани, а кто и с предложением подданства.

В ноябре 1552 года, после взятия Казани, в Москву приехали двое черкесских князей с просьбою к государю — вступиться за них и взять их в холопы. В августе 1555 года прибыли в Москву другие черкесские князья — Сибок с братом Ацымгуком и Тутарык, с просьбою от всей земли черкесской, чтобы государь защитил их от царей турецкого и крымского. Князь Сибок просил окрестить сына его, а Тутарык просил окрестить его самого. Летом 1557 года приезжали в Москву ещё другие черкесские князья. Двое из князей черкесских, кабардинских, Темрюк и Тизрют, прислали бить челом о помощи против шамхала Тарковского. С другой стороны, из владений шамхала и князя тюменского (с берегов Терека), пришли послы с челобитьем, чтобы государь приказал астраханским воеводам беречь их со всех сторон. Наконец ханы хивинский и бухарский присылали с великим челобитьем, чтобы государь дозволил их купцам вести торговлю в Астрахани.

В Крыму смотрели, разумеется, весьма неблагосклонно на усиление Москвы на счёт татарских царств и всеми средствами старались мешать ему. Летом 1555 года, подняв Дербыш-Алея в Астрахани против русских, Девлет-Гирей крымский вздумал попытаться напасть врасплох на московские украйны. По обычаю — в одну сторону лук натянуть, а в другую стрелять — хан распустил слух, что идёт на черкесов. Иоанн решился предпринять наступательное движение на Крым и отправил боярина Ивана Васильевича Шереметева с 13 000 войска к Переколи — отвлечь хана от черкес. Шереметев двинулся, но на дороге узнал, что хан вместо черкес идёт с 60 000 войска к нашим украйнам. Получив об этом известие, царь отправил тотчас же в поход воевод и на третий день выступит вслед за ними и сам с князем Владимиром Андреевичем в Коломну. Когда хан узнал, что царь идёт к нему навстречу, то поворотил назад. Между тем Шереметев шёл за ханом, с которым встретился на Судбищах (в 150 вёрстах от Тулы). Хотя хан и одержал победу над Шереметевым, который был тяжело ранен, однако войско его утомилось, потеряло много убитыми и ранеными, и он с большою поспешностью ушёл в Крым, так что догнать его не было возможности.

В марте 1556 года в Москву дали знать, что хан опять собирается на московскую украйну. Царь послал дьяка Ржевского с казаками из Путивля на Днепр, а между тем стал готовиться дать отпор хану. Получив весть, что царь готов его встретить, хан поспешил возвратиться. А Ржевский подошёл под Ислам-Кермень, одним своим появлением разогнав жителей; потом поплыл дальше к Очакову, побил турок и татар и поплыл назад. Переправившись от преследовавших его крымцев на западную (литовскую) сторону Днепра, Ржевский прислал сказать государю, что хан уже больше не пойдёт к московским украйнам — и потому, что боится царского войска, и потому, что в Крыму моровое поветрие.

Поход Ржевского произвёл сильное движение в литовской украйне, между малороссийскими казаками. В сентябре 1556 года в Москву явился один из казацких атаманов с челобитьем от начальника малороссийских казаков, князя Дмитрия Вишневецкого, истого казака по природе, чтобы государь принял его к себе на службу. Царь с радостью согласился на его предложение, и Вишневецкий дал клятву приехать в Москву, но прежде обещал идти воевать с крымцами, чтобы показать свою службу царю. Следствием похода Вишневецкого было то, что хан отпустил всех пленников, взятых им на бою с Шереметевым, и прислал к царю с просьбою о мире.

В конце 1558 года, зимою, крымскому хану дали знать какие-то татары из Москвы, что здесь нет никого, что царь со всеми своими силами отправился в Ливонию к Риге, Де влёт-Гирей решился даже на зимний поход, лишь бы воспользоваться благоприятным случаем и напасть врасплох на Московские украйны. Собрав до 100 000 войска, хан отпустил его тремя отрядами на Рязань, Тулу и Каширу. Но царевич Магмет-Гирей, предводительствовавший главным отрядом, на дороге узнал, что сам Иоанн в Москве; спросив затем, где князь Вишневецкий и боярин Иван Шереметев (два человека, более других страшные крымцам), и узнав, что первый в Белёве, а другой в Рязани, поворотил назад, переморив людей и лошадей.

В начале 1559 года Иоанн отправил князя Вишневецкого с 5000 войсками на Дон и окольничего Данилу Адашева с 8000 на Псёл, чтобы оттуда выплыть на Днепр и воевать крымцев. Вишневецкий близ Азова разбил 250 крымцев, пробиравшихся в Казанскую область. Действия Адашева были гораздо успешнее. Выплыв на лодках на устье Днепра, он взял два турецких корабля, высадился в Крыму, Опустошил улусы и освободил московских и литовских пленников. На татар, застигнутых врасплох, напал ужас. Хан прислал с мирными предложениями, и царь, погрозив ему, решил на время прекратить войну с Крымом, несмотря на советы близких людей покончить и с Крымом точно так же, как он покончил с Казанью и Астраханью. Иоанн отказался последовать этому совету. Наступательная война с крымским ханом, магометанским владельцем и подручником султановым, влекла к войне с Турциею, которая была тогда на самой высокой степени могущества, пред которою трепетала Европа. Иоанн видел невозможность борьбы при тогдашних средствах Московского государства. При том же ему предстояло другое важное дело: уже началась война Ливонская.

Как ни многочисленны были предметы, о которых рассуждал Стоглавый собор, но догматов православной веры он почти не касался. И вот едва прошло около двух лет после Стоглавого собора, как открылась потребность в новом соборе, который должен был рассуждать преимущественно об истинах христианской веры или, точнее, защищать их против проповедников ереси жидовствующих. Эта ересь является в двояком виде: одни из её последователей, люди простые и необразованные, отвергаясь веры христианской, предпочитали ей иудейскую, принимали жидовство и иногда даже обрезывались; а другие, люди образованные, книжные, не принимали самого жидовства, но только усвоили себе воззрения жидовствующих на христианскую веру и потому отвергали все собственно христианские догматы и установления и делались религиозными вольнодумцами. Даже после окончательного осуждения этой ереси в 1504 году следы её и сочувствие ей замечались ещё в землях заволжских, между иноками вологодскими и белозерскими, и её продолжали тайно держаться многие в Москве, особенно между вельможами. Лет через 20, под влиянием отчасти нового брожения умов, проникавшего к нам с запада, ересь эта обнаружилась вновь.

В великий пост 1553 года к священнику придворного Благовещенского собора в Москве Симеону пришёл боярский сын Матвей Семёнович Башкин и умолял принять его на исповедь, а на исповеди говорил: «Ваше дело великое. Волыни сея любве никто же имать, как написано, да кто душу свою положит за други своя; а вы полагаете за нас души свои и бдите о душах наших». После того Башкин приезжал к Симеону на подворье да читал беседы Евангельские и, между прочим, говорил: «Ради Бога пользуй меня духовно; надобно не только читать написанное в беседах тех, а и совершать на деле. А всё начало от вас: прежде вам, священникам, следует показать начало собою и нас научить; да тут же в Евангелии и написано: «Научитесь от Мене, яко кроток есмь и смирен сердцем». А кому нужно быть кротким и смиренным? То всё на вас лежит — прежде вам должно творить да и нас учить». Чрез какое-то время Башкин прислал за Симеоном своего человека, и, когда Симеон приехал к Башкину, тот начал говорить: «В Апостоле написано, что весь закон заключается в словах «возлюбише искренняго своего, яко сам себе»; а мы Христовых же рабов у себя держим. Христос называет всех братиею, а у нас на них кабалы нарядные, на иных — полные, а иные беглых держат. Я благодарю Бога моего, что было у меня кабал полных, всё изодрал и держу у себя людей добровольно: кому хорошо у меня, тот живёт; а кому нехорошо, идёт себе, куда хочет. А вам, отцам, надобно посещать нас почаще и наставлять, как самим нам жить и как людей у себя держать и не томить их». Все эти речи Башкина, очевидно, не заключали в себе ничего предосудительного. Но, вероятно, он говорил многое и совсем в другом роде, потому что Симеон, когда наступил Петров пост, сказал товарищу своему по собору, известному Сильвестру: «Пришёл ко мне сын духовный необычен и великими клятвами умолил меня принять его на исповедь в великий пост; многие предлагал мне вопросы недоумённые; требует от меня поучения, а в ином и сам меня учит, и я удивился тому и весьма усомнился». Сильвестр отвечал: «Каков-то сын тот будет у тебя, а слава про него носится недобрая». Значит, про Башкина уже знали и толковали в обществе с невыгодной стороны, и Сильвестр слышал о нём от других ещё прежде. Царя не было тогда в Москве: он ездил для богомолья в Кириллов монастырь. Башкин снова пригласил к себе Симеона и показал ему Апостол, который был извощён (закапан воском) во многих местах, предлагал вопросы, а сам толковал «не по существу и развратно. Когда Симеон молвил: «Я сам того не знаю, о чём ты спрашиваешь». — Башкин отвечал: «Ты, пожалуй, спрашивай у Сильвестра — он тебе скажет, и ты пользуй мою душу. Я знаю, что тебе самому некогда ведать того за суетою мирскою: ни днём, ни ночью покою не знаешь». Симеон передал обо всем этом Сильвестру. Скоро возвратился в Москву царь, и Сильвестр вместе с Симеоном рассказали ему всё про Башкина; а протопоп Андрей и Алексей Адашев засвидетельствовали, что и они тоже про Башкина слышали. Государь велел Симеону представить книгу Апостол, извощенную Башкиным. Башкин извощил её всю, и Симеон принёс её к церкви, где и видел книгу царь и все слышали в ней и речь, и мудрование Башкина. Но дело пришлось отложить, потому что царь, получив известие о предполагаемом набеге крымцев на Россию, поспешил в Коломну. Впрочем, отъезжая, царь велел схватить Башкина, посадить его у себя в подклет и поручил его двум иосифовским старцам, Герасиму Ленкову да Филофею Полеву. Башкин не сознавался в ереси и исповедовал себя христианином, но скоро был постигнут гневом Божиим и начал, как свидетельствуют современники, бесноваться и, извесив свой язык, долгое время кричал разными голосами и говорил «непотребная и нестройная». Потом он пришёл в разум и слышал будто бы голос: «Ныне ты исповедуешь меня Богородицею, а врагов моих, своих единомышленников, таишь». Устрашённый этим голосом, Башкин начал каяться пред своим отцом духовным. Известили митрополита, и по его приказанию Башкин «своею рукою исписа и своё еретичество, и свои единомысленники о всём подлинно». Он указал как на своих советников — на Григория и Ивана Борисовых и на других и сознался, что принял своё злое учение от аптекаря Матфея, родом Литвина, да от Андрея Хотеева — латынников, и что заволжские старцы не только «не хулили его злобы», но ещё «утверждали его в том». Сущность еретичества Башкина и его единомысленников, по его показанию, состояла в том, что они: а) хулили Господа Иисуса Христа, исповедуя Его неравным Богу Отцу; б) св. тело Его и кровь в таинстве евхаристии считали простым хлебом и вином; в) Церковью называли только собрание верных, а церкви или храмы вещественные признавали за ничто; г) отвергали вообще св. иконы и называли их идолами; д) отвергали таинство покаяния и говорили: «Как перестанет человек грешить, хотя бы и не покаялся пред священником, ему нет более греха»; е) предания и жития св. отцов называли баснословием; ж) вселенские соборы укоряли в гордости, говоря: «Всё писали они для себя, чтоб им владеть всем — и царским, и святительским». Возвратившись в Москву и узнав, в чём состояла ересь Башкина, государь «содрогнулся душою» и велел схватить единомышленников его и созвать на них собор. Оказалось, что этих единомысленников было весьма много, особенно между заволжскими старцами-пустынниками. Тогда митрополит русский, «за повелением царёвым, повелел оных ругателей везде имати, хотягце истязати их о расколех их, ими ж Церковь возмущали, и где елико аще обретено их, везде имако и провожено до места главного московского, паче же от пустынь Завольских: бо и там прозябоша оная ругания». В Москве единомышленников Башкина размещали по монастырям и подворьям и несколько раз допрашивали на очных ставках с ним ещё до открытия собора.