Давным-давно в далекой Галактике…

Близится кульминационный момент Войны Клонов, но за кем победа — за Великой Армией Республики или за Сепаратистами — неизвестно. Не важно, кто победит, ставки высоки и для элитных спецклонов Республиканских коммандос Омега и Дельта, и для известных ренегатов Усовершенствованных Рекон Команндос (Advance Recon Commando), также известных как Нуль ARC (Null ARC).

Республиканские силы истощены до предела, и последнее, что этим осажденным воинам придется услышать, то, что Канцлер Палпатин держит в резерве обширную армию секретных солдат клонов. Сержант Скирата, наставник клонов коммандос, не намерен бездействовать, в то время пока Палпатин будет посылать их в сражение, как ягнят на убой. Скирата начинает планировать спасение клонов от Великой Армии Республики, но его героические усилия будут напрасны, если он не сможет остановить ускоренный процесс старения клонов. Чтобы осуществить задуманное, ему необходима помощь сепаратистского ученого Оволота Кэйла Утана (Ovolot Qail Uthan), находящегося в Республиканской тюрьме-крепости. Обманутые предательством своих лидеров, они должны сражаться за свои жизни, и, тем не менее, разочарованные Нуль ARC и Коммандос, должны вырывать победу у Сепаратистов и спасти галактику.

Но даже самое мощное и смертельное оружие не сможет нанести поражение реальной угрозе. И ничто не остановит апокалипсический ужас, когда Палпатин произносит пугающие слова: "Boт время и пришло. Выполнить Приказ 66". Со своей верой в Республику и лояльностью своим союзникам Джедаям, они должны пройти последнее и самое жестокое испытание — выполнить самый бесславный приказ в галактической истории — Приказ 66.