Карл приступил к подчинению Западной и Южной Германии. Он действовал быстро и решительно. Ульрих Вюртембергский, некогда столь стремительный и деятельный, устарел и, опасаясь новых несчастий, смирился пред императором, заплатив ему огромную сумму и обещая служить ему. Города, на которые наиболее надеялись протестанты, сдавались один за другим, несмотря на то, что у них было множество запасов и огромные средства для обороны. Аугсбург, который был тогда одним из первых городов Германии, обладавший огромными военными запасами и артиллерией, когда Буртенбах предложил защищать его, отвергнул его предложение и согласился на тяжкие условия сдачи императору. Одним словом, Западная и Южная Германия находились под властью Карла. Архиепископ Кельнский, обнаруживший склонность к протестантизму, должен был сложить с себя сан свой и уступить место другому, более надежному защитнику католической церкви. Зато Северная Германия представляла Карлу мало надежд на успех: здесь протестантское ученье крепко пустило свои корни, города готовились к упорной обороне; Иоанн Фридрих был с восторгом принят своими подданными, выгнал Морица и овладел собственными городами последнего, кроме Дрездена и Лейпцига. Гуситы проснулись: в Праге собрались чины и явно выразили намеренье снять венец с Австрийского дома; то же движение оказалось в Лузации, Моравии и Силезии, куда проникло прежде гуситское учение.

Но Карл не терял времени, как это делали протестанты. Весною 1547 года он явился на Эльбе. Курфирст Иоанн Фридрих, человек лично бесстрашный, но плохой полководец, не ждал такого быстрого движения; он стоял у Мюльберга (Muhlberg) с 6000 войска, тогда как у Карла было 27000; войсками последнего начальствовал один из знаменитейших тогда полководцев, герцог Альба. Он под неприятельским огнем перевел войска через Эльбу. Саксонцы разбежались почти без битвы; курфирст оказал личное сопротивление, но был ранен, сбит с коня и взят в плен (24 апреля 1547 г.). Эта неудача ослабила, но не сокрушила сопротивление протестантов. Император произнес над курфирстом смертный приговор — поступок первый в таком роде, невозможный прежде без определения и согласия курфирстов. Иоанн Фридрих услышал об этом приговоре с чрезвычайным равнодушием. По всей вероятности, император не имел прямого намерения его исполнить и хотел только напугать курфирста. Он требовал от последнего приказания сдаться тем из его городов, которые еще держались: курфирст согласился; во–вторых, он потребовал, чтоб Иоанн Фридрих отказался от курфиршества и передал его Морицу: курфирст согласился и на это требование; но когда император потребовал, чтоб он признал власть и решения Тридентского собора, курфирст отказался решительно. Судьба его была решена: он подвергся вечному заточению. Земли его переданы Морицу, но сыновья его, впрочем, получили часть отцовского наследия в Веймарском герцогстве и Тюрингии. Мориц Саксонский, Иоахим Бранденбургский явились ко двору императора с покорностью.

Оставался только один ландграф Филипп Гессенский. За него ходатаем был зять его Мориц. Он заключил с императором такое условие: было положено, что Филипп явится ко двору Карла и изъявит полную покорность и готовность исполнять требования Карла; с своей стороны, Карл обещался не наказывать его ни смертью, ни конфискацией, ни заточеньем. Филипп прибыл в Галле, где находился император; он явился с многочисленной свитой, спокойный, веселый, уверенный в безопасности. Он вошел в залу с улыбкою на устах (18 июня). На коленях он просил императора о прощении; но улыбка не раз появлялась на его лице, и стоявшие близко слышали слова Карла: «Я отучу тебя смеяться». В тот же вечер ландграф за обедом у герцога Альбы был арестован. Карл не мог устоять против искушения наказать двух главных противников Филиппа и курфирста Саксонского. На возражения Иоахима Морица он отвечал, что не обещался наказывать ландграфа вечным заточением, но что император имеет право сократить или увеличить срок заточения: Филипп был отправлен в Нидерланды, где его содержали очень строго.

Теперь Морицу Саксонскому пришлось пожинать плоды своей измены: тесть его находился в плену, протестантская партия находилась в изнеможении. Только некоторые города, и в том числе особенно Магдебург, подавали героический пример. Магдебург принял до 400 протестантских священников, бежавших из своих паств, в обещал помощь каждому, кто пострадает за новое ученье. Карл обращался с Германией, как с испанской провинцией; он ввел в нее огромное количество испанских и итальянских войск, собирал огромные суммы с немецких городов. Никогда не был он могущественнее.

Но это могущество было так велико, что возбудило опасение папы. Мы имеем положительные известия, что папа был огорчен такою решительною победою над протестантами, ибо ему теперь угрожал не менее опасный перевес императора. Действительно, папа отозвал свои войска и перестал давать деньги Карлу. Собор Тридентский, собранный для решения тогдашних вопросов, не мог внушить доверия протестантам: он состоял из лиц принадлежащих к орденам, известным своею ненавистью к протестантству, В первых же решениях собора обнаружились его отношения к последнему: перевод вульгаты был признан каноническим текстом; все те учения католицизма, на которые протестанты наиболее нападали, признаны в прежней силе и даже еще в большей; предание поставлено наряду со Священным писанием. Карл был недоволен этими решениями: он требовал, чтобы по крайней мере они хранились в тайне, ибо их гласность отнимала последнюю надежду на примирение с протестантством. Папа перевел собор в Болонью: император запретил своим духовным представителям переезжать туда; таким образом, собор разделился. Глазам Европы представилось зрелище: императора, торжествующего над протестантами, и папы, недовольного этим торжеством.

Но у Карла теперь с большею силою возобновились надежды, которые имел он прежде; он хотел создать умеренную среднюю партию и стать с нею выше папы и реформаторов. С этою целью он созвал в Аугсбурге (в сентябре 1547 г.) с обеих сторон богословов, известных своею умеренностью. Со стороны католиков явился здесь главным Юлий Пфлуг, Наумбургский епископ, человек с большим запасом знаний и самый умеренный между католиками; со стороны протестантов бранденбургский богослов Агрикола. Они–то составили постановления Аугсбургского интерима, которые долженствовали иметь окончательную силу до постановлений собора. Эти постановления состояли в следующем: власть папы значительно ограничена; духовные получили позволение вступать в брак; причастие для мирян установлено под обоими видами; зато удержали свою власть епископы и все обряды службы католической. Относительно важнейших догматов, имевших решиться на соборе, в интерим вставлены неясные места, допускавшие возможность различных толкований: ясно, что этим постановлениям сообщена была сила неполная и нерешительная.

Ясно было, что император стал главою этой новой церкви. Папа отрекся от решений этого сейма; Баварские и другие строго католические герцоги также отвергли его положения. В протестантах он возбудил также негодование: в большей части Северной Германии они не были приняты; Магдебург отказался признать его; Мориц Саксонский колебался, будучи связан словом, данным чинам, не принимать никаких нововведений. Он созвал в Лейпциге знаменитых богословов: главою был Меланхтон (1548 г.). Мы видели предшествовавшую деятельность Меланхтона: это был человек высокой учености; недаром получивший название наставника Германии. Но он был слабого и уступчивого характера, и когда не стало крепкого и неукротимого Лютера, Меланхтон явился неспособным занимать его место по этой слабости и уступчивости. Есть замечательное письмо, оставшееся после него, в котором видны даже следы раскаяния его в прежних поступках. Лейпцигским интеримом он навлек негодования протестантов; он отверг некоторые статьи Аугсбургского интерима, но признал много статей, весьма к нему близких. Меланхтон признал здесь власть папы, «буде она направляться будет ко благу церкви, а не ко вреду ее». Положения этого сейма изданы под названием Лейпцигского интерима; он был принят большею частью протестантов, хотя не возбудил также доверия. Карл думал положить конец сопротивлению Германии взятием самого упорного города Магдебурга. Он выбрал исполнителем своей воли Морица. Недоставало только этого, чтоб окончательно погубить Морица в общем мнении и отнять у него возможность играть роль, сообразную с его талантами и средствами. Характер его подвергся различной оценке со стороны ученых. Одни в нем видели глубокого, дальновидного политика, который сознательно поступал так, видя с самого начала невозможность сопротивляться Карлу и выжидая благоприятных обстоятельств; другие видели в нем честолюбца, даровитого и бессовестного. Но характер его всего лучше объясняется тогдашним временем, теми политическими понятиями, которые тогда господствовали. Он был, бесспорно, не только талантливый, но гениальный человек, лишенный, впрочем, понятия о политической чести. Он сначала, конечно, не имел другой цели, как овладеть землями Иоанна Фридриха, и для достижения этой цели перешел на сторону императора. Приписывать ему уже тогда намерение оставить впоследствии императора нельзя. Но когда обстоятельства приняли другой оборот, тогда в нем проснулись другие надежды. В 1548 г. он был уже противником императора втайне, но мог еще обмануть его. Карл во всем доверял ему. «Где немцу обмануть испанца или итальянца», — говорил он. Оказалось, что немец действительно обманул их.