В 1800 г. восстание вспыхнуло снова, и Варма Раджа опять возглавил его. На этот раз английскими войсками командовал один из способных английских военачальников, Артур Уэлсли, будущий герцог Веллингтон. В 1802 г. все вожди восставших были пойманы и повешены. Англичане, считая сопротивление окончательно подавленным, провели резкое повышение земельного налога и ввели невыгодный для земледельцев метод пересчета натурального налога на денежный. Крестьяне ответили на это новым восстанием. Главными участниками его на этот раз были земледельцы одного района Курга. Они штурмом взяли крупный английский форт Панамарам, истребив его гарнизон. Затем захватили горные проходы и, нападая на английские коммуникации, зажгли пожар восстания по всей округе, вплоть до самого побережья. Английским властям пришлось пойти на уступки: земельный налог был восстановлен в прежних размерах и удовлетворены еще некоторые требования крестьян. Только в 1805 г. колонизаторам удалось подавить восстание. В решающем бою полегла основная часть повстанцев.
Наконец в 1812 г., в связи с окончательным переводом всего натурального земельного налога в денежный, произошло еще одно восстание в тех же районах. Но переброшенные с Малабарского побережья войска быстро подавили движение.
Аналогичным было положение в Траванкуре. Там борьбу против английских притеснителей в 1808 т. возглавил далаваи (главный министр) Велу Тхампи, создавший повстанческую армию в 30 тыс. человек с 18 пушками. К траванкурцам примкнули жители Кочина. Однако английские власти располагали крупными военными силами. В двух решающих битвах восставшие были разбиты, и Велу Тхампи, увидев гибель своего дела, покончил жизнь самоубийством. Английское командование подавило это восстание с такой жестокостью, что даже вызвало осуждение руководителей Ост-Индской компании.
В Индии оставались непокоренными лишь государство сикхов в далеком Пенджабе и маратхские княжества. После завоевания Майсура (чему в некоторой мере помогли сами маратхи) англичане смогли бросить все свои войска против маратхских княжеств. Растеряв своих потенциальных союзников, маратхи не могли устоять против грозного противника. Таким образом, гибель Типу была по существу предвестником их собственной гибели.
К началу XIX в. усилились раздоры между маратхскими князьями. Они плели друг против друга сеть мелких интриг, давая возможность англичанам разъединять их и покорять поодиночке. В 1801 г. территориальные споры князей Гвалиура и Индура — Даулат Рао Синдхии (1794–1827 гг.) и Яшвант Рао Холкара (1797–1811 гг.) — привели к войне между ними, сопровождавшейся вторжениями на территорию врага, убийствами жителей и грабежами. Армии обоих противников были к тому времени перестроены: вместо конницы основной боевой силой стала регулярная пехота под руководством европейских офицеров. Однако те же сипаи с европейскими офицерами во главе, но подчиненные не европейски образованному верховному командованию, а князю и феодальным военачальникам, оказались не в силах противостоять английской сипайской армии. К тому же англичане разжигали вражду между маратхскими князьями.
В 1802 г. в битве под Пуной армия Холкара наголову разбила соединенные войска Синдхии и пешвы Баджи Рао II (1796–1818 гг.). Баджи Рао II бежал к англичанам в Бассейн и в декабре 1802 г. подписал договор о субсидиарном союзе, по которому согласился постоянно содержать в Махараштре не менее 6 тыс. человек английских войск, выделяя на их содержание ежегодно 2,6 млн. рупий. Кроме того, он обязался поставить свои внешние сношения под строгий контроль английских властей.
Таким образом, Махараштра по существу потеряла свою независимость и переходила под протекторат англичан. Форсированным маршем их войска вошли в Пуну и восстановили власть пешвы. Ссылаясь на сюзеренитет Пуны над маратхскими княжествами, генерал-губернатор Уэлсли объявил договор с пешвой обязательным для всех маратхских князей. Хотя Синдхия и Холкар отказались признать Бассейнский договор и перед лицом общей опасности прекратили междоусобную войну, они по-прежнему относились друг к другу с недоверием и не могли согласовать свои действия. Это им помешало в начавшейся второй англо-маратхской войне.
Генерал А. Уэлсли решил сначала не трогать Холкара и бросил свои войска только против Синдхии. Сразу же был взят Ахмаднагар, крепость которого считалась неприступной, а затем заняты переходы в Хандеше между владениями низама и Синдхии. Неподалеку от границы Хайдарабада, в Асаи, генерал Уэлсли во главе 5 тыс. человек столкнулся с соединенной армией двух маратхских князей — Синдхии и Рагоджи Бхонсле, правителя Нагпура. Несмотря на то что маратхская армия в 7 раз превышала по численности английскую, Уэлсли напал на нее. В этом сражении войска Бхонсле отступили, поставив под удар Синдхию, и это предопределило победу англичан. Уэлсли стал преследовать Бхонсле, а Синдхия не захотел помочь своему недостойному союзнику. В решающей битве под Аргаоном армия Бхонсле была разбита, главная крепость Нагпура — Гавилгарх взята англичанами, и Бхонсле подписал в декабре 1803 г. в Деогаоне договор, по которому княжество Нагпур лишалось независимости, а Каттак, разъединявший территории Бенгальского и Мадрасского президентств, переходил к англичанам.
Тем временем Лейк во главе северной английской армии взял крепость Алигарх и, выиграв битву под Дели, вступил в этот город, а потом и в Агру. В этих сражениях войсками Синдхии командовали французские офицеры П. Перрон и Л. Буркэн. После боя они сдались англичанам (Перрон под Алигархом, а Буркэн под Дели). Командование армией Синдхии перешло к маратху Амбаджи Инглию. В решающем бою при Лас-вари (точнее, Насвари) маратхские войска сражались с огромным упорством, большая часть их полегла на поле битвы. Армия Синдхии, сражавшаяся на севере, была уничтожена. Все его земли севернее реки Чамбал были заняты англичанами. Амбаджи Инглия после этого изменил Синдхии и передал англичанам столицу и крепость Гвалиур. Синдхии пришлось 30 декабря 1803 г. заключить мирный договор в Сурджи-Анджангаоне, по которому он лишался своих владений, расположенных между реками Ганг и Джамна, а также Ахмаднагара и Бхаруча, отказывался от сюзеренитета над раджпутскими княжествами, в этой войне поддерживавшими англичан, и оплачивал содержание субсидиарного английского отряда, который, однако, должен был располагаться у границ владений Синдхии, но на британской территории. Старому, ослепленному рохиллами Великому Моголу Шах Аламу II англичане вернули трон в Дели. Никакой реальной властью он не обладал. Крепость и стольный город Гвалиур, имевший важное военное значение, должны были быть переданы радже небольшого раджпутского княжества Гохуд.
Когда силы Синдхии были сломлены, в январе 1804 г. англичане потребовали от Холкара вывода войск из Хиндустана и отказа от всяких претензий на взимание чаутха с этих земель. Холкар не согласился на эти требования и попытался заключить союз с Синдхией. Однако тот уже находился под контролем англичан.
В 1804 г. началась война против Холкара. Первоначально Холкару удалось разбить английское войско в узком горном проходе Мукунд-Дара и даже совместно с раджей Бхаратпура осадить Дели. Но взять укрепленный город он не смог и отступил. Тогда английская армия перешла в наступление, крепости Холкара пали одна за другой, раджа Бхаратпура заключил мир с англичанами, и Холкар бежал в Пенджаб.
Однако война с маратхами требовала больших средств, и акционеры Компании стали опасаться за свои дивиденды. Новый исполняющий обязанности генерал-губернатора Индии Дж. Барлоу (1805–1807 гг.) отдал Синдхии обратно Гвалиур, а Холкару — его владения к югу от реки Чамбал, надеясь, что они будут ослаблены враждой со своими вассалами — теми раджпутскими князьями, которые в прошлой войне помогали англичанам. Действительно, во владениях маратхов происходила междоусобная борьба. Синдхия и Холкар имели большие армии, но в казне их территориально урезанных княжеств не было достаточно средств для содержания этих войск. Поэтому воины-наемники жили почти исключительно за счет грабежа населения. Они совершали набеги на деревни и даже города, пытали, убивали людей, уничтожали все, что не могли взять с собой.