В 1590 г. Акбар послал своего воспитанника Абд-ур Рахима, сына Байрам-хана, завоевать Тхатту (Синд). Бывший правитель Тхатты стал одним из придворных Акбара. В 1592 г. была захвачена и присоединена к бенгальской области Орисса, а в 1595 г. завоеван Белуджистан и отнят у Персии Кандагар. Одновременно могольские армии стали вторгаться в Декан. С 1583 г. они начали осаждать Ахмаднагар, столицу одноименного княжества, наиболее слабого из деканских султанатов, пока правитель Ахмаднагара в 1599 г. не признал себя вассалом Моголов. Большая часть его территории, включая Доулатабад, была включена в Могольокую империю. После этого могольские войска под командованием самого Акбара два года осаждали Асиргарх, сильнейшую крепость отделившегося раньше от Ахмаднагара независимого княжества Хандеш. В январе 1601 г. крепость сдалась. В этих войнах проявилась слабость могольской армии — результат упадка боевого духа военачальников. Они, привыкнув к роскоши, везли за собой огромный обоз личного имущества, стеснявший маневренность армии, и больше думали о пирах, чем о ратных подвигах.

В 1605 г. умер Акбар. На престол взошел Салим, его сын, под именем Джахангира. В последние годы жизни Акбара Салим поднял бунт против отца и обосновался в Аллахабаде. Столицей Салима осталась Агра.

Воцарение Джахангира в начале XVII в. бы то отмечено некоторым отходом от политики веротерпимости, провозглашенной Акбаром. Это вызвало недовольство большинства джагирдаров-индусов и части мусульман. Вскоре старший сын Джахангира — Хусру бежал в Пенджаб и поднял там восстание. Его поддержал деньгами пятый гуру сикхов Арджан. Но войска Хусру были разбиты, сторонники его казнены, а сам он ослеплен. Джахангир наложит на Арджана крупный штраф, а когда тот отказался платить, казнил и его. С этого времени сикхи стали активно выступать против власти Моголов.

Джахангир стремился подчинить те части Индии, которыми не смог овладеть его отец. Раджпутам Мевара в 1614 г. пришлось сдаться армиям Моголов, и престолонаследник раджи Мевара был доставлен ко двору Джахангира. Последний его обласкал и богато одарил, стремясь таким образом привлечь на свою сторону и других независимых правителей.

Вторжение могольских войск в Ассам закончилось крупным поражением и гибелью могольской армии. Уничтожен был и речной флот Моголов. Зато осада пенджабской крепости Кангра (от которой отступили в свое время войска Акбара), начатая в 1615 г., привела к тому, что через пять лет осажденные индусы сдались. Джахангир отпраздновал это событие как великую победу и велел заложить в крепости мечеть.

Последней победой Джахангира на севере Индии было покорение в 1622 г. Киштвара — небольшого княжества в Кашмире.

Джахангир не раз сталкивался с португальцами, нападавшими на могольские корабли. В результате могольский падишах стал поддерживать соперников португальцев — англичан и голландцев, которые как раз к этому времени появились в Индийском океане. Голландские и английские купцы в отличие от португальских стремились проникнуть в глубь Индии и основали свои фактории в Агре, Дакке, Патне и других центрах ремесленного производства. Английский король Яков I отправил даже к могольскому двору своего посла Томаса Ро с целью получения привилегий для английских купцов. Томас Ро пробыл при дворе Джахангира три года (1615–1018 гг.), оставив подробный дневник о своей жизни в Индии.

Хотя Бенгалия была завоевана еще при Акбаре, власть Моголов над этой окраиной империи те была достаточно прочной. Бенгальские заминдары и джагирдары стремились явочным порядком превратить свои владения в независимые княжества. Процесс покорения бенгальских заминдаров длился с 1608 по 1612 г. Вождей бенгальских заминдаров Муса-хана и Усман-хана до сих пор почитают в Индии как борцов за независимость Бенгалии.

В Бенгалии с ее развитой торговлей и ремеслом, с труднодоступными горными округами раньше, чем в остальных частях империи, стали развиваться отношения субвассалитета. Могольский наместник и крупные военачальники распоряжались завоеванной ими территорией как собственным владением, раздавали джагиры, назначали сборщиков налогов и других представителей власти на местах, отдавали земли ха-лиса на откуп. В Бенгалии получило развитие совмещение нескольких должностей в одном лице. Наместники Бенгалии фактически действовали независимо. Когда Джахангир за беззакония отстранил бенгальского наместника от должности, тот укрепился в крепости близ Дакки, и только войско смогло выбить его оттуда.

Войны Моголов тяжело сказывались на крестьянском хозяйстве. Настоящим бичом для бенгальских крестьян были также откупщики. Их действия вызывали возмущения крестьян. В Кампуре вспыхнуло восстание крестьян под руководством Санатана против сборщиков налога и откупщиков. Захватив укрепленный форт Рангамати, крестьяне стали контролировать значительную территорию. Могольским войскам все же удалось выбить их из Рангамати; тогда восставшие укрепились в крепости Дхандхама, но и она после продолжительной осады была взята правительственными войсками.

В начале XVII в. юсуфзаи отошли от движения рошанитов, но другие афганские племена, особенно бангаши, продолжали его поддерживать. Стремление к освобождению от могольского владычества сочеталось у рошанитов с крестьянской мечтой о равенстве, антифеодальной по своему существу. Во главе рошанитов стал Ахдад, внук Баязида Ансари. В 1611 г. ему удалось взять Кабул (правда, через несколько дней он был изгнан из города). В районы, занятые рошанитами, неоднократно направлялись могольские карательные экспедиции с приказам убивать любого встреченного члена секты. С помощью предательства Моголам удалось наконец овладеть лагерем рошанитов. Оставшиеся в живых повстанцы бежали в горы. После многолетнего преследования был убит Ахдад (1626 г.). Однако на его место встали другие вожди, и только к концу 30-х годов XVII в. движение рошанитов было обезглавлено и пошло на убыль.

Сикхи исподволь готовились к вооруженной борьбе с Моголами. Гуру Хар Гобинд (1606–1638 или 1645 гг.) предписал всем сикхам вооружиться и быть готовыми к сражениям. Вокруг него собрались многотысячные отряды, располагавшие даже собственной артиллерией. В 1612 г. Хар Гобинд был вызван ко двору Джахангира. Желая сохранить свои отряды, он поступил на могольскую службу, тренируя втайне своих воинов. Но он вел себя слишком независимо, за что попал в заточение на 12 лет.

С 1628 по 1634 г. могольские наместники Пенджаба неоднократно посылали карательные экспедиции против сикхов, которых так и не удалось подавить в первой половине XVII в.

Могольские правители в XVII в. еще не теряли надежды подчинить свое всю Южную Индию. Основным плацдармом могольских войск являлся Гуджарат. Противостояли Моголам Ахмаднагар, Биджапур и Голконда. Эти три государства вечно спорили друг с другом из-за смежных территорий, изредка заключая союз для совместного сопротивления могольским армиям.

Моголы напали первоначально на самое слабое из деканских государств — Ахмаднагар. Однако за несколько предшествовавших нападению лет это государство в результате реформы Малика Амбара, раба-эфиопа, до некоторой степени окрепло. Малик Амбар в 1614 г. снизил поземельный налог до ¹/₃ урожая, сделав его посильным для крестьян, и стал широко привлекать в свою армию маратхов, которые были хорошими воинами.

В XVII в. маратхи выходят на первый план индийской истории. В маратхской общине происходило обострение противоречий, шел процесс превращения общинной верхушки в мелких феодалов. Через земли маратхов проходили караванные пути из Могольской империи к Малабарскому побережью. Товарно-денежные отношения рано проникли в маратхскую общину. Земля по существу свободно продавалась и покупалась, хотя формально продавались только права общинника, в том числе и на его участок.