Военные действия начались в конце мая, когда Хосокава атаковал дом Иссики, одного из военачальников Ямана, который стоял напротив Дворца Цветов, на противоположной стороне улицы Муромати. Сражение продолжалось несколько дней, сам ход его уже мог дать некоторое представление о будущих разрушениях. За схватками последовали грабежи и поджоги, и вскоре весь квартал, где стоял дом Иссики, был обращен в пепел. Подобные вылазки и атаки продолжались в течение следующего месяца, самурайская доблесть расцветала среди руин прекрасного города. Один воин написал Хосокава проникновенное послание после одного особо тяжелого дня битвы. «Мы устали, – писал он. – Не могли бы вы прислать мне бочонок сакэ? Я разделю его с Масанага, а затем мы вместе совершим харакири».

Неизвестный самурай, несмотря на отчаяние, еще продолжал думать о товарищах и завершил послание просьбой доставить дополнительный запас стрел, поскольку в то утро среди их оруженосцев, подносивших стрелы, «были потери».

К началу июля значительная часть северного Киото была обращена в руины и пепел. Поперек улиц воздвигались баррикады, и по мере того как исчезали дома, линии обороны усиливались рвами – особенно поперек Итидзё (первой главной улицы), где обе стороны выкопали рвы друг против друга. Передовые линии обеих армий стали выравниваться. Укрепления Ямана сосредоточились к западу от Муромати, приблизительно ограничиваясь улицами Ицусудзи и Омия. Их основной лагерь находился между Ицусудзи и Имадэгава, в районе, который по сей день носит имя Нисидзин (западный лагерь). Хосокава пришлось довольствоваться меньшей территорией к востоку от Муромати и к северу от Имадэгава, где находился Дворец Цветов Асикага и большой дзэн-буддийский монастырь Сёкокудзи. Там же была расположена одна из резиденций Хосокава. Другая же, на Итидзё, давно была захвачена Ямана.

Единственным успехом Хосокава за этот месяц было то, что он убедил сёгуна провозгласить Ямана мятежником, несмотря на то, что первый удар в этой войне нанес сам Хосокава. Указ сёгуна, впрочем, не давал Хосокава полномочий для обуздания соперника. Ямана тем временем получил подкрепления. В сентябре подошел Оути Масахиро, и мятежный Красный Монах, воодушевленный приходом свежего войска, перешел в наступление. На западе коммуникации Хосокава уже были перерезаны, а 29 сентября Ямана начал блокировать его с юга, взяв штурмом императорский дворец и обратив его в пепел. Императора там не оказалось, поскольку Хосокава предвидел подобные действия со стороны Ямана и переселил его во Дворец Цветов.

В конце октября Ямана атаковал монастырь Сёкокудзи, предварительно подкупив одного из монахов, чтобы тот его поджег. Знаменитый дзэн – буддийский монастырь стоял недалеко от резиденции Ёсимаса, и пламя пожара встревожило придворных дам. Сёгун, однако, был невозмутим и, находясь в обычном своем приподнятом настроении, продолжал пировать. Бой продолжался среди тлеющих руин и прекратился только с наступлением ночи. Бойня произошла страшная, узкие боковые улицы были забиты трупами. Оути Масахиро заполнил отрубленными головами восемь телег. Их было еще больше, и усталые самураи просто сбросили их в ближайшую канаву. Неудивительно, что в конце 1467 г. один из чиновников сёгуната мог написать следующее: Цветущая столица, которая, как мы думали, будет стоять вечно, к нашему удивлению, превратилась в логово лисиц и волков. Мятежи и катастрофы бывали и в прошлом, но в первый год Онин законы богов и императоров были нарушены, а все религиозные секты находятся на краю гибели.

В течение первых месяцев 1468 г. не было сколь-либо крупных стычек, однако, как это ни странно, войне Онин суждено было продлиться еще девять лет. Обгоревшие руины, оставшиеся на месте Сёкокудзи, были отбиты, и люди Хосокава совершили вылазку, нарушив коммуникации Ямана. С апреля военные действия перешли в состояние окопной войны: противники взирали друг на друга из за баррикад и с укрепленных позиций. Нейтральная территория представляла собой полосу обгорелых досок постепенно зараставших травой, разрезанную надвое траншеей метров семи в ширину и около трех метров глубиной. Ямана надеялись уморить Хосокава голодом и, казалось, были близки к этому, так как контролировали семь из восьми ведущих в город дорог. Но это не производило на врага должного впечатления.

Шли месяцы, время от времени то одна, то другая сторона совершали вылазки, Хосокава обстреливали позиции противника из катапульт. За линией обороны знатные самураи развлекались сочинением стихов и постановкой китайских драм. Все основные сражения 1468 г. происходили на окраинах города, а на главном фронте все было относительно спокойно. Монастырь Тэнрюдзи в пригороде Киото пал жертвой одной из окраинных стычек.

Месяцы превратились в годы, и затянувшаяся война надоела даже огнедышащему Красному Монаху. Хосокава тоже был весьма склонен начать мирные переговоры, однако между ними встало ими же порожденное и взлелеянное чудовище. Война Онин начала жить своей причудливой и страшной жизнью, и никакие их усилия не могли ее остановить. Военные действия перекинулись в провинции, их союзники и вассалы были настолько охвачены эйфорией войны, что перемирие стало невозможным. Было набрано такое множество асигару, что ни одна из армий точно не знала, какое идет сражение и где. Отчаявшись, Хосокава намеревался уйти в монахи, а Ямана подумывал о харакири. Избавление от всех забот наступило, однако, раньше, чем можно было ожидать, ибо Красный Монах умер 16 мая 1473 г., а в следующем году, 6 июня, за ним последовал Хосокава. Оути Масахиро стал главнокомандующим западного войска, которое наконец стало чувствовать клеймо «мятежников». В конце концов, в ночь на 17 декабря 1477 г. небо над Киото озарилось пламенем, когда западная армия подожгла свои позиции и растворилась в ночи, поставив столицу Японии «в один ряд с Ниневией и Тиром».