Несмотря на широкую программу испытаний (было дано до 400 тысяч выстрелов), комиссия не могла провести сравнительной оценки качеств винтовок Мосина и Нагана. Как указывалось в журнале заседания, «В обсуждение ружья системы капитана Мосина комиссия не входила, так как образец, находившийся на испытании, был представлен еще не в окончательно выработанном виде. Свои заключения о системе капитана Мосина комиссия может дать только по испытании тридцати новых ружей, представленных капитаном Мосиным, в которых устранены недостатки, замеченные в предыдущих опытах».
С 13 по 18 марта начались дополнительные опыты с винтовками Мосина и Нагана. Из каждой винтовки выпускалось по 2500 выстрелов, причём главное внимание обращалось на неисправности и задержки в обеих системах. После окончания испытаний собралась прежняя комиссия для решения вопроса о том, какой винтовке отдать предпочтение. За винтовку Нагана высказалось 14 голосов, в том числе председатель комиссии по выработке малокалиберного ружья генерал Чагин и генерал Редигер, фактический руководитель испытаний. За винтовку Мосина было подано 10 голосов.
Как указывает академик А.А. Благонравов, «на результатах голосования сказалось чисто внешнее впечатление от испытаний, между тем обнаруженные неисправности в работе винтовки Мосина объяснялись не сущностью её конструкции, а спешкой и низким качеством её изготовления». По своей конструкции винтовка Мосина, безусловно, превосходила винтовку Нагана.
В сравнении с винтовкой Мосина винтовка Нагана имела неудачный тип затвора (с двумя винтами), спусковой механизм и флажковый предохранитель были сложны, защёлка крышки помещена неудобно, патроно-подающий механизм состоял из отдельных легко теряемых деталей, к тому же и само производство винтовки Нагана требовало большой затраты труда.
При дальнейшем обсуждении вопроса Чагин и Редигер заявили, что своё мнение о преимуществе винтовки Нагана они основывали только на результатах испытаний и наблюдений, технической же стороны вопроса они не касались. При большей дешевизне и удобстве выделки винтовки Мосина ему может быть отдано предпочтение, если будут произведены ранее указанные изменения. При этой оговорке обе системы получали равное число голосов, но голос председателя генерала Нотбека решил вопрос в пользу Мосина.
Самое голосование весьма характерно для общего положения дел — слепая вера в «авторитет» иностранца явно довлела над мнениями многих участников. Но всё же была подчеркнута одна весьма важная черта — большая конструктивность винтовки Мосина. В данном случае ярко проявились многолетний производственный опыт конструктора, его глубокое знание заводских условий, умение сочетать теорию и практику.
Обсуждение вопроса о винтовках на этом не закончилось. По приказанию военного министра 20 марта было собрано экстренное заседание оружейного отдела артиллерийского комитета для сравнительного рассмотрения винтовок Мосина и Нагана. Председатель Нотбек заявил, что комиссии от войсковых частей «не было поручено решение вопроса об окончательном выборе той или иной системы для вооружения наших войск». По мнению Нотбека, собравшимся следовало «высказать свое мнение с технической стороны, а также и по другим вопросам, могущим быть возбуждёнными в самом оружейном отделе». После обсуждения недостатков винтовок и обмена мнениями отдел пришёл к следующему заключению: «Оба пачечные ружья образца иностранца Нагана и капитана Мосина действовали на опытах всё время вообще удовлетворительно, и в этом отношении трудно было бы отдать положительное предпочтение одной системе перед другой». Оружейный отдел проявил здесь явное низкопоклонство перед зарубежной технической мыслью, принижая русскую техническую мысль, и фактически устранился от окончательного решения вопроса, предоставляя его самому военному министру.
Далее в заключении оружейного отдела говорилось: «Как выяснилось из рассмотрения самих образцов и разъяснений лиц, знакомых с заводским производством оружия, пачечные ружья иностранца Нагана, сравнительно с таковыми же Мосина, представляют собою механизм более сложный для выделки», что может замедлить их производство и повысит цену каждой винтовки Нагана. Таким образом, игнорировать действительные достоинства винтовки Мосина не мог даже оружейный отдел, осторожно выжидавший властного голоса начальства.
Среди присутствующих оказался лишь один человек, который смело возвысил свой голос в защиту достоинств отечественной техники и русского конструктора. Это был известный специалист в области оружейного дела — заслуженный ординарный профессор артиллерийской академии генерал-лейтенант В.Л. Чебышев, который представил особое мнение. Он рассматривал вопрос по существу, исходя из общей оценки конструкции винтовки. «Если подсчитать, — указывал Чебышев, — сколько получится всех задержек в действиях магазинов, то окажется, что их было при стрельбе из системы капитана Мосина (217) втрое менее, чем при системе Нагана (557). Принимая во внимание, что это преимущество оказалось несмотря на то, что представленные капитаном Мосиным на опыты ружья и обоймы приготовлены были при условиях крайне неблагоприятных и вследствие того очень неточно, ружья же пачки Нагана, напротив того, оказались изготовленными изумительно (подчеркнуто Чебышевым) точно, я не могу согласиться с заключением, что обе испытанные системы одинаково хороши, и, по моему мнению, — писал в заключение Чебышев, — ввиду изложенных обстоятельств система капитана Мосина имеет громадные преимущества перед системой Нагана».
Чебышев отдал должное таланту и труду Мосина, который сумел при явно неблагоприятных условиях создать надёжную винтовку столь оригинальной и совершенной системы. Чебышев смело заявил о превосходстве работы русского конструктора над его иностранным конкурентом.
Вместе с особым мнением Чебышева журнал оружейного отдела поступил на «благоусмотрение» военного министра. Надо сказать, что оружейный отдел сделал всё, чтобы его мнение не слишком стесняло начальственный выбор. Однако достоинства мосинской винтовки не мог отрицать даже Ванновский.
30 марта 1891 года, учитывая мнения комиссии и оружейного отдела о большей простоте и экономичности мосинской винтовки, Ванновский писал: «Согласен и я, но решение сего важного вопроса зависит от благоусмотрения государя императора». Далее министр особо отметил: «В изготовляемом новом образце имеются части, предложенные полковником Роговцевым, комиссией, генерал-лейтенантом Чагиным, капитаном Мосиным и оружейником Наганом, так что целесообразнее дать вырабатываемому образцу наименование: русская трехлинейная винтовка образца 1891 года».
Так Ванновский сделал всё, чтобы умалить авторство Мосина. Имя создателя винтовки, судьба которой решалась в ходе испытаний, оказалось на третьем месте.
Министру было необходимо в угоду Нагану во что бы то ни стало обезличить изобретение Мосина для того, чтобы получить законные основания для выплаты Нагану 200 тысяч рублей, на которые последний не имел права претендовать. Эта сумма подлежала выдаче Нагану лишь при условии принятия его системы, чего в действительности не было.
Конечно, Ванновский не мог не понимать, что такая награда даст возможность Нагану прямо утверждать, что его винтовка якобы принята русским правительством на вооружение армии, таким образом, явно принижалась роль русского изобретателя, русской технической мысли. Но это не беспокоило царского министра. Господствующая правящая клика, низкопоклонствуя перед заграницей, ставила личные интересы и собственное обогащение выше любви к родине и к своему народу, в закабалении и эксплуатации которого она услужливо помогала иностранным капиталистам.
До этого дня никто, даже те, кого Ванновский росчерком пера возвёл в соавторы Мосина, не помышляли о таком решении вопроса. Винтовка в течение почти двух лет во всей официальной переписке именовалась «винтовкой системы капитана Мосина» и только Ванновский, следуя подсказке Нагана, отнял у неё это наименование, заменив его обезличенным обозначением «русская трёхлинейная винтовка образца 1891 года».