Высшие слои проявляли гораздо большее недоверие и сопротивление проповеди миссионеров. К ним иезуиты вскоре стали находить особый подход и соответствующие средства. Так, например, итальянский иезуит Нобили, проповедовавший в Южной Индии, решил завоевать расположение высшей касты — браманов. Для этого он обрился, оделся по местному обычаю, выкрасил лоб желтой мазью из сандалового дерева (отличительный признак браманов), стал питаться овощами и водой. Через год браманы признали в нем «обладателя девяноста шести совершенств истинного мудреца» и приняли в свою касту. После этого Нобили отказался от всякого соприкосновения с париями, общался лишь с членами высших каст, проповедуя им христианство, сильно смахивавшее на индуизм. Нобили продолжал деятельность вплоть до смерти в 1656 году и «заразил» своим методом всех иезуитов Южной Индии, становившихся браманами, факирами и т. п., которые среди прочего приделывали к изображению идолов едва заметные крестики. Когда папа Бенедикт XIV запретил подобные приемы и обряды, обращения сразу же приостановились, а множество уже обращенных индусов вернулось к язычеству.
Другой иезуит, Риччи, проявил в Китае еще большую изобретательность и в конце XVI века завоевал для своего ордена высокую репутацию в главных городах этой империи. Он изучил диалект правящего класса мандаринов, ознакомился с китайской наукой и ловко вплетал в свои религиозные проповеди фрагменты из физики и математики. Когда эти трюки не удавались, Риччи применял более верное средство — выставлял себя почитателем Конфуция.
Вскоре стало выясняться, что средства, используемые иезуитами для обращения, имеют для китайцев первостепенное значение и становятся для них главной целью. Они ценят в миссионерах кого угодно (математиков, механиков, астрономов, географов, живописцев, врачей, дипломатов и т. п.), но только не богословов и проповедников.
Действительно, историческое развитие иезуитского миссионерства привело к тому, что его цели и средства поменялись местами: отцы ордена своими богатыми коллекциями, собранными в дальних странах, знакомством с языками и обычаями экзотических народов способствовали обогащению науки, распространению в Европе азиатских изобретений. Так, например, иезуиты выведали тайну изготовления китайского фарфора, привезли в Европу такие новые лекарства, как ревень и хинная кора (хинный порошок долгое время называли иезуитским). Отчаянный героизм и рвение первых миссионеров вскоре были забыты, и члены «дружины Иисуса», пристраиваясь обыкновенно к дипломатическим или военным экспедициям, все чаще занимались торговлей и другими прибыльными операциями. В Мексике орден владел лучшими сахаро-рафинадными заводами и доходными серебряными рудниками. В Парагвае иезуитам удалось создать целое государство из поселений по нескольку тысяч человек. Успехи иезуитов в Парагвае высоко ценил Вольтер, называя их одним из высших достижений человеческого рода.
Очень рано внимание иезуитов стала привлекать и Россия — эта варварская, по их мнению, страна, наполненная заблудшими овцами, которых следует обратить в «истинную веру». Однако подобные намерения постоянно натыкались на препятствия, и в письмах и тайных донесениях иезуитов часто встречались жалобы:
«И при таком изобилии духовной рыбы нельзя протянуть рук, чтобы взять ее...»
«О, если бы наши отцы с самого начала пришли в эту страну не под своим, а под чужим именем! Я уверен, что многое тогда было бы в лучшем положении...»
«Если так будет продолжаться дальше, то мы. скоро должны будем совсем закрыть нашу лавочку...»
А вот что писал из Москвы XVII века один иностранец после очередной высылки иезуитов из России: «Этот народ ненавидит ваших отцов, и я никому из них не советовал бы и пытаться проникнуть сюда... Трудно поверить, какое дурное мнение имеют здесь об этом обществе. Говорят, что иезуиты производят только смуты и беспорядки. Русские не желают иметь у себя таких Аргусов, которые притом еще вмешиваются во все дела».
Действительно, «лавочки» занимались не только ловлей «духовной рыбы», вследствие чего очень быстро закрывались. Так, папский легат Антонио Поссевино, професс иезуитского ордена и один из главных кандидатов в его генералы, в конце XVI века несколько раз посещал Россию с целью подготовки почвы для окатоличивания «московитов» и их политического подчинения папскому престолу. Однако Поссевино вел не только вероучительные дискуссии с несговорчивым Иваном Грозным, называвшим папу римского волком и смеявшимся над обычаем целовать папскую туфлю с вышитым на ней крестом, чем немало смутил и напугал многоопытного легата: в его записях встречаются подробные описания новгородских, псковских, смоленских крепостей и способов их защиты. Иезуиты нередко вмешивались в дела православной церкви и Русского государства и, несмотря на покровительство некоторых императоров и представителей высшего дворянства, с 1606 по 1820 год пять раз изгонялись из России. Когда Людовик XIII в 1629 году просил разрешить его соотечественникам на Руси иметь свое духовенство, ответ был резко отрицательный: «Ксенжанам, иезувитам и службе римской не быть, о том отказать накрепко».
На Западе деятельность иезуитов протекала успешнее, нежели на Востоке, и вскоре после образования ордена его членов можно было встретить в Англии, Германии, Франции, Италии, Испании, Голландии, Швеции и других европейских странах. (В 1640 году орден насчитывал 35 провинций, 521 коллегию и более 16 тысяч членов.) Однако во Франции дела их поначалу шли не очень гладко. Богословский факультет Сорбонны противился вторжению иезуитов в страну: «Это общество кажется опасным в делах религии, грозным для внутреннего мира церкви и для монашеских учреждений; вообще оно скорее создано для разрушения, чем для созидания». Но в 1561 году иезуиты были допущены во Францию на условиях, отменявших некоторую часть орденских привилегий (от них даже требовали отказаться от названия «общество Иисуса», являвшегося, по мнению Сорбонны, проявлением чрезмерной гордыни).
В 1594 году молодой парижанин Шастель пытался заколоть короля Генриха IV кинжалом. На пытке Шастель сознался, что учился у иезуитов и был вдохновлен на покушение ректором иезуитской коллегии Гиньяром. Гиньяра повесили, подвергли казни и Шастеля.