В главе «Загадка высшего «Я» учёный богослов развивает мысль о единстве Бога: «Следуя по пути, проложенному созерцанием, индийские брахманы приходят к тому же, к чему приходили все мистики, в какое бы время и в каком бы народе они ни жили. Яджнявалкья и Будда, Плотин и Ареопагит, Мейстер Экхарт и Григорий Палама, каббалисты и Николай Кузанский, Яков Беме, Рейсбрук и множество других ясновидцев Востока и Запада с единодушием, которое невольно приводит в трепет, возвещают о том, что они познали, дойдя до самых пределов бытия. Все они как один свидетельствуют, что там исчезает всё мыслимое и представимое, что там нет ничего и в то же время — неизречённая Полнота. Там невозможно найти ни одного из свойств мира, природы и духа; там нет ни добра, ни зла, ни света, ни тьмы, ни движения, ни покоя. Там царит нечто, превосходящее самую глубокую мысль человека, превосходящее само бытие. В священном мраке, скрывающем основу основ, они ощутили реальность Сущего, Абсолюта. Страшная, непереносимая тайна!..»

Встречи с представителями различых религиозных течений не пугали Александра Меня. «Он публично встречался с муллой, они вели добрую дискуссию, но каждый отстаивал свои религиозные убеждения. На тот момент это казалось чем-то неожиданным и воспринималось людьми по-разному. Сейчас мы видим, что необходимость в христианско-мусульманском диалоге в обществе назрела крайне остро», - вспоминал об отце Михаил Мень.

Архиепископ Михаил (Мудьюгин) отметил: «Все свои знания, энциклопедическую эрудицию, самые разнообразные интересы в науке, художественной литературе, искусстве, все свои таланты, ему от Бога дарованные, отец Александр поставил на службу проповеди. Проповедовал он неустанно. Проповедовал всегда принципиально, притом на языке, доступном для современников… Это был человек необыкновенной одухотворенности, который вёл подвижническую жизнь и закончил её мученически».

Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II высказался после гибели Александра Меня: «Отец Александр был талантливым проповедником Слова Божия, добрым пастырем Церкви, он обладал щедрою душою и преданным Господу сердцем. Убийцы сотворили свое черное дело в момент, когда он смог бы еще так много сделать для духовного просвещения и окормления чад Церкви. Не все его суждения разделялись православными богословами, но ни одно из них не противоречило сути Священного Писания. Где как раз и подчеркивается, что надлежит быть разномыслиям между вами, дабы выявились искуснейшие».

Все эти нелицеприятные сведения дошли до редакции газеты «Совершенно секретно», которая решилась провести собственное расследование.

В своей статье «Христопродавец» корреспондент газеты Андрей Колобаев процитировал фрагменты подлинных документов, переданных ему компетентными органами:

«По благословению владыки Никона я поменял... 2 млрд. 412 тысяч рублей (старыми), что составило 324 тысячи 318 долларов США... Дальнейшая их судьба мне неизвестна...» «...После откровенной матершинной брани в мой адрес владыка предложил «пожертвовать» ему на митры 5 тысяч долларов и тогда вопрос будет улажен. Что мне и пришлось сделать, со стыдом выпрашивая деньги у благодетелей нашего монастыря. Кроме этого, ежемесячно 15 миллионов рублей (старыми) от двух монастырей, Спасского и Ново-Тихвинского, я передавал лично владыке...» «Я был свидетелем, как в кабинет владыки привозились в прямом смысле мешки денег... 5–7 сестер считали несколько дней с утра до вечера... Мне... часто жаловались сотрудники Вознесенской церкви, что каждый день приходят люди от владыки, забирают полностью деньги из касс...»

«...Когда приехал Владыка, то, едва переступив порог, стал вести себя очень бурно... т.к. был в нетрезвом виде. Узнав, что один из епархиальных работников что-то не исполнил, стал... во весь голос бранить его, выражаясь нецензурными словами... Потом громко потребовал: «Наберите мне губернатора!»

«...Наш Владыка... вообще не соблюдает ни постов, ни постных дней. Очень частыми гостями были генералы и (немного реже) советник по делам религии при администрации области В.П. Смирнов».

В Нижнем Тагиле состоялась встреча корреспондента с иереем Фомой и протоиереем Геннадием. Вот что они рассказали:

Отец Геннадий: «Меня побудила выступить открыто конкретная ситуация: пострадало мое духовное чадо, которое я готовил стать священником. Он подвергся совращению Никоном. Когда он увидел извращенный секс на даче епископа, был настолько шокирован, что потерял равновесие душевное. Парень потом полтора месяца лежал в психиатрической больнице. Полгода мы с ним даже не могли вступить в нормальный человеческий контакт. К счастью, от церкви он в итоге не отвернулся, от веры не отошел. Просто понял, на каких рубежах сегодня идет война в России».

Отец Фома: «На сегодняшний день нам известны три юноши, которые оставили духовное училище из-за того, что их пытались совратить. Еще двое тоже подверглись попытке растления, к счастью, неудачной. Один подвергся развращению. Это только из училища... На епископскую дачу их возили якобы для работы, а там их пытались споить, показывали гомосексуальные порнофильмы. Их возил туда шофер, гомосексуалист, в обязанности которого входила, так сказать, прелюдия развращения...»

Публичное сожжение книг явилось искрой, за которой последовал бунт.

Прихожане вышли с плакатами, в которых были написаны требования убрать Никона из их губернии. Игумены Авраам (Рейдман), настоятель монастыря Во Имя Всемилостивого Спаса в Екатеринбурге, и Тихон (Затекин), настоятель Свято-Николаевского монастыря в Верхотурье, тайно отправились  в Москву к Патриарху Алексию II.

Несмотря на попытки Никона с помощью УВД помешать встрече, послы сумели предстать перед высоким церковным руководителем. По распоряжению Патриарха в Екатеринбург приехала Синодальная комиссия Московской Патриархии для проведения расследования. Членов комиссии расселили в «резиденции» губернатора Эдуарда Росселя, который являлся другом и заступником Никона.

На основе выводов комиссии Священный Синод постановил: жалобщиков игуменов Тихона и Авраама отрешить от должностей. Отца Авраама переводят духовником Екатеринбургского Ново-Тихвинского женского монастыря. Отцу Тихону, почетному гражданину Верхотурья, дают полуразрушенную Успенскую церковь при кладбище. Никону объявили выговор за упущения в руководстве епархией. В ответ на такое решение в губернии снова возникли протесты.

Группа священников вновь отправилась  в столицу с жалобой на епископа. На этот раз встретиться с Алексием II им не удалось. Патриарху было направлено письмо со ста восьмью подписями с просьбой «удалить из тела церкви раковую опухоль педерастии и цинизма».

В июле 1999 года руководство РПЦ было вынуждено убрать Никона с церковного поста. «Признав, что ошибки, допущенные в руководстве епархией епископом Екатеринбургским и Верхотурским Никоном, привели к разделению среди клира и мирян и вызвали смущение среди верующих и общественности... почислить епископа Никона на покой, констатируя при этом, что он сам ради мира церковного просил освободить его от управления епархией», – постановил Синод.

На покое Никон пробыл недолго. В октябре 2002 года ему предложили занять почётное место настоятеля в храме Успения Пресвятой Богородицы в Москве, где он в настоящее время и служит. Более того, в честь 15-летия епископата Патриарх Всея Руси поздравил и наградил бывшего главу Екатеринбургской епархии Никона орденом преподобного Сергия Радонежского II степени. В поздравительном послании Алексий II отметил: «Вы с усердием совершаете богослужения, добрым делом и мудрым словом помогаете людям идти по нелегкому пути спасения, призывая народ Божий к терпению, миру и благочестию. Вы снискали высокий авторитет среди священнослужителей, искреннюю любовь клириков и паствы, уважение многих светских людей».