Не угодил духовенству профессор математики Московского университета Д. С. Аничков (1733-1788). Прогрессивный ученый отвергал божественное происхождение религии. Диссертацию Аничкова «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов» сожгли на Лобном месте в Москве.
В список запрещенных по религиозным мотивам книг в 1840-х годах были внесены сочинения Г. Р. Державина, А. Д. Кантемира, А. С. Пушкина, В. Г. Белинского, М. Шенье, В. Гюго, О. Бальзака и многих других.
При издании полного собрания сочинений Н. В. Гоголя в 1853 году по требованию духовных властей из его произведений исключили тексты, которые якобы были оскорбительными для церкви.
Ректор Троицкой духовной семинарии Савва, узнав, что у семинаристов есть печатные и рукописные сочинения Гоголя, Лермонтова, Пушкина, Белинского и других, ночью сделал обыск. Все отобранные книги он распорядился предать «торжественному сожжению» в присутствии преподавателей и учащихся. Митрополит Филарет одобрил действия Саввы и
впоследствии назначил его своим помощником.
При издании собрания сочинений Н. С. Лескова в 1889 году духовная цензура «растерзала» шестой том, в котором находились произведения из жизни духовенства. Тираж книги был уничтожен. Эту расправу Н. С. Лесков назвал «подлым самочинством и самовластием со стороны всякого прохвоста».
Знаменитый исследователь народного творчества А. Н. Афанасьев в 1860 году издал сборник народных сказок. Обер-прокурор Святейшего Синода граф Александр Петрович Толстой направил письмо министру Народного просвещения: «По поводу изданной книги господина Афанасьева под заглавием: «Русские народные легенды» высокопросвещенный митрополит Филарет обратился ко мне с письмом, в котором изъяснил, что… к имени Христа Спасителя и святых в сей книге прибавлены сказки, оскорбляющие благочестивые чувства, нравственность и приличие, и что необходимо отыскать средство к охранению религии и нравственности от печатного кощунства и поругания». Главное управление цензуры запретило перепечатывание книги Афанасьева, отпечатанные 5000 экземпляров были уничтожены.
Л.Н. Толстой находился под личным надзором обер-прокурора Синода Победоносцева. В 1901 году Синод запретил роман «Воскресение» за «неуважительные отзывы о православной церкви и христианстве».
Многие произведения писателя Льва Николаевича Толстого не были опубликованы, как противные учению и духу христианства. Священник Иоанн Кронштадтский назвал Толстого предтечею антихриста и даже самим антихристом, а его борьбу с Церковью – делом дьявольским.
В 1901 году Л. Н. Толстого отлучили от Православной церкви. Обвинение Синода гласило: «В своих сочинениях и письмах, в множестве рассеиваемых им и его учениками по всему свету, в особенности же в пределах дорогого Отечества нашего, он проповедует с ревностью фанатика ниспровержение всех догматов Православной Церкви и самой сущности веры христианской; отвергает личного Живого Бога, во Святой Троице славимого, создателя и промыслителя Вселенной, отрицает Господа Иисуса Христа – Богочеловека, Искупителя и Спасителя мира, пострадавшего нас ради человек и нашего ради спасения и воскресшего из мертвых, отрицает божественное зачатие по человечеству Христа Господа и девство до рождества и по рождестве Пречистой Богородицы, Приснодевы Марии, не признает загробной жизни и мздовоздаяния, отвергает все таинства Церкви и благодатное в них действие Святого Духа и, ругаясь над самыми священными предметами веры православного народа, не содрогнулся подвергнуть глумлению величайшее из таинств, святую Евхаристию».
На постановление Синода Л. Н. Толстой ответил: «Постановление Синода вообще имеет много недостатков: оно незаконно или умышленно-двусмысленно, оно произвольно, неосновательно, неправдиво и, кроме того, содержит в себе клевету и подстрекательство к дурным чувствам и поступкам. <...> То, что я отрекся от Церкви, называющей себя Православной, это совершенно справедливо. Но отрекся я от неё не потому, что я восстал на Господа, а напротив, только потому, что всеми силами души желал служить ему. Прежде чем отречься от Церкви и единения с народом, которое мне было невыразимо дорого, я, по некоторым признакам усомнившись в правоте Церкви, посвятил несколько лет на то, чтобы исследовать теоретически и практически учение Церкви: теоретически – я перечитал все, что мог, об учении Церкви, изучил и критически разобрал догматическое богословие; практически же – строго следовал, в продолжение более года, всем предписаниям Церкви, соблюдая все посты и посещая все церковные службы. И я убедился, что учение Церкви есть теоретически коварная и вредная ложь, практически же – собрание самых грубых суеверий и колдовства, скрывающее совершенно весь смысл христианского учения».
Нынешний Патриарх Московский и всея Руси Кирилл заявил, что церковь отлучением Толстого просто констатировала то, что реально уже произошло.
Произведения прогрессивных иностранных писателей, разоблачавших сущность религии и деятельность ее служителей, были ненавистны духовенству. Книги выдающегося немецкого писателя Генриха Гейне «Книга песен», «Боги в изгнании» были признаны богохульными и по настоянию духовной цензуры уничтожены. Во многих произведениях Флобера, Анатоля Франса, Эмиля Золя, Анри Барбюса духовенство обнаружило «кощунственные и богохульные» мысли. Такие произведения также попали в разряд запрещённых. Безжалостно расправились духовные цензоры с работами Вольтера «Философия истории», «Сатирические и философские диалоги»
По настоянию духовных цензоров в 1866 году была запрещена книга «Рефлексы головного мозга» И. М. Сеченова. Учёный был наказан «за изложение самых крайних материалистических взглядов», ему запретили читать лекции.
Непримиримую враждебность Церкви к просвещению показал харьковский епископ Амвросий в 1901 году. Он высказал мысль о том, что развитие науки приводит к росту неверия. Прогрессивных ученых он называл «опаснейшими врагами церкви». «Вера и разум», 1901, № 12.
Представители высшего церковного духовенства негативно относились к техническому прогрессу.
Архиепископ Казанский и Свияжский, ректор Киевской Духовной Академии Антоний (Амфитеатров) называл «дьявольскими» и «богопротивными» железные дороги, газовое освещение и телеграф. Епископ Леонид (Краснопевков) заявил, что «Железные дороги прямо действуют на мозг. Дороги и телеграфы заставляют голову слишком быстро работать».
Архимандрит Феофан (Говоров), ректор Петербургской Духовной Академии писал об открытой «враждебности» технического прогресса христианской истине. На Поместном Соборе РПЦ в 1988 году Феофан причислен к лику святых.
Для усиления религиозного воспитания народа во второй половине 18 века были организованы церковно-приходские школы. Церковные предметы были главными и в гимназиях. Писатель А.Серафимович с тоской вспоминал свои ученические годы: «Нас душили в гимназиях латинским, греческим, законом божьим, давили всем, лишь бы задушить живую душу». Ш. Ганелин. Очерки по истории средней школы. М, 1954 стр. 45.
Учителя и ученики должны были принимать участие в церковных службах, исповедоваться.
«Делают все так, чтобы куда человек ни обернулся, перед его глазами был бы или палач земной, или палач небесный, — один с веревкой, готовый все кончить, другой с огнем, готовый сжечь всю вечность», - писал А. И. Герцен.
Менялись вожди, менялось отношение власти к Церкви. Нашлось применение и служителям Церкви в качестве осведомителей. Возможно, не все они удосужились такого внимания со стороны советской власти. «Контакты с КГБ бывали во имя пользы церковной, а бывали – во имя личной», - высказал своё мнение Митрополит Виленский и Литовский Хризостом. На соборе 1992 года этот представитель высшего духовенства предложил создать комиссию по изучению контактов духовенства и прежде всего высших иерархов с госбезопасностью. «Я хотел, чтобы комиссия выявила тех, кто предавал, клеветал, доносил на прихожан: такие духовники действительно заслуживали наказания – изгнания из наших рядов. Сам я контактировал с КГБ, но стукачом не был. А контактировать я был вынужден: такова была система. И я уверен, что подавляющее большинство архиереев вынуждены были вступать в контакты с органами. В самих же контактах с КГБ я ничего предосудительного не вижу: это был орган государства, а мы – его граждане», - сообщил Митрополит Виленский в интервью газете «Совершенно секретно».