Первая авиационная часть, сформированная под командованием опытного аса, капитана Вильгельма Шпете (Wilhelm Spaete) из Me 163 (Erprobungskommando 16), также была по сути своей учебной Опытные летчики-испытатели, служившие в группе, должны были вырабатывать новую тактику применения ракетного самолета. Параллельно они проводили испытания вновь поступивших машин и выявляли конструктивные дефекты, впоследствии устраняемые разработчиками.
Первая группа из 30 специально отобранных летчиков ВВС начала тренировки на авиабазе Бад-Цвишенан. куда E.Kdo 16 была перебазирована из Пеенемюнде в июле 1943 года. Прежде чем начать полеты на Me 163, пилоты тренировались на учебных планерах «Habicht» («Чайка»). Эти машины, в зависимости от модификации, различались размахом крыла (стандартный 13,2 метров, специальные версии — 10,8 и 6 метров). На них они тренировали навыки выполнения посадки на большой скорости. Затем летчики выполняли шесть полетов на буксируемом Me ЮЗА с пустыми топливными баками и водным балластом После выполнения предварительной учебной программы начинались полеты на реактивном двигателе, а затем весь цикл повторялся на Me 163В. Особое внимание обращалось на совершенствование техники приземления, от которой в значительной мере зависела безопасность пилота. В штатах E.Kdo 16, кроме самолетов Me 163А, находилась первая снабженная вооружением модификация машины — Ba-1.
Поскольку командир «Команды 16» капитан Шпете являлся автором рекомендации по тактике боя на Me 163, он предложил использовать группы «Комет» для обеспечения ПВО конкретных объектов германского военно-промышленного комплекса, расположенных в северной и южной части Германии. Шпете мотивировал свое предложение небольшим радиусом действия Me 163, равным примерно 100 км.
Вступление в бой частей, оснащенных ракетными машинами, началось со значительным опозданием. Одной из причин к этому стало направление на Восточный фронт В. Шпете (последний был назначен командиром группы в 54-й истребительной эскадре). Обязанности командира были переданы капитану Тони Талеру (Tom Thaler). Кроме того базирование Me 163 требовало специального оборудования аэродромов. В течение 1944 года этим условиям отвечали следующие авиабазы: Пеенемюнде, Бад-Цвишенан, Витмундхафен, Штаргард, Удетфельд, Брандис, Венло, Деелен и Гузум.
Первой строевой частью, сформированной в мае 1944 года, стала 1-я эскадрилья 400-й истребительной эскадры (1./JG400). Ее командиром назначили капитана Роберта Олейника (Robert Olejnik), а местом базирования определили Витмундхафен. В состав части включены пилоты из состава E.Kdo 16. Первая встреча союзников с новым немецким оружием произошла 28 июня 1944 года в районе Мерзебурга. Самолеты 1./JG400 действовали с базы Брандис (10 км восточнее Лейпцига), куда это подразделение было передислоцировано в начале июля. Пилоты восьми «Мустангов» 359 и истребительной группы ВВС армии США, эскортировавшие соединение бомбардировщиков В 17, обнаружили пять немецких машин, подходивших в двух звеньях на высоте около 1000 метров. Подходя к бомбардировщикам с тыла, немецкие самолеты летели на скорости порядка 800–900 км/ч, оставляя за собой густые инверсионные следы. Хотя истребители сопровождения попытались преградить противнику дорогу, Me 163 выполнили атаку, а после ее завершения вышли из боя крутым разворотом в сторону солнца. Американцы ни разу не смогли приблизиться к вражеским машинам на дистанцию открытия эффективного огня. Самолеты, которые были упомянуты в рапорте американского генерала Уильяма Кепнера (William Е Керner), входили в силы ПВО завода по производству синтетического топлива в Лойне, расположенного к западу от Лейпцига.
На следующий день, также в районе Мерзебурга, произошло очередное столкновение между Me 163 и американскими истребителями (на сей раз Р 38 «Lightning»). Американцы заявили об уничтожении одной «Кометы», однако, по немецким документам, 1./JG400 не понесла потерь. Первую победу в воздушном бою немцы одержали 16 июля 1944 года в районе Лейпцига — пятерка Me 163, атаковавшая соединение «Летающих крепостей», сбила В 17 из состава 305-й бомбардировочной авиагруппы (отличился лейтенант Хартмут Рилль). «Кометы» также понесли потери: один «Мессершмитт» был уничтожен огнем бортстрелков «Крепости», другой (машина Рилля) — «Мустангом» эскорта. Наибольший успех на долю Me 163 выпал 24 августа, когда они сбили четыре В 17, потеряв одну машину, подожженную истребителем Р 51.
Параллельно на аэродроме Венло (вблизи голландско-немецкой границы) была сформирована 2-я эскадрилья JС 400 под командованием капитана Отто Бенера (Otto Boehner). В конце августа 1944 года подразделение передислоцировали в Брандис, где из него и 1-й эскадрильи образовали 1-ю авиагруппу 400-й эскадры (I./JG 400). Командование группой принял капитан Фульда (Fulda). В конце сентября из Бад-Цвишенана в Брандис была переброшена «Испытательная команда 16». Часть ее персонала отправлена на авиабазу Удегфельд с целью формирования учебно-тренировочной эскадрильи (Ergaenzungstaffel) в составе]G 400. Впоследствии она была преобразована в 4-ю группу 2-й учебной истребительной эскадры (IV./FJG 2) в составе 13-й, 14-й и 15-й эскадрилий. В конце декабря 1944 года из этих подразделений планировалось создан, новую, 3-ю авиагруппу 400-й эскадры (III./JG 400), однако эти планы выполнены не были.
Несколько раньше, осенью 1944-го, капитан Рудольф Опиц приступал к формированию в Штаргарде истребительной группы II. /JG 400. В ее задачи входила защита завода по производству синтетического топлива в Пелитцере, расположенного в 45 км от Штаргарда, то есть в радиусе действия Ме 163В. В это время из 54-й истребительной эскадры вернулся Вольфганг Шпете, принявший командование JG 400. К 31 декабря 1944 года в ее составе числилась 71 машина Me 163, в том числе 63 в 1-й группе и всего восемь — во второй. Через месяц ситуация была выровнена: I./JG 400 располагала 45 «Кометами», a II./JG 400 — 46.
В боевых действиях участвовала преимущественно 1-я истребительная группа, на боевом счету которой числится 9 воздушных побед. Собственные потери составили 11 самолетов большинство «Комет» погибло по причине раз личных технических неполадок, в том числе взрывов остатков топлива при посадке. Лишь 5 машин уничтожила авиация союзников. Англо-американским истребителям удавалось сбить Me 163, как правило, когда последние, исчерпав запас горючего, заходили на посадку в планирующем полете. В этот момент немецкие машины были абсолютно беззащитны и легко уничтожались.
II./JG 400 достигла уровня боеготовности в самом конце войны, однако полное отсутствие топлива не позволило ее машинам принять участия в боях. К моменту капитуляции Германии авиагруппа дислоцировалась на побережье Северного моря, в Гузуме (34 км западнее Шлезвига). III./JG 400 в начале мая 1945 года все еще находилась в процессе формирования. Вероятно, последним успехом Me 163 в мировой войне стало уничтожение «Кометой» из состава E.Kdo 16 американской «Летающей крепости» 10 мая 1945 года. Вражеский самолет был сбит новым оружием — 50-мм гладкоствольной пушкой SG 500 «Jagdfaust».
Всего же из примерно 320 построенных самолетов (преимущественно модификации Me 163В-1а), 279 единиц поступили на вооружение ВВС: 237 в 1944 году и 42— в следующем.
В конце войны значительное количество Me 163 попало в руки англичан и американцев. Войска США 19 апреля 1945 года захватили аэродром Брандис, где базировались I./JG 400 и E.Kdo 16 (правда, немцы успели уничтожить почти всю матчасть). Британцы заняли территорию Северной Германии, в том числе Гузум, Киль и Шлезвиг, где были размещены авиационные подразделения, оснащенные «Кометами». Кроме того, английские войска получили некоторое количество Me 163А, находившихся в Бад-Цвишенане: в Великобританию было отправлено 24 машины. Из этого количества 4 самолета передано Франции, 2 —Канаде, 1 — Австралии и 5 США. Части Красной Армии тем временем захватили часть промышленных предприятий, производивших комплектующие для Me 163 и испытательный центр в Дессау. Впоследствии все эти самолеты подверглись тщательным исследованиям.