Из орудий, снятых с корабля, были сформированы береговые батареи, обслуживаемые артиллеристами «Червоной Украины».
Группа АСС в Севастополе сняла боезапас и артвооружение также с эсминца «Свободный», теплохода «Грузия» и других затонувших кораблей и вооруженных судов.
В ходе боевых действий на эсминце «Беспощадный» сильно пострадала носовая часть. Чтобы восстановить корабль, было принято решение отрезать под водой у притопленного эскадренного миноносца «Быстрый» нос и приварить его к «Беспощадному». И на этот раз водолазная группа Литвинова успешно справилась с задачей.
Она также демонтировала орудия «Быстрого» и подняла их на поверхность воды.
Севастопольская группа оказала помощь эсминцу «Совершенный», танкеру «Серго Орджоникидзе», транспорту «Серов».
Эпроновцы не прекращали работ до последнего дня обороны города. Покидать базу им пришлось на маломореходных ботах «Надежда» и ВМ-2. Располагая лишь шлюпочным компасом, они сбились с пути и оказались в турецких территориальных водах. Только спустя месяц при содействии советских дипломатических представителей эпроновцам удалось добиться возвращения на Родину.
Успешно справился со своими задачами в годы войны и Новороссийский азарийно-спасательный отряд, которым в разное время командовали Г. Л. Артюхов, М. Ф. Чеков, П. Д. Ветов.
К началу боевых действий отряд был укомплектован опытными специалистами, отличными водолазами, участвовавшими во всех судоподъемных и спасательных работах довоенного времени на Черном море.
Когда была сформирована Керченская военно-морская база, новороссийцы из своего состава выделили для нее аварийно-спасательную группу с необходимыми техническими средствами и двумя 80-тонными понтонами. Ей был придан рыболовный сейнер, приспособленный под водолазный бот. Группу из 13 человек возглавлял мичман И. А. Кручина.
В период обороны Одессы, а затем и Севастополя военное значение Новороссийского порта неизмеримо возросло. Авиация противника приложила все усилия, чтобы заминировать Цемесскую бухту и порт. Гитлеровцы сбрасывали на парашютах новые, магнитные мины. К их поиску и обезвреживанию были привлечены водолазы. Высокое искусство в этом деле проявляли Л. А. Болховитин, М. А. Голынец, А. Д. Вландис и другие эпроновцы.
Были выработаны различные методы поиска мин. Эффективным оказался способ, предложенный Г. Л, Артюховым. Суть его заключалась в следующем. Из немагнитных материалов изготавливался трал, на него с интервалом 40 сантиметров навешивалось до 30 небольших медных кошек. Буксируемый двумя шлюпками трал захватывал полосу шириной в 10–12 метров. Когда кошки зацепляли парашют, водолаз опускался к мине и либо стропил ее, либо подвешивал к ней заряд для уничтожения.
Во время одного из таких спусков водолаз А. Д. Вландис на дне Цемесской бухты обнаружил мину неизвестной конструкции. Специалист-минер, к которому обратился водолаз, предположил, что она с фотоэлементом. Спустившись снова к мине, Вландис нашел способ «обмануть» фотоэлемент и снять его. Затем мина была извлечена из воды и разоружена.
Всего в акватории порта водолазами было обнаружено и поднято 17 мин. Тем самым удалось не только избежать подрыва судов, но и раскрыть секреты новых видов немецкого минного оружия, что впоследствии значительно облегчило разминирование фарватеров на подходах к Новороссийску и другим портам.
Успешно справлялся отряд и с аварийно-спасательной службой. Из наиболее крупных его работ в этот период можно назвать участие в ликвидации пожаров на крейсере «Ворошилов» и танкере «Вайян Кутюрье», оказание помощи лидеру «Ташкент» и эсминцу «Способный», устранение боевых повреждений на транспорте «Калинин», буксировка 6000-тонного плавучего дока до Сухуми.
С оставлением Новороссийска в августе 1942 года отряд во главе с И. М. Лавровым перешел в Очемчири, а отдельная его группа под командованием Г. Л. Артюхова определилась в Фальшивом Геленджике. Геленджикская бухта, особенно после высадки десанта на Малую землю, приобрела большое оперативное значение. Отряд и его группа сыграли большую роль в аварийно-спасательном обеспечении высадки десанта и дальнейшего его пополнения.
После освобождения города Новороссийский отряд вместе с двумя вновь созданными отрядами АСС очистил акваторию порта и внешний рейд от затопленных кораблей и судов, устранил минную опасность, а также помог городу в восстановлении электростанции, в пуске водопровода, мельницы и хлебозавода, в подъеме рыболовных сейнеров.
Спасателями Черноморского флота за годы войны было поднято 675 кораблей и судов общим водоизмещением 315 387 тонн; 298 снято с мели (161 090 тонн), оказана помощь 144 аварийным судам (2 810 180 тонн). А если учесть и мелкие корабли и суда, которых было поднято 132 единицы, то суммарная цифра судоподъема возрастет до 806 единиц общим водоизмещением 318 800 тонн.
АСС Северного флота, состоящую из Северной экспедиции ЭПРОНа и Архангельского аварийно-спасательного отряда, последовательно возглавляли М. И. Сергеев, П. Д. Фаддеев, А. И. Георги, А. И. Кулагин. Комиссаром (замполитом) в продолжение всех военных лет оставался Ф. Ф. Обозный. Инженерами были Г. Г. Русецкий, А. В. Лоскутов, Б. Г. Башук, Н. Н. Бирюков и другие.
К началу военных действий эпроновцы располагали в Мурманске спасательными судами «Память Руслана» и «Буревестник», морским быстроходным катером БМ-4, двумя морскими водолазными ботами и одним рейдовым; в Архангельске — спасательным судном «Совнарком», одним морским и одним рейдовым водолазными ботами.
В ходе войны АСС Северного флота постоянно росла и укреплялась и к окончанию боевых действий включала в себя 78-й аварийно-спасательный отряд в Печенге, 119-й аварийно-спасательный отряд в Петрозаводске, аварийно-спасательное отделение Беломорской флотилии, 79-й аварийно-спасательный отряд в Архангельске, 80-й аварийно-спасательный отряд в Иоканке. Плавучие средства пополнились спасательными буксирами «Мурман» и «Шквал», судоподъемными плавбазами «Герцен», «Бриз» и «Заря» (бывшие промысловые суда). Значительно возрос и понтонный парк.
Главные направления деятельности АСС Северного флота состояли в аварийно-спасательном обеспечении высадки морских десантов, повседневных боевых действий кораблей, проводки союзных конвоев, в подъеме затонувших судов и кораблей, выполнении работ по восстановлению гидротехнических сооружений.
Первым боевым заданием, порученным эпроновцам Заполярья, была буксировка отмобилизованными в состав ЭПРОНа рыболовными траулерами РТ-67 и РТ-32 подводных топливных емкостей из Мурманска в Иоканку. Суда, возглавляемые начальником штаба экспедиции А. И. Кулагиным, шли в сопровождении сторожевого корабля «Пассат».
Переход начался 13 июля 1941 года. В районе Гавриловских островов отряд подвергся нападению трех фашистских эсминцев. Силы были неравными — три крупных боевых корабля против одного СКР, имевшего две 45-миллиметровые пушки и два пулемета. Однако советские моряки не дрогнули. «Пассат», чтобы прикрыть охраняемые суда, поставил дымовую завесу и вступил в артиллерийский бой. Экипаж дрался на смерть. От многочисленных попаданий корабль затонул.
РТ-32 под прикрытием «Пассата» смог оторваться от эсминцев противника и выбросился на берег. РТ-67 сделать это не удалось: слишком значительны были повреждения. Траулер потерял ход, начал тонуть. А. И. Кулагин успел донести по радио штабу флота открытым текстом свои координаты. Уничтожив секретные документы, он приказал спустить на воду шлюпки и отходить от погружающегося судна.
Гитлеровцы решили уничтожить и шлюпки с людьми. Однако одной из них удалось уйти к берегу. Другая же, получив пробоины от осколков снарядов, наполнилась водой и держалась лишь за счет плавучести воздушных ящиков. Кулагин и другие находившиеся в ней моряки были ранены. Расстреливаемые огнем орудий главного калибра, обессиленные, но не сломленные, они пели «Интернационал». Через 7 часов рыбаки подобрали пятерых спасшихся вплавь краснофлотцев.