В среде войск Тохтамыша началось недовольство. Сыновья полководцев, Темир-Кутлуг (сын Тимур-Мелека) и Кунче-оглан (сын Уруса), организовали мятеж с целью свержения Тохтамыша. Мятеж не удался. Мятежники бежали к Тимуру. В организации этого мятежа важную роль играл Едигей, связанный родственными узами с Темир-Кутлугом и вслед за ним бежавший к Тимуру. В ответ на разорение Тюркестана Тохтамышем Тимур организовал поход на Хорезм. Весной 1388 года войска Тимура, почти не встречая сопротивления, ворвались в пределы Хорезма. Города Хорезм и Ургенч были взяты без боев. Войска Тимура преследовали отступающего Тохтамыша до Кушкента и Кира, после чего вернулись назад.
Во время пребывания в Хорезме Тимур издал указ, по которому все жители города и области переселялись в Самарканд, а Ургенч подлежал разрушению. Хотя указ Тимура полностью не был выполнен, после этого погрома Хорезм потерял своё прежнее значение. На разрушение Хорезма Тохтамыш ответил новым походом в Тюркестан. Осенью 1388 года войско Тохтамыша перешло Сырдарью, разграбило город Яссы (современный г. Туркестан) и близлежащие районы. Но на этом его успехи закончились.
Тимур подтянул войско и перешёл в наступление. В феврале 1389 года войско Тимура переправилось через Сырдарью, атаковало войско Тохтамыша и преследовало его до Белака, расположенного в устье реки Сарык-Узень. В результате поражений 1387–1389 годов в войске Тохтамыша начало расти недовольство, что и заставило его повернуть на запад. Собственно, такой исход кампании был уже заранее предопределён. Встав во главе большой тюркской орды и подчинив себе обманом Московское княжество, Тохтамыш ничего серьёзного не сделал в плане укрепления войска. Поэтому оно представляло ополчение, состоявшее из разных по численности и боеспособности орд, которые возглавлялись царевичами, эмирами и беками.
Когда это войско пришло в Тюркестан. оно распалось на большое число вооружённых банд численностью от нескольких сот до нескольких тысяч человек, бросившихся грабить местное население. Естественно, при встрече с организованной силой эти банды-орды не могли оказать серьёзного сопротивления и часто бросались в паническое бегство. Подчинённость орд царевичам, эмирам и бекам, а не воинским начальникам имела ещё то отрицательное последствие, что каждый царевич, эмир и бек. опасаясь больших потерь, не спешил вступить в сражение, так как потери и поражения автоматически понижали его роль в войске.
Это со всей очевидностью показывает, что с усилением тюркской доминанты, организация войска и все его боевые традиции полностью деградировали. Вот почему Тохтамыш не смог эффективно противостоять Тимуру. Воспользовавшись отходом Тохтамыша, Тимур решил расправиться с давним своим противником — правителем Монголистана Камар ад-дином. В Семиречье Тимур двинул основную массу своих войск. И если говорить о совершении глупости и недальновидности, то это касается больше Камар ад-дина, нежели Тохтамыша. Последний, развязав кампанию против Тимура, привлёк Камар ад-дина для совместного выступления. В то же время Камар ад-дин, соглашаясь быть союзником Тохтамыша в этой войне, не подумал о возможностях Тимура и последствиях для Монголистана в случае поражения.
Войско Тимура развернуло стремительное наступление. Оно с ходу форсировало Или и Иль-Имиль, обогнуло Ала-Куль и достигло Тарбагатая — сердца Монголистана. Не останавливаясь, оно продвинулось до современных Кульджи и Чургучака. Авангард вышел к Чёрному Иртышу. После этого войско Тимура разделилось. Один отряд двинулся на восток, к озеру Баграш-Куль, и дошёл до Турфанского оазиса. Другой отряд перешёл через отроги Тянь-Шаня и взял Карашар. Встал вопрос: как быть? Тимур созвал совет всех военноначальников своего войска, а также проводников, знавших места и местоположение монголов.
На этом совете Тимур предложил обсудить вопрос, как ослабить противника так, чтобы из Монголистана больше не исходила серьёзная угроза. Было решено разделить войско на пять частей и продолжить преследование монголов. Все отряды, ушедшие преследовать монголов, по пути, где проходили, забирали у монголов скот, имущество, а их самих уводили в полон. После учинённого ими погрома, обременённые огромными обозами, они соединились у Карашара в долине Юлдуз. Здесь Тимур по заведённому порядку дал отдых войску, наградил отличившихся воинов, затем возвратился в Самарканд.
Но на этом война не закончилась. Камар ад-дин собрал верных соратников и освободил Семиречье. Тимур тут же отреагировал, направив против него сильное войско. Это войско в течение шести месяцев преследовало Камар ад-дина. После того как он переправился через Иртыш и скрылся в Тартарии (Рассении), войско Тимура возвратилось в Самарканд. В Тартарии (Рассении) он был схвачен и предан смерти, так как выступил против Тимура. Вот почему после 1391 года о Камар ад-дине никто ничего не слышал.
Разгром и опустошение Монголистана обеспечили тылы Тимура. Теперь он мог безбоязненно совершать дальние походы. Целью для очередного похода теперь была большая тюркская орда Тохтамыша, не столько потому, что Едигей подбивал его к совершению похода, сколько потому, что Тимур понимал, что не разгромив Тохтамыша, нельзя идти в Иран, так как Тохтамыш обязательно ударит в спину. Начиная войну с Тохтамышем, Тимур решил обеспечить внезапность хотя бы первой части похода. Войско Тимура выступило в феврале 1391 года, когда южная степь уже зазеленела.
Вместе с весенним теплом оно продвигалось на север, подкармливая лошадей свежей травой. Данный маршрут обеспечивал не только скрытность начала похода, но также облегчал проблему снабжения войска продовольствием и фуражом. Однако избежать утечки информации полностью всё же не удалось. Два воина Едигея бежали из лагеря Тимура и принесли первые известия о его движении в Сарай 6 апреля. Однако указать правильно маршрут они не смогли. Поэтому Тохтамыш, собрав войско, расположился в Крык-Куле, на правом берегу Урала (Яика), и послал за подкреплениями. Тохтамыш предполагал ударить по противнику во время его переправы.
Но Тимур, поднявшись до верховьев Тобола, повернул на запад и совершил переправу в верховьях Урала (Яика). Тохтамыш со своим войском вынужден был отступить из Крык-Куля. Некоторые подкрепления Тохтамыша, прибывшие на прежнее место сбора, оказались в ловушке и стали лёгкой добычей Тимура. Форсировав Урал (Яик) в его верховьях без помех, войско Тимура дошло до реки Ик (приток Камы), не встречая сопротивления. Это показывает, что Тохтамыш решил избрать путь отхода, рассчитывая на то, что войска Тимура сами растянутся или разбредутся в поисках пищи.
Отход Тохтамыша не сопровождался активными действиями его войска. Оно в это время почти не нападало на противника. Поэтому расчётам Тохтамыша не суждено было сбыться. Тимур твёрдо управлял войском и не позволил ему растянуться. Дальнейший отход для Тохтамыша становился опасным, так как мог перерасти в беспорядочное отступление. Тохтамыш вынужден был дать сражение на реке Кундурча.
Утром 18 июня 1391 года войска Тимура и Тохтамыша встали друг против друга. В этом сражении Тимур имел 4 корпуса. На этот раз корпуса Тимура имели по три тьмена. Численность его войск достигала 12 тьменов или 120 тысяч человек. Центр, левое и правое крылья имели по одному корпусу. В резерве оставался один корпус, или три тьмена. Тохтамыш собрал примерно такое же по численности войско. Поэтому сведения, что у того и другого было по 200 тысяч воинов являются явным преувеличением.
Не сумев растянуть боевые порядки войска Тимура, Тохтамыш решил охватить его фланги и навязать сражение в окружении. Для этого он бросил в сражение сразу почти всё войско. Так безграмотно до него не поступал никто. И хотя вначале Тохтамышу удалось охватить фланги войска Тимура, тюрки, встретив организованное сопротивление, не смогли преодолеть его. Резервов для создания перелома на одном из флангов не оказалось. К тому же, глядя на такую безграмотную организацию сражения, Тохтамышу изменили хан Бек-Булат, царевичи Ходжам ад-дин, Туртджак-берде, Давуд и князь Тегин. Вместе с ними ушли и их люди.