В первые годы после окончания войн большой проблемой для правительства было наличие огромного количества бесхозных самураев-ронинов, сюзерены которых были казнены или лишились своих владений. Однако аппарат мэцукэ и эту сложную ситуацию сумел использовать себе на пользу. В это время появилась особая буддийская секта Фукэ-сю, связанная с Дзэн-буддизмом. Комусо, последователи Фукэ-сю, являлись членами закрытой общины и выделялись своим необычным обликом: нестандартным монашеским одеянием, плетеной из тростника и полностью закрывающей голову и лицо шляпой-тэнгай и длинной бамбуковой флейтой сякухати. Членами секты могли быть только самураи, простолюдинов в секту не допускали. Особым уложением секта Фукэ-сю была объявлена подподающей под юрисдикцию только самого сёгунского правительства. Ее членам предоставлялась неограниченная свобода передвижения, они освобождались от повинности платить пошлину на таможенных заставах и имели возможность проникать в любые места развлечений. Такая организация позволяла бакуфу легче контролировать большие группы ронинов. Кроме того, комусо использовались как шпионы и осведомители.
Ниндзя в охране сёгуна
Воинам из Ига-гуми кроме работы тайных агентов была доверена и охрана самого сёгуна. Существовало несколько групп ниндзя из Ига-гуми: акиясики-бан –«сторожа нежилых усадеб», о-хироясики-бан –«сторожа главных усадеб», сёфусин-гата –«служащие мелкого ремонта усадьбы», ямадзато-кэйби –«охрана горных деревень» и т.д.
О-хироясики Ига-моно охраняли вход во внутренние покои сёгуна. Интересно, что пост охраны в прихожей даже получил название «Ига-цумэдокоро» –«Пост службы Ига». Кроме того, Ига-моно следили за порядком во дворце. Особая группа этих охранников называлась «тэмбан» –«сопровождающие стражи». В обязанности тэмбан входило эскортирование членов государственного совета, гонцов и служанок при их выходе за пределы дворца. Тэмбан в числе 30 человек являли собой высший слой телохранителей сёгуна. Им разрешалось входить во дворец в сандалиях на кожаных подошвах с мечом в руках. За свою службу они получали по 100 мешков риса каждый –в 10 раз больше, чем обычный самурай. Охрана же прихожей, которая называлась «Ига-сю цумэдокоро-яку» –«Воины из Ига на посту», получала несколько меньше –по 30 мешков риса, но имела свои привилегии: ей разрешалось носить в замке гербовую куртку хаори и хакаму. У Ига-сю цумэдокоро-яку хранились ключи от запасного выхода. При входе они принимали мечи посетителей и сопровождали пожилых чиновников.
Акиясики-бан Ига-моно осуществляли надсмотр за приездом даймё и хатамото в столицу в целях заложничества и их отъездом в свои владения. Обычно они действовали тройками. Командир тройки получал за свою службу жалованье трех самураев.
Сёфусин-гата Ига-моно подчинялись столичному префекту и надзирали за ремонтом дворцовых сооружений, чтобы враги не могли раздобыть точные планы потайных комнат и выходов. Их начальник получал жалованье четырех воинов.
Ямадзато Ига-моно охраняли загородные резиденции сёгуна и получали оплату в размере 30 мешков риса каждый.
О-нивабан несли ночное дежурство в замке сёгуна, патрулировали цитадель, а также, по особому распоряжению сёгуна, выполняли функции оммицу. О-нивабан разделялись на 2 категории: рёбан-каку и сёдзюнин-каку. Охранники первой категории имели право на аудиенцию у сёгуна и получали жалование в размере 100 мешков риса, охраняли комнаты замка. В случае постоянного проживания в замке они получали жалование 20 воинов. Рёбан-каку было всего 6 человек.
Сёдзюнин-каку правом аудиенции не располагали и получали меньше, их было 8 человек.
При исполнении обязанностей оммицу, о-нивабан с бамбуковой метелкой в левой руке падали ниц у дороги, по которой несли паланкин с сёгуном, тем самым выражая свое почтение и одновременно приглядывая за окружающей толпой и заставляяее тоже выказывать признаки уважения.
При отдаче о-нивабан приказа отправиться на задание в качестве оммицу, им либо вручали на дорожные расходы столовое серебро, либо выдавали через казначейство необходимую сумму денег. Кроме того они получали поручение к губернатору места назначения об уплате всех расходов. Если оммицу не хватало денег, он был вправе явиться к местному губернатору и на основании поручения потребовать от него уплаты всех своих расходов. Выполнив задание, оммицу отчитывался о результатах своего путешествия лично сёгуну или его секретарю. Существует легенда, что эти доклады проходили во время прогулок сёгуна по внутреннему двору замка, и что иногда сёгун лично отводил нужного ему о-нивабан в заросли бамбука, чтобы дать тайное поручение. Иногда оммицу действовали и по поручению государственного совета.
Для пресечения разглашения государственных тайн оммицу были разделены на несколько групп, которые проживали в разных местах: в укреплении клана Набэсима, где находилась одна из усадеб сёгуна, в усадьбе за воротами Тигра неподалеку от Эдо, внутри замка у моста «Пестрого фазана» и т.д. Им запрещалось иметь всякие контакты с посторонними людьми. Всего было 17 семей о-нивабан, которые служили бакуфу до самого падения сёгуната в 1867 г.
Стража внутренних покоев охраняла все входы и выходы из замка и пресекала все возможные контакты его жителей с внешними недругами сёгуна, препятствуя возникновению заговора в самом замке.
Сохранился любопытный анекдот о службе Ига-моно и Кога-моно в резиденции сёгуна в Эдо. В замке Тиёда, где жил сёгун, существовал обычай в период празднования нового года устраивать снежные баталии между красными и белыми отрядами служанок. Обычно на этих потешных сражениях присутствовал сам сёгун, его приближенные и совет старейшин. Во время баталий Кога-моно выстраивались рядами поодаль, чтобы охранять своего господина. А стражники Ига стояли спиной к полю боя и, взявшись за руки, образовывали живую стену и обозначали заднюю границу боевых порядков обеих «армий» прислужниц. При этом злонравные служанки, прийдя в возбуждение от битвы, нередко принимались пулять снежками по головам и спинам Ига-моно. Рассказывают, что сёгун весело смеялся, наблюдая за забавными содроганиями тел ниндзя, когда оледеневшие снежки попадали им в спину или голову.
Последняя операция ниндзя
В 1637 г. в Симабаре на о. Кюсю поблизости от Нагасаки вспыхнуло крестьянское восстание. Вызвано оно было притеснениями местного даймё. Вследствие широкого распространения христианства на Кюсю восстание проходило под христианскими лозунгами. Крестьяне, среди которых было немало ронинов, были вооружены огнестрельным оружием, полученным от миссионеров. 40000-ная армия повстанцев укрылась в древнем замке Хара, который располагался на южной оконечности полуострова Симабара, и успешно оборонялась в течение 10 месяцев против 130000ной армии сёгуната. Отсутствие единства в стане даймё, низкая боеспособность самураев того времени долгое время не позволяли бакуфу одолеть врага и привели к ряду неудач. Так во время одного из штурмов погиб главнокомандующий князь Итакура. В том же бою тяжелые ранения получили специально присланные из столицы мэцукэ Иситани Дзюдзо Садакиё, Мацудайра Дзиндзабуро Юкитака и другие. Участвовавший в разработке провалившейся операции мэцукэ Иситани Дзюдзо позже даже оказался под следствием по обвинению в нарушении служебных обязанностей.
Поскольку восстание вызывало большое беспокойство у Токугавы Иэмицу, он назначил главнокомандующим своего верного вассала Мацудайру Идзу-но Ками Нобуцуну. Во время поездки в Симабару Мацудайра проезжал через станцию Мидзугути провинции Оми, где собралось около сотни ниндзя из Кога. Из их числа он отобрал 10 лучших профессионалом «плаща и кинжала»: Мотидзуки Хёдаю (63 года), Мотидзуки Ёэмон (33 года), Акутагава Сэйэмон (60 лет), Акутагава Ситиробэй (25 лет), Яманака Дзюдаю (24 года), Бан Гобэй (53 года), Нацуми Какусукэ (41 года), Угаи Канъэмон (54 года), Иванэ Камбэй (45 лет), Иванэ Кандзаэмон (56 лет). Все они были представителями известных родов из 53 кланов Кога.