17 сентября 1999 года в Санкт-Петербурге в жилом доме сработало взрывное устройство. Мощность взрыва приравнивается к 4 кг тротила. В результате взрыва погибли 4 человека.

30 сентября 1999 года в Санкт-Петербурге открылось 6-е заседание Совета руководителей органов безопасности и специальных служб (СОРБ) СНГ. Членами этой организации являются 10 государств, Туркмения и Узбекистан участвуют в работе СОРБа в качестве наблюдателей.

5 октября 1999 года в Кремле состоялось совещание членов Совета безопасности РФ, на котором была принята новая «Концепция национальной безопасности» России. Этот документ должен сменить предыдущий с аналогичным названием, который был введён в действие указом президента Ельцина 17 декабря 1997 г.

8 октября 1999 года опубликован проект Договора о создании Союзного государства и Программа действий Российской Федерации и Республики Беларусь по реализации положений Договора о создании Союзного государства.

13 октября 1999 года Совет Федерации в третий раз отклонил требование главы государства отправить в отставку Ю. Скуратова с поста Генерального прокурора РФ. За отставку проголосовало 52 сенатора, против неё — 98. Б. Ельцин на это заявил: «Этот высокий пост не может занимать человек, дискредитировавший высокое звание прокурора».

14 октября 1999 года реагируя на сообщения СМИ о коррупции в верхних эшелонах власти России, пресс-служба Президента РФ сообщила, что «Б. Ельцин не имеет за рубежом ни счётов, ни имущества». По поводу публикаций в СМИ и высказываний Ю. Скуратова пресс-служба президента РФ «неоднократно заявляла, что никаких зарубежных счётов президент России не открывали зарубежной собственности у него не было и нет. Сведения о доходах и имуществе главы государства и членов его семьи, поданные в соответствии с указом самого президента России, надлежащим образом задекларированы и опубликованы в отечественных печатных изданиях».

15 октября 1999 года Мосгорсуд оставил в силе решение суда первой инстанции (Хамовнического) о незаконности продления расследования по делу, возбуждённому против опального генпрокурора. Генпрокуратура заявила о намерении опротестовать это решение в Верховном суде. По этому поводу пресс-секретарь Б. Ельцина Дмитрий Якушкин заявил, что президет по-прежнему убеждён в невозможности возвращения Юрия Скуратова на пост генерального прокурора, т.к. он «считает Скуратова нечистоплотным человеком, нарушившим прокурорскую этику».

16 октября 1999 года оперативным подразделениям МВД и ФСБ РФ стало известно, что чеченские боевики вновь вынашивают планы проведения террористических актов на территории России. Об этом говорится в сообщении Управления информации МВД и Центра общественных связей ФСБ России. В сообщении подчёркивается, что со стороны правоохранительных органов РФ «предпринимаются все необходимые меры для предотвращения подобных действий со стороны бандитов».

18 октября 1999 года отстранённый от работы генеральный прокурор РФ Юрий Скуратов направил председателю Совета Федерации Егору Строеву письмо, в котором просит спикера палаты о содействии его возвращению к исполнению обязанностей генпрокурора. В соответствии с регламентом Совет верхней палаты может рекомендовать Совету Федерации рассмотреть данный вопрос на заседании.

24 октября 1999 года опубликовано заявление Правительства Российской Федерации о ситуации в Чеченской Республике и мерах по её урегулированию.

28 октября 1999 года лидеры блока «Отечество — Вся Россия» Е. Примаков, Ю.Лужков и В.Яковлев обратились к президенту РФ Б.Ельцину с открытым письмом. В нем говорится, что президент России изолировал себя от управления страной и перепоручил это своему ближайшему окружению, которое вмешивается незаконно в предвыборные процессы, и нарушает законы и Конституцию. Лидеры блока призвали Б. Ельцина отправить в отставку скомпрометировавших себя чиновников из его администрации и лично встретиться с руководителями политических партий и движений.

3 ноября 1999 года премьер-министр Владимир Путин заявил о необходимости в России новой общенациональной идеологии, в основу которой должен быть положен патриотизм. Встречаясь в Доме правительства с ректорами крупнейших российских вузов, премьер отметил, что «после масштабных преобразований в стране образовался идеологический вакуум, одна идеология была утрачена, и ничего не было предложено взамен». В основе новой идеологии должен лежать «патриотизм в самом положительном смысле этого понятия», считает Путин.

5 ноября 1999 года принято постановление Правительства Российской Федерации «О мерах по предотвращению проникновения на территории Российской Федерации членов зарубежных террористических организаций, ввоза оружия и средств диверсий в установленных пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации в пределах Северокавказского района».

12 ноября 1999 года Президент Чечни Аслан Масхадов выступает за мирный диалог по урегулированию ситуации в Чечне, а также за совместную борьбу с бандитизмом и терроризмом. Об этом говорится в обращении А. Масхадова к участникам съезда народов Чечни, который проходит в Москве. Глава Чечни также готов к совместной борьбе «против бандитизма и терроризма, готов подписать договор о запрещении незаконных вооружённых формирований в Чечне и на Северном Кавказе в целом». В обращении А. Масхадова подчёркивается, что «взрывы домов в Москве — не дело рук официальных властей Чечни и чеченцев вообще». «Чеченцам не нужна война», — указывает он. А. Масхадов также приводит данные потерь среди мирного населения и военнослужащих Вооружённых сил России в Чечне. По его данным, с начала военных действий в Чечне погибли более 3 тысяч мирных жителей, «до основания разрушено 50 населённых пунктов» и погибло более тысячи российских военнослужащих.

12 ноября 1999 года в Министерстве обороны завершило работу трехдневное совещание руководящего состава вооружённых сил. Рутинное, в общем, мероприятие, проходящее каждые полгода, неожиданно обернулось сенсацией: министр обороны маршал Сергеев в присутствии премьер-министра Владимира Путина фактически впрямую обвинил США в пособничестве чеченским террористам. Отдав должное воюющим в Чечне подчинённым: «их самоотверженность, стойкость и воинская доблесть могут быть достойным примером служения отечеству для всего личного состава вооружённых сил», он вдруг обрушился на Вашингтон с беспрецедентными обвинениями. По словам маршала, американцам не выгодны ни провал российской антитеррористической операции на Кавказе (поскольку это приведёт к росту исламского экстремизма), ни её успех, который может привести к укреплению позиций России в регионе. Вашингтон, как заявил министр обороны, считает наиболее выгодным для себя вариантом «постоянное тление управляемого вооружённого конфликта», что приведёт к ослаблению России и установлению полного контроля США на Северном Кавказе.

15 ноября 1999 года Президент РФ Борис Ельцин своим указом назначил секретарём Совета Безопасности Сергея Иванова, занимавшего до этого пост заместителя директора ФСБ. Президент также подписал указ, в соответствии с которым постоянным членом Совета Безопасности назначен директор ФСБ Николай Патрушев. Этим же указом членом Совета Безопасности назначен министр юстиции Юрий Чайка. От должности постоянного члена Совета Безопасности освобождён теперь уже бывший премьер Сергей Степашин, а от должности члена СБ РФ — экс-глава Минюста Павел Крашенинников.