Когда летом 1914 года Якир вернулся на каникулы, началась мировая война, границы ощетинились штыками. Ионе Эммануиловичу удалось продолжить занятия в Харьковском технологическом институте. Известный швейцарский профессор Фихтер прислал из Базеля самые лестные отзывы о способном студенте. Но способный студент все больше и больше времени стал уделять политическим книгам. Изучение марксистской литературы сблизило Иону Эммануиловича с большевиками-подпольщиками. Еще сильнее стали эти связи в Одессе, где с декабря 1915 года Якир работал токарем по металлу на снарядном заводе Гена.
Бурным мартом 1917-го Якир снова в родном Кишиневе. По поручению большевистской организации Иона Эммануилович стал агитатором среди солдат Румынского фронта. Солдатам понравилась глубокая убежденность и кипучая энергия, которую излучал этот рослый, широкоплечий молодой человек с добрыми темно-карими глазами. В апреле Иона Якир стал членом ленинской партии — большевистская организация 5-го Заамурского кавалерийского полка приняла его в свои ряды. Вскоре Якира избрали членом губернского комитета партии и исполкома Бессарабского Совета рабочих и солдатских депутатов.
В великие дни Октября Якир — член Бессарабского губернского ревкома. Занятый многочисленными ответственными делами, молодой большевик находил время и для военной учебы.
— Ты, кажись, студент, на кой ляд тебе вся эта музыка? — шутил кое-кто из солдат.
— Был студент — и нет его, — серьезно отвечал Якир. — Революция!.. Теперь нужно самому знать военное дело и других учить. Иначе контрреволюция раздавит нас…
В январе 1918 года по приказу и при прямой поддержке Антанты армия румынских бояр перешла Прут. Разрозненные отряды красногвардейцев отступали. Якир организовал отряд из революционной молодежи, который смело атаковал вражеский авангард и на некоторое время задержал его. Но силы были слишком неравны. Красногвардейцы отошли за Днестр, в Тирасполь. Здесь формировались первые бессарабские советские полки. Отважные смельчаки трижды форсировали реку, отгоняли оккупантов верст на тридцать-сорок и… возвращались. На большее пока не хватало сил. Но с каждым днем число бойцов росло — приходили добровольцы с обоих берегов Днестра.
Однажды ночью Якир был дежурным по Тираспольскому отряду. Телефонные звонки с застав без конца тревожили смертельно уставшего Иону Эммануиловича: то показывалась румынская разведка, то еще что-нибудь случалось. Наконец под утро удалось задремать. И вдруг кто-то опять потряс за плечо. Якир с трудом открыл глаза и удивился: перед ним стоял… китаец в рваной синей кофте.
— Васики… Мой Васики…
— Что тебе? — спросил Якир.
— Китайси надо?
— Какие тебе китайцы?..
А «Васики» продолжал твердить:
— Китайси надо?
Якир ничего не мог понять. «Васики» ушел. Вернулся он часа через два и знаками попросил Якира выйти из штаба. Иона Эммануилович выглянул во двор: там стояли в строю 450 китайцев.
Китайцы-лесорубы, голые и голодные, пришли добровольцами в Красную Армию. Их одели, вооружили, превратили в батальон. Комбатом назначили Якира.
Вскоре Тираспольский отряд снова начал отходить: на Украину вторглись немецкие оккупанты. Прикрывал отступление батальон Якира.
Многие удивлялись: как это комбат управляется с бойцами, если они в буквальном смысле слова говорят на разных языках? Действительно, с красноармейцами батальона Якир изъяснялся только с помощью «Васики», кое-как владевшего русским. Но китайцам и не надо было много слов. Их командир, их «капитана» совсем не был похож на прежних начальников. Он не только дрался вместе с бойцами в цепи, вместе с ними ходил в разведку. Он всегда внимательно и терпеливо выслушивал своих подчиненных, заботливо расспрашивал о самочувствии, настроении, питании. Не удивительно, что бойцы горячо полюбили своего «капитана Я-ки-лау». Сражался батальон с изумительной стойкостью.
В боях под Екатеринославом Якира тяжело ранило при взрыве немецкого снаряда. В санитарном поезде врач посчитал его безнадежным, но молодой организм взял свое. В мае, добравшись до Москвы, Якир узнал, что части его отряда находятся в Калаче. Несмотря на то, что ему следовало лечиться и лечиться, Иона Эммануилович немедленно поспешил в Калач.
— Куда это ты, калечь, при полном оружии собрался? — посмеивались вагонные попутчики.
«Среди бойцов быстрее на ноги встану», — улыбался про себя Якир. И верно: сразу пришлось окунуться в гущу неотложных дел. Части Тираспольского отряда, сильно поредевшие в боях, прибыли для переформирования в Воронеж, где тогда назревал контрреволюционный мятеж. Только решительность, выдержка и личная храбрость горстки красных командиров, в том числе и Якира, явившихся прямо в гнездо мятежников накануне намеченного восстания, помогли ликвидировать заговор в самом зародыше.
Якир занялся формированием крепких красных частей. Была создана Южная завеса против немцев и белоказаков, в сентябре 1918 года преобразованная в Южный фронт. Якир был назначен начальником Политуправления фронта, а затем членом Реввоенсовета 8-й армии.
В ноябре 1918 года на Южном фронте начались упорные бои с белоказачьими войсками генерала Краснова. Части 8-й армии сражались в районе Лиски — Коротояк — Острогожск. Иона Эммануилович все время находился в 12-й дивизии — этому соединению приходилось сдерживать наиболее ожесточенный натиск красновцев.
Особенно обострилось положение в середине декабря: белоказакам удалось прорвать фронт и выйти к Коротояку. Разрозненные полки дивизии отходили в беспорядке, среди части бойцов поднялась паника. Якир немедленно бросился в район Коротояка и самым решительным образом стал наводить порядок. На специальном паровозе член Реввоенсовета помчался в Острогожск, где стоял анархистский отряд Сахарова. Якир сумел установить дисциплину в отряде и присоединить его к частям 12-й дивизии.
За три дня Иона Эммануилович собрал растрепанные остатки полков в крепкий кулак и организовал контрнаступление. На фронте произошел перелом — красные части решительно отбросили противника, освободили Коротояк и Лиски.
Как рассказать об этих стремительных днях, огненным вихрем сверкнувших даже в те грозные времена? Пожалуй, наиболее ярко говорится о них в документе, подписанном начальником 12-й дивизии Любимовым и военкомом Чуевым. Как раз в то время был утвержден статут высшей награды молодой Советской республики — орден Красного Знамени. Реввоенсовет 12-й дивизии за выдающийся подвиг представил Якира к ордену.
Вот они, эти лаконичные и вместе с тем столь емкие строки:
«…Благодаря только настойчивости, крайнему напряжению всех сил 12-я дивизия одолела казаков Краснова, захватила Лиски и вышла на линию Икорцев. Дивизия обязана своим успехом главным образом энергии и деятельности члена РВС 8-й армии т. Якира. Он проявил неутомимую деятельность, железную волю и энергию. Не смущаясь ни временными неудачами, ни случайными поражениями, твердо веря в счастливый исход операции, т. Якир вел железной рукой подчиненных ему красноармейцев к победе. Непрерывный тяжелый труд в течение трех недель надломил его израненный организм, но, уже будучи больным, он продолжал руководить операциями, и, собирая последние остатки сил, еле вставая с постели, т. Якир в грозные минуты, когда колебались полки, сам встал в ряды их на поле сражения. Когда в минуту смятения полки отошли к Коротояку, т. Якир лично их устроил и, дав отдохнуть, повел в контрнаступление, взяв Коротояк, на плечах отступающих казаков ворвался в Лиски и нанес им поражение. У Коротояка, уговаривая отступающих в панике красноармейцев, т. Якир был смят нерассуждавшей массой и чуть не расстрелян. Все эти неудачи не сломили железную волю т. Якира, и РВС дивизии свидетельствует, что достигнутый успех в овладении военно-стратегическим узлом Лиски и выход наших полков на линию Икорцев всецело должен быть приписан боевой деятельности т. Якира…»
Реввоенсовет Республики рассмотрел ходатайство, и Якиру был вручен орден Красного Знамени № 2 (орден за № 1 принадлежал Василию Константиновичу Блюхеру).