Первоначально главные силы основанного в 1783 году на базе Азовской флотилии Черноморского флота составляли так называемые новоизобретенные корабли и 40 (44)-пушечные фрегаты, построенные на донских верфях (Новохоперской и Гнилотонской).

Первый корабль — 60-пушечный «Св. Екатерина» — был заложен в Херсонском адмиралтействе в 1779 году, однако «первый блин» вышел «комом». Позднее ветхий набор этого корабля (неудачного чертежа) разобрали на стапеле. Почти одновременно в Херсоне начали строить 66-пушечные корабли. Вскоре один за другим были спущены на воду «Слава Екатерины» (1783), «Святой Павел» (1784), «Мария Магдалина» (1785), «Александр» (1786), «Владимир» (1787). В 1786–1787 годах в Херсоне тем же корабельным мастером и Афанасьевым был построен первый на Черном море 80-пушечный двухдечный корабль «Иосиф II» (с 1789 г. — «Рождество Христово»).

В 1784–1787 годах Афанасьев построил в Херсоне три больших 50-пушечных фрегата: «Св. Георгий Победоносец», «Апостол Андрей» («Св. Андрей Первозванный») и «Александр Невский». На Гнилотонской верфи в это время продолжалась постройка 40-пушечных фрегатов, а на верфи Рогожские хутора (на Дону) с 1783 года корабельные мастера Должников, а потом Иванов и Катасанов начали строить 46-пушечные фрегаты «с большими орудиями».

В 1788–1791 годах на верфях Херсона, Николаева и Рогожских хуторов (Азовский бассейн) удалось построить три линейных корабля, восемь больших фрегатов и значительное число гребных судов. Но это пополнение ни количеством, ни качеством кораблей еще не обеспечивало необходимого для ведения войны боевого состава флота. Не случайно в 1788 году особым распоряжением ГА. Потемкина, назначенного главнокомандующим всей армией и Черноморским флотом, было предписано именовать большие 46-пушечные и 50-пушечные фрегаты линейными кораблями. Такая импровизация считалась необходимой хотя бы для примерного уравнения российской линии баталии с турецкой.

По своим качествам большинство российских черноморских кораблей уступали балтийским и кораблям лучших европейских флотов. При спешной их постройке не всегда удавалось добиться сочетания удачных чертежей и качества отделки. Ни один корабль не имел медной обшивки в подводной части. Не составлял исключения и самый крупный корабль «Иосиф II», позднее переименованный в «Рождество Христово» и ставший флагманским кораблем Севастопольского корабельного флота. Флот испытывал и недостаток в артиллерии, которая не везде соответствовала штатной.

Положительным следует признать стремление к установке наиболее мощных орудий. Так, 80-пушечный «Рождество Христово» имел на гон-деке 36-фунтовые (173-мм) пушки. 66-пушечные корабли «Преображение Господне», «Святой Павел», «Мария Магдалина» (вторая), «Владимир», «Святая Троица» имели на гон-деке 30-фунтовые (164-мм) орудия. Такую же артиллерию на деке получили и 46-пушечные корабли (большие фрегаты) «Петр Апостол», «Иоанн Богослов», «Царь Константин», «Федор Стратилат» и «Казанская Богородица». 24-фунтовые (152-мм) пушки стояли на деках 50-пушечных кораблей «Святой Георгий Победоносец», «Андрей Первозванный», «Александр Невский», «Святой Николай» и 46-пушечных «Навархия Вознесения Господне» и «Сошествие Святого Духа». На многих кораблях были установлены также по два-четыре картаульных (195-мм) единорога, которые значительно увеличили их огневую мощь.

Напротив, черноморские 40-пушечные фрегаты при сравнительно небольших размерах имели и слабую по калибру артиллерию — 12-фунтовые пушки на деке. Это приходилось учитывать в сражении. Ни один корабль Черноморского флота не был вооружен карронадами, весьма эффективными на малых дистанциях и уже принятыми в 1788–1790 годах на Балтике.

Экипажи российских кораблей включали флотских чинов (до 63% общей численности, в их числе штурманов, матросов, плотников и т. п.), чинов морской артиллерии (до 11%, в их числе канониров и бомбардиров) и чинов морских батальонов (до 28%, в их числе гренадеров и мушкетеров). Значительная часть матросов и артиллеристов имели большой опыт службы и были хорошо подготовлены. Однако некомплект личного состава вынуждал брать на корабли офицеров и солдат армейских полков, которые составляли до 22,5% численности экипажей (корабельный флот, 1790 год).

Большинство флотских офицеров были выпускниками Морского шляхетного кадетского корпуса в Санкт-Петербурге, часть из них имела богатый морской и служебный опыт. В числе наиболее опытных были и достигшие штаб-офицерских чинов англичане, греки и славяне — волонтеры времен русско-турецкой войны 1768–1774 годов (Р. Вильсон, П. Алексиано, В.Ф. Тиздель, М.И. Войнович и другие). Греки командовали и крейсерскими судами, получая в награду офицерские чины. Хронический некомплект флотских офицеров, порой достигавший 50%, вызывал необходимость пополнения экипажей мичманами из «Корпуса иностранных единоверцев» и гардемаринами из Морского кадетского корпуса, основанного в 1786 году в Херсоне. Были случаи присвоения флотских чинов армейским офицерам, а также нового приема на службу иностранцев. Таким образом, офицерский состав флота был не таким национально однородным, как рядовой: нижние чины в подавляющем большинстве были православными россиянами.

Высший начальствующий состав Черноморского флота в 1787 году, кроме главнокомандующего Г.А. Потемкина, представляли: старший член Черноморского адмиралтейского правления контр-адмирал СИ. Мордвинов, командующий Севастопольским корабельным флотом контр-адмирал М.И. Войнович, исполняющие обязанности младших флагманов капитаны бригадирского ранга П. Алексиано и Ф.Ф. Ушаков. Просвещенный моряк и неплохой администратор, Н.С. Мордвинов в серьезном деле оказался весьма слабым флагманом, заслужив у А.В. Суворова ироническое прозвище «академика». Герой минувшей войны с турками и георгиевский кавалер граф М.И. Войнович в условиях явного превосходства противника также проявил себя нерешительным флотоводцем, покорным, но пассивным исполнителем воли главнокомандующего. Паниоти Алексиано, еще более М.И. Войновича отличившийся в 1770–1773 годах и получивший 4-ю и 3-ю степени ордена Св. Георгия, не имел необходимого старшинства в чине, а в июле 1788 года, только что став контр-адмиралом, скоропостижно скончался. Энергичный и самостоятельный бригадир Ф.Ф. Ушаков, выпускник Морского корпуса 1766 года, командовавший фрегатами и кораблями в дальних плаваниях, в начале войны занимал подчиненное положение и был ограничен в своих решениях.