Памятным спектаклем в летописи театра стало первое исполнение 16 декабря 1888 года народной драмы М. Мусоргского «Борис Годунов», в основу которой легла трагедия А. Пушкипа. «Я разумею народ как великую личность, одушевленную единою идеею. Это моя задача. Я попытался разрешить ее в опере» — гласит надпись, сделанная композитором на клавире «Бориса Годунова». И действительно, по глубине и жизненной правде характеров, по воплощению исторических событий и патриотических идей опера Мусоргского не знает себе равных. В премьере спектакля партию Бориса пел один из лучших баритонов того времени Богомир Корсов.
Развивая традиции Глинки и эстетические принципы «Могучей кучки», со своими операми выступил Н. Рим-ский-Корсаков. Широко используя русский эпос, обращаясь к истории, легендам и преданиям, композитор воплощал в своих произведениях идеи, рождаемые современной ему действительностью. Первой из его опер свет рампы Большого театра увидела «Снегурочка» (1893), а затем — «Ночь перед Рождеством» (1898).
В том же 1898 году театр впервые показал зрителям «Князя Игоря» А. Бородина, оперу, ставшую образцом национального героического эпоса в музыке; а через два года любители хореографического искусства познакомились с балетом А. Глазунова «Раймонда». Главную партию на премьере танцевала виртуозная Аделина Джури.
Одновременно с расширением русского репертуара театр осуществлял постановки лучших произведений зарубежных композиторов. К ранее поставленным операм добавились «Риголетто», «Аида» и «Травиата» Д. Верди, «Фауст» и «Ромео и Джульетта» Ш. Гуно, «Кармен» Ж. Визе, «Тангейзер», «Валькирия» и «Лоэнгрин» Р. Вагнера и др.
Намечаются изменения не только в репертуаре, но и в качестве спектаклей, их музыкальной трактовке, художественном оформлении. Состав оркестра театра был доведен до 100 музыкантов, а его главным дирижером был назначен прославленный Ипполит Альтани. Своими спектаклями часто дирижировали композиторы А. Рубинштейн, Э. Направник, П. Чайковский, А. Аренский. Яркий след в истории театра оставил талантливый Карл Вальц, свыше 60 лет работавший здесь в качестве декоратора и машиниста сцены.
Оперная труппа театра XIX — начала XX века насчитывает многих выдающихся певцов, передававших из поколения в поколение традиции русской вокальной школы и актерского мастерства, исполнение которых было отмечено глубокой содержательностью и искренностью. Среди славных имен прошлых лет — Евлалия Кадмина, Антон Барцал, Мария Дейша-Сионицкая, Павел Хохлов, Надежда Салина, Леонида Балановская, Иван Грызунов, Антон Боначич, Маргарита Гукова, Дмитрий Смирнов, Василий Петров и многие другие.
В 1899 году в Большом театре впервые пошла «Спящая красавица». Постановка этого балета, утвердившая содружество музыки и танца в русском балетном театре, явилась началом долгой и счастливой работы в Москве выдающегося хореографа, либреттиста и педагога Александра Горского. С ним работала большая группа талантливых артистов — Екатерина Гельцер, Вера Каралли, Софья Федорова, Александра Балашова, Василий Тихомиров, Михаил Мордкин, Владимир Рябцев, дирижер и композитор Андрей Аренде и другие. Для оформления новой постановки балета Л. Минкуса «Дон-Кихот» (1900) Горский впервые пригласил молодых художников Константина Коровина и Александра Головина, будущих великих мастеров театральной живописи. Апогеем творчества Горского стал балет «Саламбо» А. Арендса (1910). В этом спектакле хореограф достиг гармоничного слияния музыки, танца, оформления и литературной основы спектакля.
Успешное развитие московского балета становится настолько очевидным, что многие петербургские мастера танца добиваются возможности участвовать в спектаклях Большого театра. На гастроли в Москву часто приезжали Матильда Кшесииская, Анна Павлова, Михаил Фокин и другие.
Небывалого расцвета достигает в эти годы и оперная труппа театра. На его сцене появляются певцы, имена которых становятся вскоре широко известны не только в России, но и за рубежом: Леонид Собинов, Федор Шаляпин, Антонина Нежданова. Собинов дебютировал в 1897 году партией Синодала в опере А. Рубинштейна «Демон». В 1899 году в красном плаще Мефистофеля в опере Ш. Гуно «Фауст» появился Шаляпин. Нежданова, к тому времени еще студентка Московской консерватории, в 1902 году впервые исполнила партию Антоииды в опере М. Глинки «Жизнь за царя».
Репертуар театра пополнялся значительными в художественном отношении постановками. 10 октября 1901 года в присутствии Н. Римского-Корсакова прошло первое представление в Большом театре его оперы «Псковитянка» с Шаляпиным в роли Ивана Грозного, затем свет рам-пы увидели «Моцарт и Сальери» (1901) и «Пан-воевода» (1905). Под управлением Сергея Рахманинова с участием Шаляпина и Неждановой прошла премьера новой постановки оперы «Жизнь за царя» (1904). Период музыкального осмысления и освоения отечественной классики завершился премьерами «Хованщины» М. Мусоргского (1912; режиссерский дебют Шаляпина) и опер Н. Римско-го-Корсакова «Сказка о царе Салтане» (1913) и «Царская невеста» (1916). В эти же годы ставятся замечательные произведения зарубежных композиторов, в частности цикл опер Р. Вагнера, новинки итальянской оперной музыки — произведения Р. Леонкавалло, Д. Пуччини, П. Масканьи.
Плодотворной была деятельность в Большом театре Сергея Рахманинова, заявившего себя и за дирижерским пультом гениальным музыкантом. Сочетая профессиональное умение добиваться тончайшей отделки исполнения с огромным темпераментом, глубоко проникая в стиль исполняемого произведения, Рахманинов повысил качество звучания русской оперной классики в театре. Кстати, с именем Рахманинова связан перенос пульта дирижера на то место, где он находится сейчас, раньше дирижер стоял за оркестром, лицом к сцене.
Высочайшим профессионализмом отличался оркестр театра, на протяжении 25 лет руководимый Вячеславом Суком; хоровой коллектив, возглавляемый хормейстером и дирижером Ульрихом Авранеком. Знаменитые художники Аполлинарий Васнецов, Александр Головин, Константин Коровин, Василий Поленов, Александр Бепуа создают свой стиль оформления спектаклей театра.
Вместе с тем па рубеже двух столетий все более усиливаются противоречия между художественными устремлениями передовых творческих сил театра и реакционной политикой дирекции императорских театров, технической отсталостью и рутиной постановочной практики императорской сцены. Большой театр временами утрачивал ведущее положение в музыкально-театральной жизни Москвы, уступая ее Частной опере С. Мамонтова или оперному театру С. Зимина.
Первые годы деятельности советского Большого театра — это годы подлинно революционной перестройки искусства на основе приобщения его к задачам современности.
Теории «об отмирании оперного жанра», возникшие в начале XX века, получили свое распространение и после Октября. В частности, пролеткультовцы оценивали оперное искусство, как «располагающее исключительно отрицательным багажом». Выдвигалось, например, предложение о снятии со сцены Большого театра оперы «Снегурочка» за то, что в центре событий стоит «личность полубога, полумонарха» Берендея, об исключении из репертуара вообще всех опер Римского-Корсакова. Ярые нападки вызывали произведения Верди, особенно «Аида» и «Травиата».
В защиту оперы включились прогрессивные представители художественной интеллигенции во главе с А. В. Луначарским. Это была прежде всего борьба за классический репертуар против пролеткультовского нигилизма. Критикуя их вульгаризаторские взгляды, Луначарский говорил: «Я знаю многих людей, до умопомрачения любящих «Аиду» и притом принадлежащих к нашей партии. Не надо ни в коем случае со злостной улыбкой преследовать «Травиату»...»
В это время и балет многим казался чужим и ненужным явлением в искусстве, обреченным на уничтожение как бессмысленный пережиток прошлого. Правда, из-за рубежа в адрес балетной труппы поступали многочисленные предложения полным составом выехать туда на постоянную работу. Несмотря на самые лестные и заманчивые из них, ансамбль сохранил себя. Ведущие исполнители — Екатерина Гельцер, Василий Тихомиров, Маргарита Кандаурова, Викторина Кригер, Мария Рейзен, Леонид Жуков, Иван Смольцов и талантливая молодежь — Асаф Мессерер, Анастасия Абрамова, Любовь Банк, Валентина Кудрявцева, Нина Подгорецкая и другие во главе с художественным руководителем Александром Горским стали основателями советской школы танцевального искусства. На страницах печати с благодарностью отмечалась деятельность всемирно известных деятелей искусства, таких, как Екатерина Гельцер, которая «голодную рабочую Москву... предпочла «пиру во время чумы» буржуазных Парижей и Лондонов».