Успехи морских походов дали возможность донцам продолжить свои операции. Летом 1653 года казаки собрали отряд численностью 1700 человек во главе с атаманом Федором Будном на 20 стругах (на каждом по 80–90 человек) ходили на Азовское море. В качестве лоцмана выступил один из беглых турок, хорошо знавших побережье. Они разорили крымское побережье между Судаком и Балаклавой, захватили около 50 пленников, так и не встретив никакого сопротивления. Оттуда казаки направились к анатолийскому побережью, к Трапезунду. Здесь они разорили деревенские поселения, захватив в плен от несколько тысяч турок. После этого они направились к городу Триполю. Однако он оказался слишком хорошо укреплен и захватить его не удалось. Турки попытались отбить нападение, выслав военные корабли. Однако казаки благополучно отбились от них, разорив при этом городские посады. Среди трофеев донцов оказались и пушки со стоявших в гавани кораблей: две большие морские и одна полковая. Но из-за их величины и тяжести пришлось ограничиться только одним полковым орудием. На обратном пути казачий флот несколько дней простоял недалеко от Керчи, набирая пресную воду. Активных действий против этого города они не предпринимали, справедливо считая, что он слишком хорошо укреплен и нет смысла его атаковать. Пока донцы отдыхали на берегу и набирали воду, на них напал татарский отряд из примерно 600 человек. Казаки успешно отбили нападение, после чего погрузились в челны и 18 августа вернулись на Дон.
После этого отряд из 350 казаков предприняли еще один поход на «малых лодках» с атаманом Семеном Свегуном. На море они захватили еще один корабль, две комяги и два ушкола, которые направлялись в Азов из Константинополя. На них были захвачены запасы пшеницы и проса для гарнизона Часть турецких экипажей была перебита, а часть сбежала на лодках на берег. Казакам достались лишь 4 пленника, которые вместе с захваченными трофеями были доставлены на Дон для допроса.
Летом 1654 года донские казаки на 30 стругах ходили в поход на Азовское и Черное моря по берегам Крыма. Около двух месяцев казаки стерегли войска крымского хана на побережье полуострова, однако крымчаки так и не отправились в поход в связи со смертью хана. Пока флот ждал у побережья, к казакам постоянно прибегали многочисленные полоняники, бежавшие из рабства, которые сообщали о положении дел в Крыму. Смерть хана вызвала борьбу за престол, и опасность крымского набега практически исчезла. После этого казаки вернулись на Дон. С собой они привезли около 120 беглецов, как русских, так и украинцев и поляков. Все, кто пожелал вернуться на родину, получили от донского войска запасы и были препровождены до Полтавы, где были переданы местным властям.
Пока сохранялась опасность нападения со стороны крымского хана, отряды донских казаков являлись мощным противовесом татарской угрозе. Однако предупреждение набегов требовало постоянного наблюдения за крымскими берегами. Летом 1655 года донские казаки приготовили 40 стругов для похода на море. В том же году к ним пришел отряд из 1000 запорожских казаков на стругах, для проведения совместного прохода против Крыма 6 июля 1655 года казаки в количестве 2030 человек на 34 стругах вышли в Азовское море для разведки обстановки и захвата языков. Подойдя к Керченскому проливу, у Таманской косы они устроили засаду, захватив несколько татар из прибрежных селений. Пленники рассказали, что крымский хан собирает войска для похода на Россию. Чтобы отвлечь татар, казаки высадились на берег и осадили город Тамань, который быстро захватили 15 июля. При этом казаки понесли относительно небольшие потери. Погибло всего 30 человек. Ворвавшись в город, казаки начали погром. Все христианские невольники были освобождены, а население города были либо взято в плен или перебито. Все постройки разграблены и сожжены. Всего казаки захватили около 400 человек, татар, турок, ногайцев и представителей других народов. После погрома донцы снова погрузились на струги и направились к Керчи. Пройдя вдоль крымского побережья, они снова разоряли крымские селения вплоть до начала сентября. Казаки добились своего, поскольку крымское войско так и не покинуло полуостров. Только начало осенних штормов и усиление непогоды заставило казаков повернуть обратно и вернуться на Дон. 14 сентября они, благополучно обойдя Азов, вернулись в Черкасский городок. После получения войсковой отписки о происшедших событиях Алексей Михайлович в ответной грамоте от 15 февраля 1656 года поблагодарил их за службу, однако указал, чтобы казаки «…на море-бъ безъ нашего государского указу не ходили и с Крымцы и с Азовцы задоров никакихъ не чинили».
Зимой 1655–1656 годов крымские татары отомстили за разорение своих берегов, организовав набег на донские городки казаков. Руководителем набега был азовский наместник Муртаза-бей, который в середине января прошел изгоном по донским селениям. Многие казаки были перебиты или захвачены в плен. Прибывший в Москву в феврале 1656 года станичный атаман Петр Шевырев жаловался, что казаки из-за татарских нападений не могут ловить рыбу на Дону.
Стремясь наказать турок и татар за зимние погромы, донские казаки стали собирать силы для нового похода на Азов, хотя им было известно, что там расположен сильный гарнизон, состоявший из более чем пяти тысяч воинов. Летом 1656 года казаки, полагая себя достаточно подготовленными и несмотря на царские указы, приняли решение отправиться в поход. Собрав отряд из 3000 человек, в основном донских и запорожских казаков под командованием войскового атамана Наума Васильева, они подошли к Азову. Однако в завязавшемся под стенами города сражении казачий отряд потерпел сокрушительное поражение, потеряв до полутора тысяч человек. Многие из них попали в плен, в том числе атаман Павел Федоров. Большие потери, понесенные Донским войском, заставили казаков вернуться обратно в Черкасский городок и отказаться от планов морских походов на 1656 год. Несмотря на то, что донцы ослушались царского указа, Алексей Михайлович не стал лишать войско жалованья и простил им самовольный поход на Азов, справедливо полагая, что в столь трагичное время не стоит злить казачество.
Понесенные Донским войском потери оказались слишком велики. Общим ослаблением Донского войска немедленно воспользовались враги. В феврале 1657 года к стенам Черкасского городка подошли отряды азовцев, крымчаков, ногайцев и черкасы. Благодаря присланным из Воронежа боеприпасам все атаки на городок были отбиты, однако кочевники по-прежнему господствовали в ближайших окрестностях, карауля отдельных казаков, вышедших на рыбный промысел, и захватывая их в плен.
Тем не менее это не помешало казакам организовать новый морской поход. 30 мая 1657 года двухтысячный отряд на 32 стругах под командованием атамана Корнея Черкеса отправился в поход. На Дону осталось всего 500 человек для зашиты селений. Донцы обошли Крымский полуостров и напали на Евпаторию (Козлов), уничтожив около 10 окрестных селений и взяв в плен 600 турок и татар. Кроме того, они освободили 200 пленников. Среди них оказалось 20 русских слркилых людей, остальные были запорожскими казаками.
Весной 1659 года донские казаки совершили небольшой разведывательный рейд к Темрюку для захвата языков. Пленные татары рассказали, что хан готовится вместе с запорожцами гетмана Ивана Выговского нанести удар по пограничным русским землям в районе Тамбова, для чего отправил под Азов пятитысячный отряд воинов. Чтобы нарушить планы крымчаков и отвлечь их от набега на приграничные земли, началась подготовка масштабного морского похода на Крым.
6 июня 1659 года казаки отправили в Азовское море отряд на 30 стругах во главе со старшиной Корнеем Яковлевичем Черкесом (в стругах от 80 до 50 человек в зависимости от размеров), при этом на Дону осталось не более 1000 казаков. Первым объектом нападения стало черкесское побережье от Темрюка до Тамани. Разорив прибрежные селения, казаки взяли курс на побережье Крыма. Морской поход оказался удачным. Только 16 августа казачий флот вернулся на Дон, разорив перед этим окрестности Керчи, Кафы и Балаклавы. Было захвачено в плен 2000 человек мужчин и женщин. Свободу получили 96 русских пленников, половина из которых осталась служить царю на Дону. Разорив крымское побережье, донцы отправились к Синопу, затем к городу Кондра и не дошли лишь один дневной переход до Константинополя.