В то же время необходимо было согласовать это с языком Писания, которое не говорило о Нем таким образом и с такой же последовательностью. Например, в 1 Тим 2:5, в противоречии с аксиомой Кирилла, говорится о «человеке Христе Иисусе», Который называется «единым посредником между Богом и человеком». «Подобающий» ли это способ говорить о Нем, как утверждал Феодор, или само слово «посредник» предполагает, как считал Феодорит, что Он «соединил в Себе отличительные качества через единство природ, то есть божества и человечества»? Богословие ипостасного союза примирилось с такими местами, как эти, отмечая, что во множестве изречений Писания свойства двух природ взаимозаменяемы, так что «Логос не поглощается», а «оба воспринимаются как одно». Или, как ранее выразил это Кирилл в том же трактате: «Он провозглашается Священным Писанием иногда как всецело человек, и о Его божестве умалчивается ради божественного домостроительства, а иногда как Бог, и тогда умалчивается о Его человечестве; но ни один из этих способов говорить о Нем не является неверным по причине соединения двух [природ] в единство». В пророчестве о рождении Христа у Михея 5:2 о Нем говорится, что он произойдет из Вифлеема, но в том же стихе — что Его «происхождение из начала, от дней вечных». Там, где в отдельном библейском пассаже этот баланс не соблюден явно, он, тем не менее, подразумевается. И вечность, о которой говорит Михей, должна усваиваться и плоти Христа, то есть «плоти, соединенной с Богом по природе, и Свое собственное благое [божественную природу] Он постоянно сообщает Своему собственному телу». Общение свойств было характерно не только для библейского языка, но и для личности Воплощенного.

Это общение требовалось самим делом Иисуса Христа как Спасителя и историей жизни, смерти и воскресения, посредством которых Он совершил это дело. При отрицании реальности и полноты воплощения «опустошается вера и упраздняется крест, который есть спасение и жизнь вселенной». Как экзегетические, так и полемические сочинения Кирилла изобилуют ссылками на «конкретные евангельские сцены», такие как рассказ о противостоянии Иисуса и Петра в Кесарии Филипповой. Субъектом слов и дел, о которых повествуют Евангелия, должен быть не кто иной, как воплощенный Логос. «Кто тогда Тот, Кто претерпел смерть, и воскрес во славе, и в то же время произошел из Назарета, как не Иисус Христос, то есть Тот, Кто был неизреченно рожден от Отца прежде всех веков… и телесно — от женщины?» Рассматривая жизнь Иисуса, Его искушение и алкание, Его страдание и смерть, Кирилл настаивает на том, что все это следует приписывать одному воплощенному Логосу, Который использовал Свою плоть как орудие Своих чудес и Своих страданий. «Молитвы и моления с сильным воплем и слезами» во время искушения Христа усваивались «природному и истинному Сыну, обладающему славой божества», Который уничижил Себя, чтобы спасти искушаемых. Глас из облака указывал на единого воплощенного Логоса, божественного и человеческого, как на «Сына Моего возлюбленного». И, таким образом, ссылаясь на различные конкретные сцены из жизни Иисуса, богословие ипостасного союза нашло обоснование для своего утверждения единого Господа Иисуса Христа как их субъекта.

Однако данное утверждение противоречило некоторым из этих конкретных сцен, а именно тем, которые приписывали Иисусу рост и развитие. Если Ин 1:14 служило доказательным текстом этого богословия ипостасного союза, главной проблемой явилась интерпретация Лк 2:52: «И Иисус преуспевал». Несторий в пику своим оппонентам утверждал: «Тот приближается к совершенству, Кто преуспевает понемногу, о Котором и Лука восклицает в Евангелиях: "Иисус преуспевал в премудрости, и η возрасте, и в любви"». Кирилл отвечал на эти вызовы предположением, что Логос мог бы сразу донести Свое тело до совершенства и легко мог сразу наделить его мудростью. Но это было бы «чудовищным делом и нарушением слов домостроительства [спасения]». Поэтому воплотившийся Логос, Который в Своей божественной природе не мог возрастать или изменяться, в такой степени принял на Себя нашу природу, что действительно возрастал. Если оппоненты Кирилла были больше, чем он, озабочены сохранением абсолютности и неизменности божественной природы, то его трудности с представлением о «преуспеянии» Христа можно понять. Богословие ипостасного союза смогло по достоинству оценить преобладающую в Библии тенденцию довольно неясно говорить о божественном и человеческом во Христе, сохраняя при этом один и тот же субъект; и оно не смогло отдать должное тем местам, в которых вместо этого говорилось о возрастании Иисуса. Или, выражаясь в терминах доказательного текста, это богословие рисковало превратить воплощение в богоявление, прочитывая Ин 1:14 следующим образом; «И слово стало плотию… и мы видели славу Его».

Опустив слова «и обитало с нами», можно было даже Ин 1:14 толковать совершенно в других терминах, как часть богословия обитающего Логоса. И тогда воплощение, о котором учил этот отрывок, можно интерпретировать так: «Мы понимаем Его как Господа, Который от божественной природы Бога Отца и Который ради нашего спасения облекся в человека, в котором обитал и через которого явился и стал известен человечеству». Богословие обитающего Логоса можно определить как такое истолкование соотношения божественного и человеческого в Иисусе Христе, которое стремится сохранить различие между ними через описание их союза, понятого как обитание Логоса в человеке, которого Он воспринял. Это богословие могло не только цитировать Ин 1:14, но даже говорить о «личностном союзе» божества и человечества во Христе — «личностном», ибо он не был ни союзом по усии, каковым является союз в Троице, ни союзом по природе, каковым является союз тела и души. Каждое из этих определений союза устранило бы различие между божественным и человеческим, произвело чудовище и сделало спасение через Христа невозможным. Это скорее союз третьего рода — по «личности» [πρόσωπον]», которая была «удобным нетехническим и неметафизическим выражением для описания постоянных и объективных форм или Лиц, в которых божество представлено как человеческому видению, так и божественному самосознанию». Божественное и человеческое во Христе» согласно Несторию, совпадали в их явлении и потому представляли собой нечто единое. Однако «явление» не было синонимом «иллюзии», ибо речь шла о действительном обитании божественного Логоса в человеке Иисусе и в этом смысле — о подлинном воплощении.

Доказательным текстом этого богословия воплощения служил фрагмент Ин 2:19: «Иисус сказал им в ответ: разрушьте храм сей, и Я в три дня воздвигну его». Цитируя эти слова Христа о Своем теле, Несторий спрашивает: «Разве я тогда единственный, кто называет Христа "двойственным"? Разве не называет Он Себя и храмом, который можно разрушить, и Богом, Который восстанавливает? Но если разрушен был бы Бог… Господь сказал бы: "Разрушь этого Бога, и в три дня Он будет восстановлен"». Отношение между Логосом как активным началом и человечеством как началом пассивным, выраженное в Ин 2:19, послужило, в свою очередь, ключом к тем пассажам, в которых говорится одновременно о божественной славе и человеческой подверженности страданию одного и того же богочеловеческого субъекта. Было ясно, что слова «послушный даже до смерти и смерти крестной» можно применить только к человеку, как доказывает Ин 2:19. А поэтому «храм, созданный Святым Духом, — это одно, а освящающий храм Бог — другое. Слова Христа относились к храму Его тела в третьем лице и к Логосу в первом лице; «Он назвал человека, которого воспринял, Своим храмом, в то же время показывая, что Он Сам обитал в этом храме, и через Свое обитанием Он ясно показывает нам Свою власть, когда отдает его [Свое обиталище] на разрушение смерти по Своему желанию, а потом восстанавливает его силой Своего могущества». Дополнением к свидетельству Ин 2:9 было свидетельство Кол 2:9: «Ибо в Нем [человеке, который воспринят] обитает вся полнота Божества телесно».

Этот доказательный текст дал метафору обитания, которая «становится отличительным знаком» этой христологии. В трактате о воплощении, из которого сохранились только отрывки, Феодор пытался определить, какова природа этого обитания, отличая его от других форм божественного присутствия в твари. Оно отлично от общего везде присутствия Бога, которое соответствует Его «сущности и действию», тогда как воплощение является обитанием по Его «благоволению». Однако это обитание по благоволению можно отнести и к Его присутствию в Церкви, но разница состоит в том, что последнее зависит от первого; только в Иисусе божественное «обитает всецело, сообщая Ему всю славу, которая обитающему Сыну присуща по природе». Означало ли это учение, как утверждали его критики, что, поскольку Логос «обитает в нас самих», а не только в Иисусе, Логос не стал плотью, а лишь «обитателем в человеке» или «обитателем человека»? Несторий, подобно Феодору, считал, что такое учение этого не подразумевает, но что обитание приобретает уникальный смысл, когда применяется к воплощению Логоса. Ибо, «если мы говорим об обитании в отношении Христа или о храме Божием и сошествии благодати Святого Духа [на него], мы не имеем в виду того же рода обитание, что имело место в случае пророков, и не то, что прославляется в апостолах, и даже не то, что в ангелах, укрепляемых [Духом] для служения Богу. Ибо Христос — Владыка и даже по плоти Господь всего». Именно так сторонники богословия обитающего Логоса стремились отмежеваться от предшествующих христологических ересей, таких как адопционизм, с которыми так легко было отождествить их позицию.